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Heatmap: Cluster_277 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000596 (CLC-C)
 0.19 0.43 0.24 0.26 0.46 0.33 -0.76 -0.76 0.33 -0.21 -0.08 0.13 -0.81 0.94 0.81 -0.15 -0.35 0.07 0.17 -0.22 -0.22 -0.4 -0.03 -0.47 -0.5 -0.31 -0.43 -0.38 0.08 -0.06 -0.21
Bra002216 (AILP1)
 0.91 0.83 0.67 0.13 0.39 0.53 -0.88 -0.87 0.31 -0.56 -0.43 -0.03 -2.25 0.35 0.59 -1.29 -1.39 -2.61 -0.68 -1.0 -0.84 -0.47 -0.5 -0.1 -0.18 -0.15 -0.01 0.71 0.88 1.08 -0.29
Bra002608 (OPL4)
 0.8 0.33 0.22 -0.16 1.26 0.9 -0.66 -0.44 -0.27 -0.64 -0.52 -0.47 -0.52 1.0 0.91 -0.24 -0.0 0.07 -0.46 -0.62 -0.36 -0.51 -0.25 -0.63 -0.77 -0.59 -0.82 -0.01 0.22 -0.08 -0.52
Bra003166 (DEI1)
 0.4 0.33 0.37 -0.47 0.98 0.68 -0.66 -0.56 0.19 -0.34 -0.15 -0.01 -0.64 0.72 0.73 -0.4 -0.8 -0.45 -0.27 -0.31 -0.45 -0.37 0.33 -0.39 -0.36 -0.49 -0.53 0.18 0.31 0.06 -0.1
Bra003336 (ICDH)
 0.76 0.62 0.49 0.25 0.89 0.6 -1.04 -0.98 -0.2 -0.25 -0.35 -0.3 -0.48 0.41 0.68 -0.22 -0.29 -0.05 -0.22 -0.54 -0.6 -0.33 0.3 -0.52 -0.7 -0.52 -0.62 0.04 -0.02 0.22 0.19
Bra003785 (GALT5)
 0.42 0.43 0.69 0.35 0.91 0.54 -0.75 -0.42 -0.11 -0.5 -0.29 -0.4 -0.41 0.38 0.62 -0.01 -0.53 -0.14 -0.22 -0.29 -0.52 -0.41 0.21 -0.1 -0.33 -0.48 -0.41 -0.2 -0.02 -0.02 0.08
Bra004420 (SCC3)
 0.35 0.44 0.33 -0.03 0.77 0.45 -0.51 -0.48 -0.1 -0.25 -0.28 -0.22 -0.44 0.45 0.72 -0.14 -0.38 0.08 -0.11 -0.35 -0.5 -0.27 0.27 -0.41 -0.32 -0.32 -0.32 0.11 0.06 -0.05 -0.01
0.14 0.3 0.09 0.12 0.82 0.66 -0.52 -0.85 0.35 -0.1 -0.06 -0.07 -0.98 0.75 0.84 -0.35 -0.37 -0.58 0.15 -0.08 -0.13 0.02 -0.71 -0.12 -0.23 -0.63 -0.28 0.03 0.23 -0.47 -0.27
Bra004942 (DTA2)
 0.5 0.16 0.3 -0.13 0.88 1.02 -0.36 -0.45 -0.18 -0.33 -0.84 -1.0 -1.44 0.58 0.96 0.2 -0.11 -0.22 0.33 0.02 -0.23 -0.06 -2.55 -0.41 -0.31 -0.18 -0.46 0.13 0.6 -0.28 -0.71
Bra005022 (DVL11)
 0.95 0.73 1.44 0.83 1.11 0.56 -1.6 -2.2 0.13 -0.66 -0.34 -0.77 -2.62 0.03 0.59 -2.44 -2.84 -2.22 -0.76 -0.89 -0.99 -0.32 0.08 -0.32 -0.14 -0.71 0.17 0.72 1.01 0.36 -0.9
0.29 1.49 1.46 1.05 2.02 2.22 -1.22 -3.01 -1.41 -1.71 -2.22 -1.85 -3.58 1.79 1.42 -2.33 -1.87 -2.54 -1.9 -2.3 -1.71 -0.89 -1.44 -2.31 -2.03 -2.31 -2.51 0.04 0.08 -1.91 -6.19
0.16 -0.29 0.01 0.18 0.76 0.89 -0.35 -0.69 0.76 0.07 0.02 -0.26 -0.85 1.08 1.05 -0.18 -0.52 0.11 0.19 -0.06 -0.13 0.0 -1.03 -0.58 -0.74 -1.06 -0.68 -0.36 -0.05 -0.73 -0.42
1.73 1.09 1.56 -0.51 0.16 0.07 -2.76 -4.18 -0.16 -1.49 -0.38 -0.51 -2.69 -1.08 -2.63 -3.34 -1.59 -5.98 -1.41 -2.41 -1.4 -1.31 -4.41 0.46 0.42 -0.23 0.25 0.98 2.14 1.28 -0.68
0.38 0.41 0.35 0.29 0.74 0.34 -0.53 -0.32 -0.1 -0.03 -0.38 -0.06 -0.85 0.73 0.62 -0.06 -0.35 -0.09 -0.09 -0.12 -0.23 -0.32 -0.37 -0.32 -0.27 -0.22 -0.3 -0.18 0.0 -0.06 -0.08
0.44 0.53 0.27 0.0 0.65 0.75 -0.28 -0.09 0.26 -0.06 0.04 0.09 -0.55 0.61 0.8 -0.42 -0.33 -0.26 0.1 -0.27 -0.09 -0.44 -0.69 -0.45 -0.8 -0.69 -0.56 -0.19 -0.15 -0.27 -0.02
0.24 0.32 0.32 -0.04 0.55 0.34 -0.51 -0.36 -0.06 -0.21 -0.3 -0.2 -0.19 0.47 0.54 -0.29 -0.29 0.06 -0.2 -0.06 -0.3 -0.13 0.35 -0.17 -0.36 -0.34 -0.14 0.0 0.11 -0.03 -0.02
Bra007432 (Cand3)
 0.18 0.06 0.11 0.05 0.41 0.62 -0.01 -0.39 0.17 -0.24 -0.09 -0.02 -0.62 0.44 0.26 -0.13 -0.25 -0.05 0.08 -0.13 -0.13 -0.11 -0.3 -0.12 -0.16 -0.27 -0.21 0.05 0.12 -0.05 0.04
0.07 0.3 0.16 -0.18 0.76 0.7 -0.47 -0.68 0.04 -0.1 -0.03 -0.34 -0.71 0.57 0.79 -0.46 -0.55 -0.11 0.24 -0.26 -0.16 0.07 -0.49 -0.03 -0.41 -0.73 -0.33 0.12 0.53 -0.06 -0.2
0.38 0.32 0.44 0.1 0.81 0.42 -0.72 -0.76 -0.15 -0.3 -0.37 -0.32 -0.46 0.41 0.52 -0.26 -0.17 -0.05 -0.17 -0.29 -0.28 -0.37 0.37 -0.23 -0.35 -0.19 -0.25 0.16 0.19 0.06 0.03
0.45 0.37 0.35 0.29 0.6 0.44 -0.29 -0.31 -0.07 -0.35 -0.29 -0.37 -0.45 0.73 0.81 -0.12 -0.36 0.14 -0.01 -0.25 -0.38 -0.26 -0.63 -0.49 -0.42 0.13 -0.53 0.03 0.08 -0.25 -0.3
Bra008742 (TOT3)
 0.55 0.41 0.32 0.27 0.58 0.31 -0.24 -0.37 0.09 -0.07 -0.11 0.06 -0.35 0.22 0.37 0.05 -0.07 -0.31 -0.25 -0.12 -0.27 -0.09 -0.14 -0.32 -0.37 -0.19 -0.19 0.02 -0.08 -0.15 -0.42
0.41 0.74 0.42 0.31 0.94 1.12 -0.22 -0.31 -0.03 -0.43 -0.51 -0.57 -0.99 0.99 0.95 -0.73 -0.78 -0.37 0.08 -0.52 -0.71 -0.26 -1.1 -0.41 -0.38 -1.4 -0.41 0.0 0.24 0.05 -0.59
Bra010859 (SRD2)
 0.94 0.52 1.04 0.31 0.95 0.61 -0.49 -0.39 0.07 -0.4 -0.6 -0.03 -0.81 0.74 0.59 -0.28 -0.52 -0.25 -0.53 -0.6 -0.95 -0.85 0.18 -0.47 -0.4 -0.78 -0.69 -0.16 -0.08 -0.25 -0.05
Bra011427 (SLOMO)
 0.42 0.39 0.2 -0.03 0.72 0.54 -0.5 -0.81 -0.1 -0.14 -0.38 -0.23 -0.98 0.73 1.03 -0.12 -0.22 -0.14 -0.07 -0.23 -0.68 -0.26 -0.69 -0.26 -0.13 0.07 -0.26 0.1 0.19 -0.19 -0.15
0.17 0.42 0.38 0.32 0.57 0.48 -0.32 -0.33 -0.12 -0.13 -0.17 -0.12 -0.13 0.76 0.74 0.1 -0.09 -0.22 -0.03 -0.1 -0.22 -0.13 -0.19 -0.44 -0.38 -0.16 -0.5 -0.45 -0.13 -0.47 -0.52
0.62 0.75 -0.07 -0.27 0.7 0.76 -1.04 -1.55 -0.32 -0.25 -0.23 -0.76 -1.44 0.85 0.98 -0.99 -0.81 -0.71 -0.25 -0.75 -0.43 -0.17 0.01 0.1 -0.04 0.09 0.03 0.31 0.41 0.22 0.0
Bra014393 (PEUP2)
 0.71 0.61 0.7 0.29 0.62 -0.03 -1.08 -1.17 0.39 -0.01 0.53 0.21 -0.87 0.17 0.12 -0.55 -0.93 -1.4 -0.68 -0.53 -0.59 -0.26 -0.77 -0.04 -0.15 -0.03 0.07 0.18 0.49 0.37 0.22
0.92 0.57 0.39 0.01 1.13 1.07 -0.72 -0.92 0.06 -0.32 -0.34 -0.08 -1.6 0.94 1.18 -0.88 -0.65 -1.22 -0.02 -0.63 -0.51 -0.64 -2.59 -0.67 -0.66 -1.06 -0.6 0.3 0.34 0.59 -0.65
Bra016039 (CKL2)
 0.72 0.51 0.38 0.2 0.8 0.51 -0.66 -0.52 -0.09 -0.28 0.03 -0.03 -0.34 0.23 0.44 -0.36 -0.29 0.27 -0.08 -0.19 -0.31 -0.09 -0.13 -0.42 -0.47 -0.46 -0.31 0.05 -0.17 -0.13 -0.38
0.81 0.68 1.07 0.4 0.77 0.73 -0.48 -0.47 -0.32 -0.8 -0.56 -0.52 -0.57 0.82 0.51 -0.36 -0.59 -0.14 -0.45 -0.78 -0.46 -0.52 -0.51 -0.27 -0.44 -0.43 -0.09 -0.61 -0.01 0.07 0.1
Bra019446 (BEN1)
 0.47 0.38 0.31 0.18 0.56 0.39 -0.3 -0.41 -0.06 -0.12 -0.1 -0.18 -0.48 0.34 0.39 -0.03 -0.19 0.04 -0.23 -0.1 -0.27 -0.09 -0.56 -0.31 -0.24 -0.15 -0.13 0.12 0.06 -0.09 -0.09
Bra019550 (CDKG1)
 0.48 0.31 -0.03 0.09 0.37 0.57 -0.55 -0.61 -0.08 -0.12 -0.07 -0.08 -0.43 0.49 0.53 -0.23 -0.27 -0.03 -0.05 -0.08 -0.32 -0.19 -0.58 -0.16 -0.25 -0.26 -0.22 0.18 0.26 0.25 -0.05
Bra022023 (CUL4)
 0.6 0.43 0.38 -0.41 0.76 0.56 -0.77 -0.59 0.2 -0.19 -0.23 -0.1 -0.63 0.43 0.64 -0.27 -0.53 -0.28 -0.12 -0.38 -0.4 -0.25 -0.07 -0.22 -0.35 -0.31 -0.38 0.33 0.28 0.11 -0.07
0.67 0.73 1.07 0.23 0.14 0.39 -1.06 -0.75 -0.18 -0.47 -0.0 -0.1 -1.14 -0.78 -0.06 -0.89 -0.88 -0.25 -0.13 -0.49 -0.49 -0.64 -0.62 -0.01 -0.06 -0.56 0.04 0.7 0.84 0.63 0.35
Bra024244 (VPS20.2)
 0.11 0.11 0.21 -0.31 0.87 0.72 -0.65 -0.46 0.03 -0.29 -0.02 -0.17 -0.34 0.83 0.74 -0.4 -0.66 -0.15 -0.2 -0.13 -0.27 -0.32 0.24 -0.18 -0.31 -0.2 -0.41 0.01 0.18 -0.1 -0.3
Bra024309 (MGT9)
 0.66 0.8 0.75 0.11 0.8 0.55 -1.05 -1.04 -0.15 -0.44 -0.5 -0.36 -0.52 0.25 0.56 -0.17 -0.43 0.25 -0.32 -0.3 -0.4 -0.18 -0.27 -0.29 -0.49 -0.55 -0.36 -0.06 -0.04 0.4 0.17
0.5 0.71 0.32 0.15 0.76 0.99 -0.66 -1.16 0.01 -0.23 -0.08 -0.26 -0.83 0.62 0.76 -0.1 -0.21 -0.63 -0.46 -0.28 -0.3 0.1 -1.06 -0.09 -0.12 -0.2 -0.39 -0.01 0.29 -0.77 -0.45
Bra026074 (SYP51)
 0.8 0.9 0.7 0.44 1.21 0.48 -0.99 -0.34 0.37 -0.17 0.06 0.0 -0.5 0.68 0.65 -0.34 -0.84 0.07 -0.16 -0.86 -0.78 -0.45 -0.24 -0.87 -0.78 -0.68 -0.6 -0.24 -0.45 -0.52 -0.73
Bra026112 (TPL)
 0.94 0.69 0.21 0.2 0.89 0.38 -0.66 -0.72 -0.32 -0.33 -0.61 -0.3 -0.41 0.8 0.68 -0.49 -0.4 0.15 -0.03 -0.43 -0.49 -0.57 0.26 -0.53 -0.56 -0.39 -0.32 -0.01 0.04 -0.09 -0.29
0.94 1.0 1.01 0.27 1.02 0.36 -1.63 -1.13 -0.45 -0.42 -0.65 -0.56 -0.82 0.25 0.37 -0.72 -0.9 0.44 -0.58 -0.98 -0.8 -0.62 0.42 -0.57 -0.41 -0.21 -0.42 0.31 -0.07 0.43 0.16
0.23 0.17 0.15 -0.07 0.48 0.3 -0.39 -0.34 -0.01 -0.3 -0.23 -0.23 -0.19 0.58 0.46 -0.1 -0.09 0.19 -0.21 -0.19 -0.17 -0.18 -0.19 -0.2 -0.13 -0.04 -0.13 0.22 0.22 -0.17 -0.14
Bra032166 (XLG1)
 0.87 0.63 0.47 -0.12 0.83 0.9 -0.78 -1.06 -0.13 -0.28 -0.18 -0.3 -0.84 0.58 0.86 -0.3 -0.21 -0.03 -0.05 -0.16 -0.37 0.01 -0.87 -0.54 -0.52 -0.46 -0.41 0.1 0.16 -0.31 -0.69
Bra033222 (NOT1)
 0.36 0.31 0.16 0.04 0.46 0.31 -0.37 -0.17 -0.01 -0.01 -0.15 -0.07 -0.45 0.39 0.46 -0.01 -0.15 -0.08 -0.09 -0.11 -0.21 -0.15 -0.56 -0.24 -0.16 -0.1 -0.03 0.02 -0.05 -0.05 0.07
Bra033698 (PNH)
 0.69 0.48 0.92 0.28 0.84 0.42 -0.84 -1.17 -0.21 -0.38 -0.32 -0.5 0.09 0.28 0.55 -0.19 -0.35 0.16 -0.51 -0.68 -0.91 -0.58 -0.16 -0.48 -0.34 -0.56 -0.23 0.25 0.2 0.15 0.25
Bra036110 (NHX1)
 -0.04 0.02 0.05 -0.02 0.68 0.86 0.01 0.02 0.5 -0.1 0.09 0.18 -0.48 0.81 0.94 -0.18 -0.55 0.24 0.19 -0.06 -0.24 -0.12 -0.26 -0.8 -0.78 -1.01 -0.8 -0.32 -0.24 -0.54 -0.78
Bra038830 (ADO2)
 0.72 0.47 0.3 -0.01 0.65 1.04 -0.18 -0.53 -0.24 -0.46 -0.27 -0.33 -0.53 0.42 0.58 -0.11 -0.5 -0.28 -0.02 -0.23 -0.32 -0.14 -0.45 -0.25 -0.23 -0.9 -0.28 0.08 0.03 -0.13 0.06
Bra039003 (TAG1)
 0.39 0.53 0.64 0.03 1.07 0.51 -1.4 -0.69 0.06 -0.65 -0.51 -0.18 -1.06 0.73 1.03 -1.01 -1.07 0.0 -0.53 -1.09 -1.15 -0.82 0.83 -0.48 -0.41 -0.46 -0.47 0.4 0.47 0.24 -0.03
Bra039092 (ENY2)
 0.67 0.47 0.14 0.05 0.78 0.68 -0.44 -0.86 -0.17 -0.25 -0.16 -0.54 -0.49 0.49 0.8 -0.5 -0.58 -0.4 -0.09 -0.48 -0.27 -0.44 -0.08 -0.06 -0.09 -0.07 -0.23 -0.04 0.2 -0.06 0.04
Bra039310 (DTA2)
 0.65 0.71 0.36 0.1 1.03 0.93 -0.48 -0.56 -0.4 -0.33 -0.44 -0.86 -1.39 0.91 0.94 -0.26 -0.24 -0.23 0.07 -0.12 -0.39 -0.11 -2.06 -0.75 -0.82 -0.1 -0.48 -0.02 0.45 -0.13 -0.83
Bra039329 (CYP76C6)
 0.53 0.6 -0.1 -0.03 0.43 0.59 -0.15 0.22 0.32 -0.19 0.06 0.24 -0.73 0.25 0.49 -1.05 -0.82 -0.8 -0.1 -0.84 -0.56 -0.56 -1.85 -0.1 -0.03 -0.03 0.1 0.09 0.34 0.51 0.28
0.93 1.05 0.1 0.19 0.33 0.97 -1.14 -0.58 -0.01 -0.81 -0.59 -0.14 -2.73 1.0 1.42 -2.11 -1.84 -1.56 -0.26 -1.52 -1.04 -1.0 -1.93 0.07 -0.24 -0.52 -0.19 0.78 0.59 0.73 -0.22

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.