1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_5 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
3.64 - - - - - - - - - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - 4.29 - - - -
- - - - - - - 3.89 - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.78 - - - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.45 2.02 0.15 - - - - - 0.25 1.79 1.83 1.23 - - - 1.34 0.37 2.07 0.19 - - - - - - - - - - 1.24
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- 1.76 - - - 0.05 1.93 - - - - - - - 2.14 2.16 - - - -0.16 -11.73 - - 2.13 - - 1.42 0.27 - 1.91
- - 0.83 - - - - - 0.94 1.64 - 0.67 0.76 - - 2.36 0.8 2.09 0.63 0.4 - 2.02 - 0.86 - - - - - -
- - - 1.72 - - - - - - - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - 3.66 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
0.42 0.28 1.21 -0.9 1.07 -1.51 -0.83 -2.24 -2.35 - 0.11 -0.76 -1.08 -0.63 0.37 -1.15 -0.66 0.89 -0.54 -0.74 0.65 -0.27 1.12 -0.34 1.2 0.42 0.11 -0.05 0.47 -1.18
0.5 0.93 -0.55 1.18 0.81 -1.46 -1.05 1.19 -1.35 0.55 -1.25 -0.34 -2.24 1.85 -1.39 - 0.41 2.22 - -2.37 -2.65 - -0.73 0.03 -1.23 -1.2 -1.49 0.04 -0.09 -1.22
1.73 2.29 - - - - - - - - 3.07 - - - - - - 1.98 - - - 2.94 - - - - 0.82 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
0.1 0.48 -0.18 -0.16 -0.14 0.07 -0.02 -0.22 -0.18 0.2 -0.26 -0.3 -0.17 0.43 0.12 0.41 0.11 0.08 -0.41 -0.22 -0.11 0.1 -0.15 0.25 -0.04 0.04 -0.05 -0.24 -0.0 -0.03
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.22 - 3.1 1.93 - - 1.97 - - 1.67 - - - - - - - 2.97 0.86 - - -
- -1.25 -1.15 1.28 2.16 - - - 0.28 - 1.04 -0.02 - -0.52 0.69 - -1.49 1.28 - 0.81 -1.55 - 1.53 - - 0.19 - 1.33 1.79 -0.39
- - 2.67 - - - - - - - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - 4.1 - - - -
- - - 1.77 1.94 - - - 2.57 - 2.26 - - - - 2.38 - - 2.77 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.29 - - - 3.39 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.51 2.51 - - - - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - - 2.78 -
- - - - - - - - - - 3.4 - - - 2.26 - - 3.23 2.41 - - - - - - - - - - -
1.76 - - - - -0.58 - - - 0.63 1.95 - 1.36 0.59 - 1.32 - 2.44 - - - - 2.6 - - - - 0.75 - -0.27
- - 1.51 - 1.4 2.29 - - - - - 1.29 1.55 - - 1.73 - - - - - - - - - - - - 1.55 3.0
- - 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.45 - - - -
- - - - - - - 0.64 - 3.87 - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.8 1.2 - - 0.87 0.04 - - - - - - 1.05 -0.03 - - - 0.19 0.91 1.29 -0.2 0.07 - - 0.88 - 1.32 1.07 0.02
1.24 - 1.16 0.84 0.89 0.84 2.3 - -0.04 0.02 - - 1.14 - - 0.15 -0.02 - 0.0 - - - - - -0.11 2.12 - 0.33 0.27 -
- 2.71 - 2.24 - - - - - - - - - - - 2.32 2.27 - - - - - - - - 3.16 - - - -
3.81 - - - - - - - - - 3.41 - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.83 3.0 - 3.04 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.73
- - - - - - - 2.74 - - 3.96 - - 2.96 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 - - - -
3.08 - - - - 1.61 - - - - 3.67 - - - - - - - - - 1.26 - - - - - - - 1.75 -
- 2.23 - 1.83 - 0.37 - - - 1.59 - 1.6 0.79 - 0.49 1.68 - - - - - - - - - 2.7 0.68 - - -
- - - - 1.39 1.16 2.4 - - - 1.5 - - 2.94 - - - - - - - 2.13 - - - 1.12 - 1.49 - -
- - - - - - - - - - 3.96 - - 3.85 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.85 - - - - - 3.01 - - - - - 1.93 - - - - - - - - 2.64 - - 2.24 -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr1.04439 (CYP87A2)
 - 1.71 - 1.35 0.79 - - - -0.85 0.22 1.58 -0.84 2.14 - 0.18 0.35 -0.62 - - - -0.75 0.1 - - - 1.19 1.5 - - 1.56
-1.73 -0.72 -0.26 -1.75 -0.35 -1.04 -1.06 - 0.92 -0.17 0.96 0.35 0.27 - -1.95 -1.79 0.53 - 0.17 1.77 -1.89 1.13 -0.95 -0.38 -1.86 0.25 1.73 0.73 0.57 -0.32
0.41 -0.6 -0.12 -0.38 0.77 -0.13 -0.09 -0.05 -0.07 -0.11 0.57 -0.0 -0.17 -0.15 -0.07 0.08 0.05 -0.12 -0.23 -0.61 0.12 -0.05 -0.39 0.06 -0.11 -0.15 0.03 0.13 -0.01 0.45
- - - - - - - - - - - - - 3.37 - - - - - - - - - - - 3.15 - - 3.43 -
- - - - - - - - - - 3.99 - - - 3.82 - - - - - - - - - - - - - - -
1.56 2.96 - - 2.32 - - - - - - 1.28 - - - - - - - - - - - - - 3.57 - - - -
- - - 1.8 - 0.96 2.26 - - 1.09 - - - - - 1.87 - - - - - - - - - 2.44 - 2.87 - 0.34
Spov3_chr2.02645 (E1-OGDH1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- - 1.48 2.53 - - - - - - - 1.7 - - - - - - - 1.56 - - - - 1.63 2.5 2.69 - - -
- - -2.3 - -1.89 -1.87 0.27 - 0.08 0.81 0.1 0.32 -1.8 - 1.12 1.58 1.39 - 1.26 -0.68 0.85 1.31 - -3.55 0.26 2.03 0.69 -0.85 - -
- - - - - - - - - 1.59 - - 3.37 1.68 1.49 - - - - - - - - - 1.49 - - - 2.97 -
0.44 0.46 2.0 1.4 - - - 0.25 - - 2.73 0.36 - - - 0.45 - - - 0.27 - - - 0.29 - 1.44 - - 1.32 1.35
- 1.76 1.76 - 2.41 1.41 - - - - - 1.35 - 1.56 - - 1.58 - - - - - - - - 2.2 1.14 - - -
- - - - - - - - - - 4.3 - - - - - 3.37 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.54 - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.59 - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.29 -0.3 1.07 1.17 -0.6 - - -0.12 0.59 -0.36 1.57 1.34 0.8 - -0.29 1.65 - - - -0.76 - - - 0.45 - - 1.28 - 1.55
- - - - 0.9 - - -0.17 - - 2.75 - 1.14 0.96 - - 0.73 1.62 - - - -0.26 - 0.27 0.75 - -0.41 2.06 0.56 0.57
- - - - - - 3.08 - - - - - - - - - - 2.88 - - - - - - - 3.82 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- 3.15 - 2.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.81 2.88 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.4 - - - - - - 4.28 - - - -
- - - - - - - - - - 3.28 - - - 3.21 - - - - - - - - 3.46 - - - - - -
- 2.76 - - 0.3 - - - - - 2.15 - - 1.58 - 2.25 - - - - - - 2.41 - 0.39 - - 0.68 - 0.66
0.11 0.34 -0.73 0.11 -1.02 0.3 -0.74 -0.24 -0.74 -0.65 -1.93 -0.73 -0.87 -0.13 1.53 0.57 0.72 -0.0 - -1.0 -0.51 -0.74 0.72 1.49 0.52 0.48 0.32 -0.87 - 0.42
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - 3.77 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - - 3.81 - - - -
Spov3_chr3.03425 (PEARLI 4)
 - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.9 - - - - - - 3.93 - - - - - - - 2.87 - - - - - - - - - - -
Spov3_chr3.03970 (AtHMP49)
 - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.96 - - - - - - - - 3.79 - - 1.76 - - - 3.15 - - - - - - - - - - - -
- 2.74 - - 2.44 2.37 - - - 3.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.35 -1.91 0.66 - 1.74 0.6 -0.04 -0.35 -0.48 -0.52 0.31 0.13 0.38 -2.19 -1.23 - -1.97 0.05 - - -0.5 -0.32 0.38 - 1.27 0.44 0.41 -0.98 1.21 1.6
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -7.56 - 4.91 - - - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.43 - - - - 3.18 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
2.42 2.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - -
- - - - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - 4.21 - - - - - -
0.9 - - - - 1.47 2.58 1.92 - - - 0.7 - 3.13 - - 0.7 - - - - - - - - - - 1.85 - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.07 - - - - - - - 3.07 - - 2.28 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- - - 1.37 - 3.39 - - - - - - - 3.45 - - - - - - - - - - - - - - 2.59 -
3.55 - - - - - - - - - 4.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.72 - - - - - - - 0.42 -12.01 - - - - 2.49 - - - 0.25 2.34 -5.36 - - - 2.89 -1.56 - - 1.27
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- - - - - - - - - - 3.61 2.63 2.67 - 2.39 - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.56 - - 2.72 - - - 3.23
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
- -0.32 0.47 1.55 0.43 - - 0.97 - - -0.24 0.99 1.23 - -0.57 - - - 0.44 1.68 - 0.44 0.64 - - 1.82 0.91 -0.25 - 1.0
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.69 - - 4.08 - - - 2.73
2.43 2.41 - - 2.34 - - - - - 3.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.22
- -1.31 - - - - - - - - - - - 3.96 - - - - - - - - - - - 3.81 - - - -
- - - - - 1.42 - - - - 3.01 1.36 - - 1.65 1.43 - - - - 0.93 1.09 - - 1.56 - - 1.96 - -
- 2.68 - - 2.52 - - - - - 2.7 - - 2.54 - - - 2.47 - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.64 - - - - - 3.62 - - 2.57 2.48 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.94 - - - - - - 2.69 - - - - 3.03 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.38 - - - - - - - - - - - - 3.19 - - - - - -
- - - 0.04 - 2.38 - 0.81 - - - - -0.02 2.13 - - - -0.27 -0.37 - - - -0.25 0.21 - - - 1.59 1.78 2.72
- - - - - - - - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - 4.36 - - - -
0.51 - - 0.24 - - - 2.56 - - 3.11 - 2.46 - - - - - - - 1.64 - - - - 0.2 - 0.73 - 0.53
- 2.52 - - - - - 1.55 - 2.98 - 1.33 1.62 1.57 - - - - - - - 1.22 1.35 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - -
0.02 2.86 - - 1.66 - -7.73 - - - - - - - 1.75 0.86 - - - - - - - 2.59 - - - - - 2.88
- - - - - - - - - - 1.53 1.43 - 2.43 - - - - - - - 1.29 - 1.38 - 2.86 - 2.75 - -
- 2.46 1.6 - 0.72 - 2.72 - - - - - - - - - - - - - 0.32 0.47 - 0.63 - 1.46 1.03 2.09 - -
- - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - - 2.59 - - - 3.22 - - 3.27 1.17 - - -
- - - - - - - - - - 4.32 - - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - - -
- 0.0 -0.01 -1.01 1.57 -1.26 - -0.96 -1.23 0.83 0.46 0.77 0.92 0.35 - -1.04 -0.0 -1.3 0.6 - - -1.19 - 0.8 -0.17 0.2 0.53 0.96 0.58 1.4
- 2.98 - - 1.91 - - - - 2.74 - - 2.25 - - - - - - - - - - 1.91 - - - - - 1.64
-0.18 0.86 -0.4 -0.13 0.26 0.04 0.18 0.27 -0.47 0.11 -0.52 -0.59 0.02 0.57 0.24 0.33 0.05 0.16 -0.89 -1.04 0.27 -0.83 0.51 -0.06 0.02 -0.25 -0.87 -0.1 -0.42 0.64
Spov3_S08.00006 (CSLA11)
 - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.96 1.93 - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - 1.73 1.85 - - - - -
Spov3_S08.00024 (PRP39-2)
 - - - - 3.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - -
0.0 0.35 -0.61 -0.47 0.27 0.08 -0.16 0.26 -0.22 0.05 -0.26 -0.36 -0.13 0.37 0.31 0.03 0.11 0.36 -0.57 0.02 -0.02 -0.37 0.2 0.25 -0.06 -0.26 0.15 -0.31 -0.0 0.2

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.