Heatmap: Cluster_47 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0001.00177 (AtPAE10)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0002.00114	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0003.00100 (SmD1b)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.13	-	-	2.75	-	-	-	-	-	-	-	2.59	-	-	-	-	-	-	-	-	3.09	-
Spov3_C0004.00083 (AGL62)	-	0.53	-	-	-	-	-	-	2.28	-	-	2.35	-	-	-	-	1.58	2.56	-	-	-	1.4	-	0.27	-	-	1.21	0.41	-	1.16
Spov3_C0008.00081 (CYP51)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.45	3.34	-	-	-	-	-	-	-	2.33	-	3.23	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0009.00030	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0013.00029 (ARF17)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0013.00040	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.05	-	-	-	4.44	-
Spov3_C0020.00037	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	3.71	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0026.00025 (EXO70H5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0029.00009	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.41	-	3.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.29
Spov3_C0033.00003 (PGP13)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0057.00004	1.15	1.01	0.04	-	-	2.38	0.67	0.86	-	0.54	-	-	-	2.44	-0.41	1.7	-	1.51	-	-0.44	-	-	-	-	-	0.71	-	-	-	-
Spov3_C0058.00007	3.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.13	2.34	-	-	2.49	-	2.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0060.00005 (OTP439)	-	-	-	-	-	-	3.26	-	-	-	-	4.35	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0061.00001 (TRM28)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0068.00002 (HUB2)	-	-	3.89	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0073.00003	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0078.00008	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_C0100.00004	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.38	-	-	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0436.00005	2.14	-0.13	1.05	-0.41	1.91	-0.31	-	-1.45	-	-	-	0.26	-	1.76	-1.57	0.04	-	-1.47	0.13	-0.08	-	-0.66	-0.51	-	-	-	1.56	0.32	0.63	0.59
Spov3_chr1.01092	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.05	2.72
Spov3_chr1.01182	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr1.01787 (LON1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.1	-	-
Spov3_chr1.02020	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02041 (GRF7)	0.63	0.54	-0.28	-0.47	0.4	-0.01	0.47	-1.44	-0.51	0.51	0.09	-0.87	-0.83	0.66	0.12	0.24	-0.05	0.02	-1.01	0.34	-0.25	-0.07	-1.27	0.25	0.2	0.49	-0.64	0.07	0.01	-0.25
Spov3_chr1.02134 (PPPS2)	-	-0.87	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.47	-	-	-	2.71	-	-	1.64	-	-	3.07	2.55	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02240 (UBP1C)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.18	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.39	-
Spov3_chr1.02533 (DUT1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02591 (BRD13)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr1.02593 (KOR2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr1.02834 (OXR2)	2.32	-	0.52	-	0.43	1.63	-	-	0.7	1.89	1.66	2.5	-	-	-	-	-	-	0.7	-	-	-	-	-	-	-	1.74	-	-	-
Spov3_chr1.03245 (CYP57)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.3	-	-	-	2.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.43
Spov3_chr1.04042 (HLB1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.49	-	-	-	-	-	-	-	4.23	-
Spov3_chr1.04278 (PKSB)	-1.59	-	0.12	-0.21	0.37	-2.02	-1.1	-	0.04	-0.87	-0.2	-	1.71	-	1.16	1.61	-0.29	1.48	-1.97	-	-1.92	1.06	1.1	-	0.5	0.86	-0.0	0.37	-0.83	-1.84
Spov3_chr1.04350 (PME12)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.04397 (TT13)	0.09	-	0.06	-1.18	-0.94	1.67	-0.05	1.09	-	-	0.77	-1.04	0.06	2.15	-	1.14	-	1.18	-	-	-	-0.17	-	-0.77	-	-1.05	0.41	0.32	-0.94	1.79
Spov3_chr1.04538 (RBB1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	-	-	-	-	-	-	-	3.89	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.01223 (PGP10)	2.31	0.5	2.15	-	-	-	1.59	0.48	2.29	-	-	2.89	-	-	-	-	-	-	-	1.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.01316 (NERD)	0.95	-0.68	-	1.88	-0.81	-	-0.78	-0.59	-0.47	-	-0.71	2.35	0.38	-	-	-0.7	1.31	1.42	-	-	-	1.61	0.78	-	-	-0.84	-	-0.53	-	1.28
Spov3_chr2.02218 (PPRT1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr2.02690 (GPDHC1)	-	-	-	2.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.55	-	2.17	-	3.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02695	1.71	1.1	1.62	-	-1.07	-	-	-	-	-	-	-	-	0.4	-	0.11	2.69	-0.29	-	-	-	1.48	-0.15	1.09	1.2	-1.34	-0.43	-0.98	0.66	-
Spov3_chr2.03612	1.26	-	0.98	1.59	-0.93	-	-	-	0.29	-0.62	-	-0.77	-	0.86	1.59	2.12	-	2.15	-	-	-	-	0.83	-	0.17	0.09	-	-	-0.43	0.42
Spov3_chr2.03692 (IQD20)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03739 (YCF2.2)	-0.6	0.27	-0.76	0.88	-0.8	-0.12	1.44	1.3	-0.71	0.3	-	1.67	-0.52	1.92	0.65	1.42	-0.62	-	-	-0.48	-	-	-0.8	-	-	0.09	-0.62	-	-0.88	0.11
Spov3_chr2.03836	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr2.04460 (MFP1)	-	0.41	-	1.73	-	-	-	-	-0.34	-	0.41	-	-0.72	2.34	0.34	1.7	-0.34	1.67	1.02	-	-	-	-	-0.77	-	-0.14	-	-0.41	1.72	0.58
Spov3_chr2.04641 (PDR2)	-	-	-	-	-	-	-	3.38	-	-	-	3.15	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.42	-	-
Spov3_chr2.05286 (CRCK2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr3.00111	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr3.01395 (NET2B)	2.65	0.05	0.67	-2.21	1.49	1.61	-	-	-	-0.05	0.77	1.0	-1.01	-0.05	-	-0.24	-1.02	-	-1.86	-0.71	-0.16	1.16	-	-	-0.19	-1.08	-0.76	-5.57	0.15	-1.11
Spov3_chr3.01880 (DDP2)	-	0.5	-	-	-	0.2	0.17	0.41	-	-	-	2.6	1.49	1.97	-	1.43	0.47	2.5	-	-	-	-	-	0.2	0.4	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02082	-	-	1.47	-	-	1.84	-	-	-	-	1.5	-	0.37	-	1.23	0.57	2.07	-	-	-	-	-	1.88	-	1.33	0.26	-	0.46	0.57	0.33
Spov3_chr3.02135	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02169 (ATE2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr3.02241 (APE1L)	2.12	-	1.26	-1.84	-0.9	-1.73	-1.63	-	-1.6	0.44	-	-0.69	-	-	-	-	-	-	0.11	-	-1.64	-	-	2.02	-0.65	-	-	0.56	3.1	1.76
Spov3_chr3.02242 (KATB)	2.45	-0.77	-	-	-1.0	-1.07	-0.12	-	-	0.06	-	0.95	0.13	-	-1.08	-	0.56	-	-	-	-	1.14	-	-0.76	-	-1.2	-	-	3.44	0.97
Spov3_chr3.02369	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02736 (NET1D)	-	-	-	-	2.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34	-	-	-	-	3.96	-
Spov3_chr3.03075	1.5	-	-	1.63	-	1.92	-	-	-	-	-	-	-	-	2.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.08	2.92
Spov3_chr3.03210	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03722	-	-	-	0.92	-	-	-	-	-	-	-	3.88	-	-	-	-	-	-	-	2.18	-	-	-	-	-	-	1.98	-	-	2.3
Spov3_chr3.03848	-	-	-	3.78	-	-	-	-	-	-	-	4.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03913	1.23	0.84	0.16	0.54	-0.52	-2.73	0.05	-2.62	-1.0	0.88	-0.31	0.63	-0.82	0.84	0.21	0.47	-0.16	-	-2.56	0.48	-1.05	-0.03	-0.99	0.51	0.4	-0.07	-2.68	0.24	0.42	-0.24
Spov3_chr3.03938 (LE)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00037	0.34	-	0.82	1.06	-	-	-	-0.33	-	-	-	-	-	-	2.51	-	2.63	-	-	-	-	1.7	2.41	-	-	0.82	-	-	-	0.9
Spov3_chr4.00372	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00850 (MYB3R2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.18	-	-	-	3.62	-
Spov3_chr4.01589 (CRK8)	-	0.18	-	1.73	-	-	0.26	-	1.33	-	-	0.97	-	-	-	1.82	0.19	-	-	1.79	-	1.41	1.56	-	-	1.97	-	-	-	1.14
Spov3_chr4.01710 (ASP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01854 (ALDH7B4)	1.65	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.78	1.69	-	-	-	-	3.31	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02614 (PSAA)	-0.22	-1.23	-1.29	-0.88	-0.2	0.82	0.77	0.18	-0.64	-0.1	-1.27	0.62	-2.77	0.28	0.68	0.35	1.34	1.03	-0.64	-2.09	-0.5	0.79	0.01	-0.34	-1.49	-0.25	-0.05	-0.12	0.05	-0.46
Spov3_chr4.02722 (GLI1)	-	1.6	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.62	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81	-	-	-	-	-	2.94	-	-
Spov3_chr4.03121 (GH9C1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.91
Spov3_chr4.03179	-	-	-	3.44	-	-	-	-	-	-	-	4.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.01590	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.91	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.78
Spov3_chr5.02711	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02887 (AHL26)	-	-	1.07	-	-	0.83	1.78	-	-	-	1.09	-	-	-	-	-	-	-	1.9	-	-	1.71	-	-	-	-	-	-	3.76	-
Spov3_chr5.02979	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.65	2.9	4.02	-
Spov3_chr5.03227 (KU80)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr5.03533 (ZDS)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.24	-	3.47	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03948 (SRP1)	0.62	-0.28	0.8	-	0.26	0.14	0.64	-	-1.63	1.2	0.29	-0.23	-0.64	0.88	0.86	0.59	1.41	0.76	-	-0.95	-2.09	0.01	-	-1.95	-	0.38	0.21	0.14	0.23	-1.23
Spov3_chr5.03993 (CTL18)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.18	-	-	-	-	-	-	-	3.83	3.5
Spov3_chr5.04324	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.99	-	-	-	-	-	1.91	-	-	-	2.29	-	4.12	-
Spov3_chr5.04428 (ATR)	1.73	0.76	-0.15	-1.51	0.98	1.18	-0.6	0.21	-1.06	-2.66	-0.25	-1.87	-0.79	-0.59	-0.77	-1.61	0.2	-2.76	0.97	-2.85	1.15	-0.19	-1.65	-0.64	0.39	-0.77	0.54	-0.2	0.64	-0.83
Spov3_chr5.04567	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr6.00481	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr6.01999 (GLR2.7)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.91
Spov3_chr6.02366 (SBT3.3)	0.95	-	-	-	-	0.57	0.53	0.86	-	0.9	-	2.21	-	2.44	-	2.35	-	1.53	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.91	0.64	-
Spov3_chr6.02789	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr6.03084	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_chr6.03086 (KAN3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_S01.00160 (E2FB)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S03.00064 (SL3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S08.00034 (BIA2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-
Spov3_S08.00046 (RPB2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.07	3.72
Spov3_S08.00057 (MNU1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S13.00015	-	-	2.09	-	-	-	-	-	-	2.17	-	-	-	2.0	-	2.4	2.24	1.88	-	1.84	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.