Heatmap: Cluster_100 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
- 3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.69 - - 3.29 - 2.87 - - - - - - -
-0.07 -0.14 -0.17 -0.24 -0.18 -0.21 -0.22 -0.16 0.17 0.13 0.31 0.08 0.15 0.3 0.09 0.06 -0.03 0.1 -0.01 -0.3 -0.06 -0.19 0.25 -0.17 0.0 0.03 -0.03 0.06 0.06 0.09
-0.24 -0.04 -0.51 -0.01 0.31 0.1 -0.35 -0.0 0.22 -0.09 -0.0 0.1 0.1 0.99 0.24 0.2 -0.02 0.38 -0.4 -0.99 -0.73 -0.21 -0.87 -0.51 -0.46 0.18 0.28 -0.12 0.21 0.5
0.13 -0.13 0.97 0.55 -0.68 - -0.47 -0.52 -0.21 1.48 -0.1 -1.24 -0.09 0.47 -0.28 - - 1.08 -0.53 -0.35 -0.6 0.27 0.12 0.99 -0.68 0.93 -0.1 0.25 -0.36 -1.32
1.61 0.72 0.3 0.52 0.3 0.01 -0.03 -1.53 1.11 - 0.99 1.06 -0.4 -0.31 1.03 - 0.12 -1.61 -1.28 - 0.14 0.39 - - -0.54 0.43 - -1.33 - 1.36
-0.93 - 0.63 1.4 0.15 - 0.04 - - - - - 1.69 1.64 - 1.12 -0.03 - 0.15 -0.29 2.21 -0.4 - - -0.2 1.4 - - -0.02 0.88
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 2.75 - - - - - - - 2.89
1.72 2.01 0.18 - 0.27 -0.05 - -1.29 - 0.95 -1.3 0.13 - 0.87 0.46 - 0.12 -1.65 - 0.74 0.13 - -0.59 0.76 - - -0.05 0.33 0.16 1.3
- - - - - 1.72 - - - - - - 2.03 - 1.87 - - 2.33 - - - - 3.8 - - - - - - -
1.33 - - - 0.67 -0.53 2.21 0.86 0.69 0.69 - - - 1.28 -0.38 - - - 1.22 - 1.29 2.08 - - - - 0.78 - - 0.71
3.23 - - - 1.15 1.96 - 1.19 - 1.32 - - - - - - - - - - 2.91 - - - - - - - - 1.16
- - 0.5 - - 1.22 - 0.28 - - 0.78 - 1.54 - - 0.55 - 1.2 0.53 - 2.36 1.22 0.21 - - - - - 1.94 1.47
- - - - - - - - - - - - - 3.2 - - - - - - 4.38 - - - - - - - - -
-0.44 0.11 -0.23 -0.23 0.61 -0.47 1.95 -0.66 -1.92 0.57 0.98 -1.01 0.56 -0.02 0.3 -0.84 -1.87 -2.18 0.11 -1.17 - 0.32 0.75 0.85 -0.76 -0.04 -1.19 -0.68 -1.18 0.51
- 3.28 - - - - - - - - - - 3.27 1.43 - - - 2.36 - - 1.52 - - - - - - - - -
-1.4 0.22 -2.19 -0.59 0.93 1.46 - 0.36 -0.92 -0.65 -1.79 - -1.9 0.12 1.27 -0.91 -1.85 1.67 -1.04 - 1.2 -0.69 -0.25 -0.07 -0.63 -0.24 0.36 -0.12 0.78 0.86
0.35 - 1.12 -0.01 2.03 - 2.48 0.03 -2.47 1.73 - -0.14 - 0.22 - - 0.96 - - 0.61 1.54 0.96 - - -0.08 - - - - -
-0.41 2.18 - - - 1.09 - -0.78 - - - - - 2.77 - - -0.72 1.91 -0.81 - 3.08 0.81 - - - - - - - -
0.13 - - 0.05 - - - -0.04 0.11 0.38 0.37 - - 2.21 -0.01 0.48 1.66 0.91 - - 2.12 - 1.24 - 0.18 - 1.74 - - -
- - - - - - - - - 2.78 - - 3.62 - - - - - - - - - 3.43 - - - - - - -
0.21 0.42 0.44 0.23 -0.5 0.01 0.31 0.38 -0.76 0.15 -1.02 -0.67 -0.52 0.16 0.33 -0.34 0.31 -0.16 0.19 -0.21 0.48 -0.57 -0.77 0.07 -0.05 -0.28 0.07 -0.53 0.01 0.72
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- 1.88 - - - - - - - - - 1.67 - - - - - - - - 3.76 - - - - 1.81 2.61 - - -
-1.94 -0.23 -1.0 -0.14 0.29 - 0.63 -2.05 1.58 0.11 1.12 -0.39 -0.3 0.29 -0.06 -0.17 0.13 -0.55 -2.02 0.26 0.02 -2.01 -1.1 0.99 0.3 -2.06 0.36 1.23 -0.34 -0.41
0.34 1.08 0.5 -0.07 -0.17 -0.67 0.48 - 0.46 1.85 0.69 0.56 - 1.62 0.29 - - 0.6 0.48 - -0.5 0.39 -0.28 -0.0 - 0.39 - - - -0.14
- - -0.45 -0.58 0.44 -0.69 -0.75 0.34 0.89 0.91 - 0.55 0.08 -0.5 0.44 2.14 0.89 - -0.65 1.48 -0.41 -0.4 - -0.25 - - - - - 2.14
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
0.39 0.19 0.2 0.93 -1.56 - -0.24 - 1.12 -0.26 0.28 0.4 -0.48 -0.48 -0.25 -0.16 1.22 0.08 0.45 - 1.49 0.54 - -1.58 -1.3 0.5 - 0.07 -0.26 0.62
- - - - - - - - - - - - 3.23 - 1.97 - - 1.99 - 2.09 - - 3.08 - - - - - - -
1.32 - - - 0.97 - - -0.08 - 0.99 - 1.53 1.05 2.13 -0.11 1.05 - 2.43 - -0.24 2.02 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - -0.11 0.77 -0.37 - - 1.6 - -0.24 0.71 1.35 - 0.62 - 1.44 2.14 - - 2.66 - - -0.4 - - 0.85 0.03 - -
- - 2.35 - 0.77 0.56 - - - 0.92 - - - - - 1.89 1.98 - - - 3.14 - - - - - - - 1.76 -
-0.09 -0.62 -2.09 0.3 0.6 -1.92 1.11 -1.2 0.62 1.35 0.6 -1.83 -0.36 -0.13 - 0.67 0.86 -0.12 -0.91 0.09 -1.76 -0.58 -1.31 -0.35 0.61 -0.09 -2.65 1.19 -0.04 0.06
0.56 -0.86 1.95 -0.14 - -1.42 -1.5 -1.08 0.88 0.2 0.81 0.91 - - - -1.18 -1.23 - - - 1.44 0.25 -0.9 0.3 0.83 1.93 -1.3 -1.02 0.57 -0.18
Spov3_chr1.02141 (UMAMIT10)
0.06 1.51 - -0.12 - - - 0.66 -0.22 - -0.22 -0.24 0.86 - 1.7 - - 0.57 -0.09 - 2.35 - 2.2 0.95 - - - 0.03 -0.12 -
0.58 0.25 0.04 -1.4 0.39 -2.85 0.29 0.05 -0.29 -2.65 -0.39 0.23 0.16 1.01 0.87 -0.22 -0.14 - 0.21 -0.74 1.44 -2.75 1.32 -1.16 -1.02 0.2 -1.74 0.06 0.36 -0.43
- 3.24 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - 3.0 - - - 3.5 - - - - -
0.74 1.03 -0.05 1.47 -1.07 - -0.27 0.4 0.01 2.55 0.08 - -1.08 - 0.43 -0.08 - - - - -0.49 -1.33 -1.15 - -0.26 0.5 -1.42 -0.8 0.63 1.55
- - - - - - - - - - - - 3.05 - - - - 2.69 - - 3.93 - - - - - - - - -
- - - - 1.02 - - - - - - -0.02 - -16.0 - - -0.61 3.31 -0.18 - 2.58 - 2.95 -1.12 - 0.42 - - - -
- - 1.51 1.3 0.51 - 1.31 0.68 0.49 0.45 - 1.98 0.49 - - - 1.57 - - - 2.07 - - - 1.46 0.24 - - - -
1.71 -0.14 1.22 0.68 0.61 0.22 -0.38 -7.68 1.89 -0.05 1.05 -1.32 -2.45 1.14 -1.88 - 1.03 - 0.06 -1.06 - -1.9 0.1 - - 1.06 - - - 0.72
0.09 0.7 -0.19 -0.25 0.39 0.18 -0.14 -0.54 -0.18 0.35 -0.06 -0.45 -0.0 0.02 -0.3 -0.13 0.02 -0.23 0.14 0.09 0.16 -0.13 -0.11 -0.15 -0.06 0.1 0.02 -0.1 0.08 0.07
-0.09 1.8 -0.46 - -0.62 - - 1.28 0.03 - - 0.59 -0.27 - 0.52 1.65 -0.44 - - - 1.93 - -0.21 -0.18 -0.4 -0.61 1.48 -0.12 - 1.27
0.07 -0.63 -2.1 -1.21 -1.9 -0.43 1.3 -2.91 -0.21 -0.07 0.37 0.36 1.66 -0.06 -0.48 0.12 0.12 -0.41 -0.94 -0.12 0.75 -0.46 1.13 0.4 -0.03 -1.38 -0.01 0.37 -0.2 -
0.16 -0.11 -0.16 -0.01 -0.01 0.02 -0.03 0.06 0.03 -0.11 -0.15 0.12 -0.04 0.3 0.17 0.23 0.22 0.11 -0.13 -0.42 -0.14 -0.27 0.02 -0.18 -0.13 -0.17 0.04 -0.11 0.05 0.33
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
0.5 -0.23 0.09 0.05 -0.46 -0.06 -1.02 0.63 -1.94 -0.13 1.01 -0.69 -1.41 -0.61 -0.22 -0.05 -0.14 -0.13 0.51 0.21 0.27 0.12 0.06 0.43 -0.02 0.19 0.86 -0.93 0.21 -0.91
2.34 - - 0.48 - - 1.9 - - - 0.71 0.61 - 1.77 - - - 0.53 - - 2.69 0.48 - - - - - 1.98 - -
-0.03 - 1.29 -0.12 1.23 -0.44 - - -0.42 - - 0.62 - - 0.57 - 2.23 - - - 2.73 - 1.86 - - 0.46 -0.16 - - 0.64
- - - - - - - - - 2.75 - -0.57 2.85 -0.59 - 0.4 - - - -0.47 2.18 - 2.43 - -0.6 -0.68 -0.63 - - -0.33
- - - - - - - - - - - - 2.41 - - - - - - - 2.82 2.58 1.18 2.79 - - - - 1.3 -
- - - - - - - - - - - - 3.68 - - - - 2.45 - - - - 3.55 - - - - - - -
1.36 2.13 -0.9 - 0.94 -0.15 -2.22 -0.99 - 0.79 -0.03 -2.05 -1.86 0.95 0.2 -0.88 0.59 - - 1.0 -0.05 - -0.88 -0.56 1.06 -1.06 -0.37 -0.17 1.14 -
0.76 1.77 -0.58 1.01 0.99 -2.34 -1.79 -1.22 0.2 0.15 -1.35 -0.46 0.28 0.78 -2.74 1.21 -0.88 -0.43 -0.54 -1.15 -2.54 -0.93 0.78 0.27 -2.54 -0.23 0.07 -1.4 0.7 -1.25
Spov3_chr2.01866 (NIMIN-2)
- - - - - 2.36 - - - - - - - - - - - - - - 4.64 - - - - - - - - -
Spov3_chr2.02084 (CYP71B28)
-0.25 -0.14 0.17 -0.19 0.19 0.26 -0.25 0.06 -0.32 -0.34 0.5 0.19 -0.06 0.18 0.19 0.11 -0.1 -0.17 -0.05 -0.47 -0.35 0.26 0.04 0.23 0.22 -0.48 0.17 0.3 -0.03 -0.6
- -0.57 0.88 -0.95 - 1.16 0.27 0.77 0.22 1.41 0.5 - - - - 0.99 - 0.7 - - 1.88 - 0.45 0.47 0.13 - -0.05 1.41 -0.74 0.29
- -1.31 0.81 -0.18 -1.42 - -1.28 -1.39 - 1.31 1.14 1.94 - 1.01 0.81 -1.31 -1.43 - - -0.56 1.7 - 0.26 0.7 0.65 1.71 - -0.43 -1.32 -
- - - - - - - - - 2.92 - 2.91 - - - - - - - - 2.95 - - 2.85 - - - - - -
2.53 - - - - - 2.28 - - - - - - - - - - - 3.16 - 3.38 - - - - - - - - -
-0.1 -0.25 -0.09 -0.01 -0.28 -0.12 -1.39 -0.0 0.18 -0.5 -0.15 0.31 0.37 0.66 0.42 0.45 -0.04 0.81 -0.68 -2.18 -0.57 -0.35 -0.65 -0.55 -0.12 -0.21 -0.32 0.42 -0.17 1.29
Spov3_chr2.03626 (RECQSIM)
2.47 - - -0.42 0.49 1.39 - - - - 0.89 - 0.9 2.36 0.62 - - 1.11 -0.55 - 2.04 -0.52 - - - - - - 0.7 -
-0.73 1.21 0.12 - 0.57 - - - 2.03 1.4 -0.61 - - 1.12 0.6 0.98 -0.69 -1.06 - 1.61 -0.89 -0.09 - - 1.91 -0.8 - - - 0.58
- 3.93 - - - - - - - - - - 3.88 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.63 2.05 0.88 - - - - - - 2.17 0.61 - - 2.07 - - 2.67 - 2.11 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.13 - - - - - - - - 3.64 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.25 - - - - - - 3.46 - -
- - - - 2.12 3.28 - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - - - - - - - - -
Spov3_chr2.05601 (ALKBH9B)
0.06 0.14 0.07 0.42 -0.1 -0.98 -0.83 0.4 -0.59 -1.07 0.17 -0.71 -0.08 0.21 0.65 -0.11 -0.22 0.24 -0.81 0.38 0.56 -0.36 0.48 -0.28 0.4 -0.13 0.41 0.23 -0.07 -0.74
0.25 0.31 1.07 0.12 -0.1 0.5 0.21 -0.63 -0.6 -0.83 - -0.4 -1.03 -0.11 -0.52 0.44 0.53 0.48 0.48 0.56 0.62 -0.27 -0.6 -0.71 0.54 -0.24 0.04 -0.63 -0.93 -0.09
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.94 - 3.87 - - - - - - - - -
- 0.22 -2.6 - - 1.14 - - - - - - 0.94 1.22 - - - 0.66 - - 2.81 - 1.36 1.33 - - 3.09 - - -
- - 0.38 - 1.47 1.07 - - - 0.96 1.03 - 1.86 - - - -0.82 -0.93 0.94 -0.86 0.25 0.02 2.66 - - -0.83 -1.07 - 1.63 -
- -0.54 - 1.5 1.6 -0.87 0.89 -0.98 2.11 1.65 - -0.47 - - - 2.11 1.16 -2.92 - - - - - - - - 0.54 0.85 -0.56 0.78
- - - - - - - - - - - - - - - 2.4 - - - - 4.63 - - - - - - - - -
-0.95 0.29 0.12 -1.1 -0.3 -0.06 -0.39 0.76 0.38 -0.81 -0.24 -0.15 0.05 0.82 0.57 -0.37 0.66 -0.51 -1.22 -0.01 0.6 0.28 0.34 -1.34 -0.17 0.15 0.41 -0.18 -0.09 -0.81
- 0.81 -1.58 -1.6 -0.1 -0.78 -1.68 -1.56 - -1.67 0.11 1.36 - 0.01 1.07 -0.6 -0.7 -1.8 - -1.9 1.95 -0.69 1.88 1.16 0.69 1.01 -0.34 0.06 - -0.61
1.7 - -0.79 -0.81 1.34 -0.08 - - 1.25 1.4 0.77 0.93 - 1.16 - 0.18 0.16 -1.12 -1.01 -0.24 - 0.84 - - 0.01 - 0.02 0.81 -0.9 0.13
- -0.57 -0.57 - 0.35 - -0.37 - - - -0.48 - -0.53 -0.42 -0.8 - -0.54 - - 1.54 1.94 0.19 0.98 -0.48 1.25 -0.5 0.58 1.19 0.49 2.13
0.18 - - 2.01 0.17 - 1.93 - 1.68 0.14 - - - 0.07 1.04 - - - - - 1.17 - - - - - 1.41 2.37 0.35 0.21
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3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - - - - - - - 2.02 -
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Spov3_chr5.00715 (LecRK-I.1)
0.06 - -0.02 0.03 1.56 -0.09 1.44 0.56 0.05 1.15 -1.35 -0.6 -1.31 0.07 0.4 - - -1.67 -1.57 -0.13 1.19 -1.71 -0.64 -0.34 0.49 - 1.3 - - 1.23
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0.49 -0.11 -0.02 -0.2 0.43 -0.05 0.51 0.08 -0.01 -0.1 -0.02 0.23 -0.09 0.32 0.19 -0.39 0.06 -0.19 -0.47 -0.21 0.25 -0.58 -0.73 -0.58 0.05 0.27 -0.12 0.26 -0.73 0.32
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- - - - - - - - - 3.9 1.47 - - - - - - - - - - - 3.3 - - - - - - 1.31
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- - - - - 1.6 1.92 - - 2.04 - - - 1.89 1.75 2.11 - - - - - - - - 2.02 - - - - 1.86
- - - - - 1.36 - - - - 0.76 - - - - - - - - - 3.23 3.19 - 2.15 1.48 - - - - -
1.24 -0.4 -0.53 -0.43 -0.2 0.17 -0.62 -0.4 0.3 -0.06 -1.6 -0.37 0.52 0.52 0.67 0.35 0.15 -0.35 0.15 -2.94 0.25 -0.72 -0.63 -1.02 0.37 0.24 -0.66 0.48 0.21 0.36
- - - - - 3.17 - - - - - - - - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - 3.27
-0.12 0.72 1.14 -0.51 0.78 -0.04 -1.51 -1.97 0.04 -0.39 -1.03 -0.62 -1.25 0.31 0.09 -0.07 0.41 -0.71 0.02 -0.67 -0.42 -0.66 0.06 -2.14 0.13 0.31 -0.24 -2.4 1.11 1.51
Spov3_chr6.02229 (CYP87A2)
- -2.28 1.02 -3.93 -0.72 -1.09 -1.6 -0.26 -3.42 - -2.08 -0.27 -0.31 1.56 -0.64 -0.78 -1.75 -2.1 -3.74 0.82 3.45 -2.31 -1.58 0.74 0.75 0.45 -1.95 -3.43 -1.77 -2.83
- - - - - 1.95 - 0.99 - 1.23 - - - - - - - - 2.48 - 2.93 1.13 - - - - 1.98 - - 1.28
0.89 -0.25 0.73 0.0 -0.11 1.73 0.84 -2.66 -0.07 0.34 -1.21 -0.3 -1.51 0.42 -0.88 -0.74 -0.41 -1.05 0.15 -0.35 0.54 0.56 - 0.01 0.03 -4.13 -6.55 0.28 0.69 0.26
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- - - 1.14 - 0.29 1.15 - - - - - - - - - - 2.14 - 2.52 2.91 - - - - - 0.43 - 2.42 -
- - - - - 1.96 1.18 - - 2.86 - 1.15 - - - 2.94 - - - - - - - - - - - - - 2.75
Spov3_S01.00114 (RECQSIM)
2.47 - - -0.42 0.49 1.39 - - - - 0.89 - 0.9 2.36 0.62 - - 1.11 -0.55 - 2.04 -0.52 - - - - - - 0.7 -
1.83 1.55 - - -0.14 0.5 1.89 -0.19 - 0.33 2.58 -1.52 - - - - - - - 0.23 2.74 0.25 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.6 3.76 - - - - 3.37 - - - - - - - - -
- 1.82 - 2.28 - 0.4 - - - - - - 0.79 - - 0.71 - - 0.76 - 2.19 - 1.46 0.79 - - 0.45 - - 2.27

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.