Heatmap: Cluster_19 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0002.00140 (FP3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.55	-	-	-	-	-	4.59	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0003.00056 (UCC3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.23	-	4.37	-	-	-	-
Spov3_C0003.00109 (RGLG4)	-	-	-	-	-	-	-	3.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.76	-	-	-	-	-	2.84	-	2.97	-	-	-	-
Spov3_C0004.00018 (DCAF1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_C0005.00010	1.09	0.4	0.98	-	1.5	-	-0.77	-	-	-0.8	-	-	-0.76	0.88	0.69	-0.67	1.83	0.07	0.39	1.1	-	-	-	0.81	-	0.14	-0.67	1.66	-0.73	-0.69
Spov3_C0007.00083	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_C0013.00036 (JMJ27)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0016.00016 (ARIA)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_C0016.00057 (OPT3)	-0.57	1.26	0.63	-0.67	-0.74	0.36	-	-0.1	-	-0.03	-1.39	-0.1	0.6	0.33	-0.16	-1.7	0.41	1.11	-0.61	-0.69	0.06	0.65	-	1.0	-	1.4	1.04	-1.47	-1.54	-0.16
Spov3_C0018.00025	-0.58	-0.68	-1.21	-0.86	-0.89	0.76	-0.24	-1.46	0.28	0.03	0.21	0.66	0.66	-1.31	0.44	0.14	0.71	-0.36	-2.14	0.22	0.0	-0.87	-2.8	0.51	-0.32	0.26	-0.55	0.4	0.99	0.97
Spov3_C0024.00033 (ERDL6)	-	-	-	0.73	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.3	3.12	-	-	-
Spov3_C0030.00041 (HKL2)	-	-	-	-	-	-	3.14	-	-	-	-	-	-	-	-	4.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0032.00009	-	-	-	-	0.16	0.53	-	0.54	-	-	0.45	1.42	-	-	-	0.65	-	-	0.39	2.81	0.43	-	-	-	-	2.84	-	-	1.82	-
Spov3_C0033.00001 (CYP71B25)	-	2.2	-	-	1.74	-	-	-	-	-	-	-	1.22	-	-	-	-	2.44	-	-	-	-	-	-	-	3.67	0.69	-	-	-
Spov3_C0033.00002	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.25	-	-	-	4.36	-	-	-	-
Spov3_C0036.00030 (MRP5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.36	-	-	3.24	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0038.00017 (PrimPol)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_C0044.00002 (CIP8)	-	-	-	0.74	-	-	-	1.42	-	-	1.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.51	2.89	-	-	0.52	3.04
Spov3_C0044.00010	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.43	-	-	-	1.65	-	3.44	1.49	-	-	-	-	1.94	-	-	-	2.56	-	1.08	-	-
Spov3_C0075.00005 (DJ1E)	-	-	-	-	-	3.23	-	-	-	-	-	3.35	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.38	-	-	-	-
Spov3_C0115.00003	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0188.00002 (SRS7)	-1.1	1.41	0.5	-	1.67	-2.46	0.23	1.19	0.1	-1.36	-	-0.82	-1.3	-0.35	-0.44	-	-1.13	0.45	-0.05	-0.4	-1.7	-	-0.94	0.56	0.28	1.45	0.28	0.02	0.6	0.2
Spov3_C0211.00003 (MAT2)	-	-	-	-	-	-	-	2.42	-	-	-	3.22	-	-	-	-	-	-	-	-	2.23	-	-	-	-	2.28	-	2.53	-	-
Spov3_C0441.00002 (RPOC2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0544.00002	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.3	-	-	-	-
Spov3_C0662.00002 (YCF2.2)	-16.38	-	-	-	-17.55	-	-	-	-	-	2.44	1.93	-	-	-	2.3	0.39	2.74	-	-	-	-25.38	-	-27.65	-4.88	2.93	-	-	-	-2.21
Spov3_C0953.00001 (CHX21)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.46	3.17	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.32	-	-	-	-
Spov3_C1019.00001 (SHBY)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.62	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.15	-	-	-	-
Spov3_chr1.00084 (PLT2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.27	-	-	-	1.62	-	-	-	-	1.63	-	-	3.83	-	-	-	-
Spov3_chr1.00715 (SMC2B)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.01127 (AtOCT1)	-	-	-	-	1.16	-	-	1.39	-	-	-	3.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.3	-	-	1.42	2.18
Spov3_chr1.01503	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr1.01917 (AtFDB27)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.6	3.62	2.42	-	-	2.66
Spov3_chr1.02016	-	-	-	2.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.93	-	1.72
Spov3_chr1.02105	-	-	-	-	-	1.4	-	-	2.42	2.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.34	3.14	2.35	-	-	-
Spov3_chr1.02285 (TPS03)	-	-	-	-	-	-	-	3.4	-	-	-	3.21	1.72	-	-	-	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02324 (RSL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.78	-	-	-	-	-	-	-	4.03	-	-	-	-
Spov3_chr1.02441	-	1.84	0.7	0.38	-	-	0.28	-	-	-	0.65	-	-	-	-	2.8	2.82	-	1.8	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.68	-
Spov3_chr1.02629 (GPX3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr1.02634	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.99	2.9	3.87	-	-	-	-
Spov3_chr1.02647 (TCP24)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02756 (RD26)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	2.86	-	-	-	-	-	3.98	-	-	-	-
Spov3_chr1.03157 (PHB5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.98	-	-	3.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.04025	-	-	-	-	-	0.92	-	-	-	-	-	-	2.32	-	-	3.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.38	-	-	-	2.33
Spov3_chr1.04354	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr1.04460 (DMS2)	-0.13	0.1	0.8	0.05	1.1	-0.48	-0.05	0.19	-0.09	0.57	0.09	-0.3	0.17	-0.36	-0.32	-0.46	-1.14	-0.34	0.26	-0.08	-0.25	-0.38	-0.58	-0.65	0.42	0.06	0.18	-0.65	0.21	-0.13
Spov3_chr1.04511	-0.05	-0.89	-0.5	-1.92	0.84	0.2	0.76	1.04	-0.5	0.68	-1.63	-0.36	-1.17	-0.48	0.03	-1.52	-0.93	-0.03	-1.39	0.33	-0.36	-0.65	-0.77	0.24	-0.14	0.45	1.39	-0.34	0.54	0.51
Spov3_chr2.00198 (DRM1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.2	-	-	-	-	-	4.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02929 (MTL1)	0.27	0.39	-1.63	-0.65	-0.18	-1.87	0.33	-0.18	-0.06	-1.78	0.63	0.18	0.31	0.66	0.15	-0.69	-1.82	0.64	-0.43	-	0.66	0.06	-1.6	-0.25	0.74	-	-0.09	0.5	1.39	0.79
Spov3_chr2.03713 (GH3.3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.04312 (AtFDB27)	1.42	0.32	0.97	0.43	0.48	-0.42	-0.05	-0.11	-2.36	-0.03	-0.48	-0.35	-0.92	0.61	-0.4	0.4	0.68	-0.71	0.47	0.41	-1.05	-2.84	-	-0.58	0.22	-0.06	-0.95	0.54	-0.41	-0.27
Spov3_chr2.04429 (CYP71A25)	-	-	-	-	0.07	0.13	-	0.52	-	-	-	-	-	2.05	0.23	2.78	-	1.14	-	-	-	-	2.99	0.19	-	-	-	-	1.57	-
Spov3_chr2.04512 (SNL2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr2.04566 (AOP)	-	-	-	-	2.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.76	-	-	2.12	-	-	-	-	-	2.0	-	2.95	-	1.34
Spov3_chr2.04651	-	-	1.07	0.18	-	-	-	-	-	-	-	1.68	1.34	0.16	-0.07	-	-	-	-	-	-	-	1.38	2.25	0.01	2.53	-	1.38	0.08	0.2
Spov3_chr3.00322	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr3.00345 (ACR4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00630	0.49	-	1.07	0.26	-	-	-	-	-	-	-	1.68	1.25	0.1	-	0.42	-	-	-	-	0.18	0.14	1.05	-	0.16	2.83	2.25	-	-	-
Spov3_chr3.00953 (CAP-D2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr3.01270	-	-	-	-	-	-	-	2.97	-	-	-	-	-	-	-	4.47	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01323	-	-	2.69	-	-	-	2.34	-	-	-	-	-	-	-	-	4.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01604	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01617 (PILS3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01775	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.95	4.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02362	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	-	-	3.12	-	-	-	-	-	3.47	-
Spov3_chr3.02620 (CKS1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr3.03176	-	-0.9	-1.98	-0.06	-0.1	-2.13	-0.05	-	1.16	0.22	1.11	1.96	-1.68	0.08	1.48	1.02	-0.26	-0.45	-1.95	-0.94	0.13	0.31	-0.39	-	0.14	0.91	-	0.15	-2.18	-0.42
Spov3_chr3.04713 (CPR1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr4.00503	0.64	-0.1	0.62	0.63	0.92	0.15	-1.76	-0.02	-1.07	-1.13	-0.63	0.7	-0.74	-0.09	-0.53	0.39	-0.2	-1.3	0.11	0.31	0.2	-0.49	-1.99	-0.4	0.31	-0.26	-0.29	0.6	0.5	0.14
Spov3_chr4.00972 (GATA27)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.12	-	-	-	4.41	-	-	-	-
Spov3_chr4.01446	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.84	-	3.97	-	-	-	-
Spov3_chr4.01522 (RH8)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr4.01614	-	2.64	1.2	-	2.15	-	-	-	2.06	-	-	-	-	-	1.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.94	2.36	1.92	-	-	-
Spov3_chr4.01782	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.85	-
Spov3_chr4.01981	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.28	-	-	-	-
Spov3_chr4.01988 (FHY3)	1.68	-	-	-	-	-	-	2.88	-	-	-	2.74	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.67	-	-	-	-
Spov3_chr4.02098 (ANN3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.78	-	-	3.97	-	-	-	2.89
Spov3_chr4.02144 (CRPK1)	-	-	-	-	-	-	-	3.09	1.97	-	-	3.47	-	-	-	-	-	1.75	-	-	-	-	-	-	-	1.66	-	-	-	-
Spov3_chr4.02248 (GH9B15)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02653 (ARI7)	2.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.04576 (ZIP2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.31	3.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.01603	-	2.39	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.72	1.92	-	-	1.9	0.87	-	-	-	-	-	2.45	-	-	2.36	-	-	0.63	-
Spov3_chr5.02004	-	0.43	-	-	-	-	-	0.52	-	-	-	-	-	3.19	0.69	-	-	-	-	-	-	-0.54	-	-	-	3.98	-	-	-	-
Spov3_chr5.02386	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02875 (BRH1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr5.03536 (CHR7)	-	-	-	-	-	-	-	-	2.78	-	-	-	-	-	-	4.53	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.04094 (FLA15)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr5.04362	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.04374	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.41	-
Spov3_chr6.00234 (ZFP11)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.44	-	-	-	-
Spov3_chr6.01150	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-	-	-	-	-	3.33	-	-	-	-	2.59	-	-
Spov3_chr6.01294 (BGLU33)	0.26	-0.23	0.64	-1.32	0.88	0.25	0.15	-1.16	0.09	0.38	-0.44	0.48	-0.96	0.22	-1.64	-0.21	1.1	-3.08	0.38	-1.41	-0.11	-1.47	-0.22	0.22	0.36	0.48	-1.0	-1.23	0.97	0.32
Spov3_chr6.01664 (NRT2.3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01918	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.67	-	-	3.56	-	-	-	3.56
Spov3_chr6.02447	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr6.02474 (M17)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_chr6.03119 (ATG13B)	-	-	-	2.86	0.98	-	-	-	-	-	-	2.82	-	1.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.32	-	-	3.11	-	-
Spov3_chr6.03190	-	2.17	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.95	-	4.15	-	-	-	-	-	-	-	1.95	-	-	-	-	-	-
Spov3_S01.00099	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S03.00067 (FACND2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.61	-	-
Spov3_S07.00078 (MPC1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-
Spov3_S09.00013 (ABC1K11)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_S12.00048 (BRH1)	-	-	-	-	-	-	-	3.45	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.47	3.0	-	-	-
Spov3_S13.00020	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.07	3.61	1.68	-	-	0.29	-	-	3.49	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.