Heatmap: Cluster_4 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0001.00161	-	-	-	-	3.96	2.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.3	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0001.00199 (FDM4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0012.00010 (ISE4)	-	-0.12	0.63	0.41	-	1.54	-	-0.14	-	-	-	-	0.06	0.76	-	-0.06	-	-	-	2.81	-	1.26	-	-	-0.07	-0.41	0.72	-0.23	2.34	-
Spov3_C0035.00025	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.72	-	-	-	1.98	-	-	3.68	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0048.00018 (CHC1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-2.62
Spov3_C0068.00005 (GT2L)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.47	-	-	-	-	-	-	3.17	-	-	-	-	-	-	-	-	3.32	-
Spov3_C0086.00011 (TRM23)	-	0.92	-	1.58	-	-0.58	-	-0.43	1.89	-	0.78	1.02	0.23	-	-	-	-	-	-	3.22	-	-0.46	-	-1.02	-	1.88	-	-0.19	-	-
Spov3_C0138.00005 (APM1)	-	0.23	-28.39	0.41	1.79	-	1.66	-	-	-0.51	-	0.99	-	-0.69	-	-	-	-0.37	-	2.56	-	2.35	-	-	-	-	0.7	0.3	1.55	-
Spov3_C0224.00007	-	1.72	-	3.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0898.00003	-	-	-	-	3.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02221 (MCCB)	-	-	-	-	-	3.6	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02314 (GBSS1)	-0.47	1.41	-0.22	0.08	0.57	-1.88	-0.19	-0.01	-	-0.08	0.7	0.18	-	0.96	0.13	0.39	-	-1.95	-0.91	1.94	-0.76	1.43	-	-0.26	-	-0.85	-1.67	-0.03	0.85	-0.71
Spov3_chr1.02496	-	-	-	-	-	-	2.91	-	-	-	-	-	3.1	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02691	-	-	-	1.83	-	-	-	1.8	-	-	3.47	-	-	-	-	-	-	-	-	3.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02884 (MCM5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.04146	-	-	-	-	-	2.37	-	2.37	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.3	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.04319 (ENODL19)	2.75	1.64	-	1.56	-	2.32	-	-	-	-	-	1.3	-	-	-	-	-	-	-	3.29	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.00013	0.88	0.18	-1.12	-0.34	-1.8	-0.9	-1.85	-0.06	0.07	-0.12	0.19	0.57	0.6	0.98	0.29	-1.0	-0.12	0.04	1.11	1.36	-0.24	-1.8	-0.64	0.98	0.22	-1.54	-1.22	-1.02	-0.38	-1.73
Spov3_chr2.00051 (ATH4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.31	2.49	-	-	-	2.54	-	-	3.14	-	-	2.26	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.01615 (KEU)	-	-	-	-	-	3.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02179 (ZWI)	-	-	-	-	-3.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02290	-	1.69	-0.16	-	-	-	2.34	-	1.2	-	-	-	0.94	-	0.07	-	-	1.74	-	2.13	-	1.87	-0.13	-	-	1.27	-0.21	-	-	-
Spov3_chr2.02805	-	-	-	2.04	1.25	-	-	-	-	-	1.42	-	-	-	1.1	-	-	-	-	3.12	-	3.32	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02932 (RAPTOR1)	-	-	-	-	-	1.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.72	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.04086	3.41	-	-	-	-	-	-	-0.01	-	1.21	-	2.28	-	-	-	-	-	-21.77	-14.22	3.42	-	-1.03	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.04273	-	1.47	-	-0.95	0.54	-	-0.22	-	-	0.54	-0.9	0.87	0.6	-0.03	-	-0.94	-	-0.21	-	2.16	0.54	0.72	0.12	1.99	-1.21	0.01	-	-0.94	0.69	-0.96
Spov3_chr2.04561 (MTL1)	1.9	-	-	1.68	-	-	3.03	-	-	1.78	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.05482 (CIP4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.68	-	-	-	-	-	-	-	3.57	1.68	-	1.15	-	-	-	1.37	-	-	2.79
Spov3_chr2.05498 (ERDL6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.05572	-	0.42	0.14	-	-	-	0.15	0.17	-	-	-	-	2.97	-	-	-	-	0.27	-	2.01	1.34	-	0.38	-	-	0.49	1.16	0.38	0.12	1.25
Spov3_chr2.05647	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.86	2.99	-	-	0.57	-	0.76	-	-	3.14	1.66	-	-	-	-	-	0.77	-	-	0.67
Spov3_chr3.00350	-	-	-	3.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00582	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.46	-	-	2.95	-	-	3.74	-	2.62	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01530 (MAN1)	-	-	-	-	-	3.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.31	-	-	-	-	-	3.33	-	-	-	-
Spov3_chr3.01861	-0.51	-0.5	-	-0.88	-	-	-	-	-0.64	-	1.01	-	2.48	-	0.23	0.44	0.85	-0.85	-	1.55	1.92	-	1.59	-0.74	-	-	-0.56	0.43	1.0	-0.79
Spov3_chr3.02628 (AIW2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03007 (GGL20)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.72	-	-	-	-	-	-	-	-	4.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03548 (MSH6)	-0.48	-1.26	0.61	-1.39	1.15	-1.52	0.28	0.75	0.79	-	-1.06	-0.28	-1.08	-	0.92	1.53	-1.35	-	-1.39	1.94	-	-1.54	-0.39	0.95	-	0.66	-1.69	-1.38	0.22	1.09
Spov3_chr3.03846 (TAF15b)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.42	-	-	-	-	-	-	-	3.11	-	-
Spov3_chr3.04264 (DEL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00324 (ATL12)	-	-	2.45	2.09	-	2.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.4	-	2.29	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02087	-	1.27	-	-	-	-	1.49	-	-	-	-	-0.02	0.15	-	0.97	2.18	0.2	-0.08	-	2.27	1.07	-	-	-	-0.09	0.83	0.17	-	1.19	0.07
Spov3_chr5.00539 (CYP718)	-	-	-	-	-	-	1.36	-	-	-	-	0.33	-	2.06	-	-	-	1.13	1.26	3.69	-	0.12	1.25	-	-	0.06	-	-	-	-
Spov3_chr5.00645	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.01517 (LOI1)	-0.02	-0.11	-	-	-	-	1.27	-	-	0.8	-0.15	-0.31	-	-0.4	-	-	-	0.76	0.89	3.58	0.92	-0.33	-0.12	-	-	-	-0.48	-	-	0.76
Spov3_chr5.01899 (CHY1)	-	-	-	-	1.9	-	2.13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.23	-	-	-	-	-	-	1.63	-	-	-
Spov3_chr5.02234	2.74	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.57	-	-	-	-	-	-	4.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02248	-	-	-	-	1.46	-	-	2.66	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-3.27	4.25	-	-	0.86	-	-	-	-17.87	-	-	-
Spov3_chr5.02834	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02983 (HAE)	-	-	-	-	2.11	-	1.98	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.61	-	-	-	-	-	-	2.01	2.46	-	-
Spov3_chr5.03016 (ATPI)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03189	-	-	-	3.46	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03694 (UBP1A)	-	-	-	-	-	-	-	1.81	-	-	2.63	-	-	1.75	-	-	-	1.46	-	3.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.04102 (RSL4)	-	-	-	-	-	-	-	2.0	1.7	-	-	1.72	-	-	-	-	1.93	3.21	-	2.68	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.00742 (DEG9)	-0.42	-0.73	-0.81	-2.82	-0.52	-0.95	-1.33	-	-	-0.57	0.43	-0.72	1.34	1.23	-0.46	-0.86	0.1	1.29	-0.67	0.38	1.49	0.9	1.42	-1.23	-1.19	-1.12	-0.82	0.6	0.09	-2.06
Spov3_chr6.00991	-	1.83	2.17	-	-2.4	-	-	-0.53	-1.16	-0.27	2.07	-0.4	-	0.3	-	-	-	-1.55	-	2.8	1.12	-	-0.2	0.5	-	-0.02	-0.26	-	-	-
Spov3_chr6.03113	-	-	-	-	-	1.86	-	-	-	-	-	-	2.02	-	-	-	2.07	2.36	-	3.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.12
Spov3_S05.00066 (CYP718)	-	-	-	-	-	-	1.36	-	-	-	-	0.33	-	2.06	-	-	-	1.13	1.26	3.69	-	0.12	1.25	-	-	0.06	-	-	-	-
Spov3_S15.00019 (NET4B)	-	-	2.52	-	1.56	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.07	3.19	-	-	-	-	-	-	1.91	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.