1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_71 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - 2.01 - 3.13 - - - 2.04 - - 2.48 - - - - - - - 2.0 - - - - - - 2.18 -
- - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - 4.0 - - - - - - - -
Bra002763 (AGR)
 - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.0 -
Bra003128 (BGAL15)
 - - - - - 1.14 - - 2.29 - - - - 1.52 1.64 3.04 - - - 2.25 - - 1.18 - - - - - - - 1.4
Bra003165 (GATA27)
 0.07 0.61 1.48 0.95 1.65 1.02 -0.13 0.04 -0.3 - 1.75 -0.07 - 0.57 1.52 0.14 0.18 - - 0.12 0.84 0.99 - -5.73 - - - - - - -
Bra003214 (TPI)
 - - - - - 2.66 0.94 - - - 2.49 - - 1.43 2.98 - 1.21 - - - - - 1.08 1.1 - - - - - - -
Bra004122 (DEG3)
 - - - - - - - - 3.03 - 3.13 - -1.24 - 3.65 - - - - - - - - - - 0.11 - - - - -
Bra004212 (TCP1)
 2.39 1.43 - - 1.98 0.9 - - - - - - 2.14 - - 3.21 - - - - 1.86 - - - - - - - - - -
- - - - 3.26 - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - - - - - - -
0.49 -0.29 - 2.01 1.6 1.7 -0.31 -1.47 - -1.21 2.51 - - -0.08 1.76 -0.89 -0.64 - 0.89 -0.32 -2.69 1.51 - - - - - - - - -
Bra006471 (DVR)
 - - - - - - 0.13 - -0.71 - 1.81 1.56 1.33 - 2.08 1.25 1.17 - - 1.23 - 3.19 - - - - - - - - -
Bra007187 (PROT2)
 - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra007915 (RHS10)
 1.13 0.47 0.33 - 0.28 -1.33 -1.95 -2.24 -0.64 -1.32 2.78 0.14 1.1 0.18 0.8 -0.5 0.13 -1.49 -2.17 -0.23 -0.46 2.4 - - - - - -3.09 - -2.22 -1.05
Bra008238 (TRXL1)
 - - - - 2.07 - - - - 2.02 - - - - - 3.86 - - - - - 2.04 2.05 - - - - - - - -
Bra008262 (SOB3)
 - - - 2.2 - - - - - - - - - - - 3.66 - 2.73 - - - - 2.84 - - - - - - - -
Bra008410 (CHX2)
 - - - - - 0.9 - -1.11 - - - - - - - 3.41 - - 3.16 - -1.06 - - -0.2 0.68 -0.13 - - - 1.87 0.68
Bra009762 (RGL)
 0.29 0.26 0.93 0.12 1.55 0.94 -1.01 -0.02 -0.18 -0.57 -2.28 -1.49 -0.58 -0.06 0.21 1.03 -0.34 0.73 -0.29 -0.84 -0.9 -0.66 0.54 -0.26 -1.42 -1.47 -1.58 -1.01 -0.52 0.1 0.76
- - - - - 3.87 - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - 2.95 -
Bra011050 (RIN13)
 - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 3.87 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
2.72 1.42 -3.36 1.17 -1.59 -1.51 -1.18 -2.18 -1.23 - -3.18 -0.46 -1.02 0.15 -0.25 2.85 1.98 0.31 -1.28 0.64 - - - - - - - - - - -
Bra012057 (FNR1)
 - - - - -2.37 - -2.43 -2.35 -1.46 -2.42 2.53 -1.11 - - -1.02 3.17 -0.19 1.52 1.31 - - 2.09 0.01 -0.32 - -1.36 -0.74 -1.19 -1.2 - -
0.68 -2.14 -2.75 -2.18 1.78 0.12 0.82 - -0.15 -2.04 1.57 -0.06 -1.9 1.52 1.39 1.35 - 1.47 1.0 -0.4 -1.16 - -0.22 - - - - -0.56 -0.69 -0.4 -2.22
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.87 - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra013879 (PMEI4)
 3.64 - - - - - - - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra015354 (FQR1)
 - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra015484 (TOL2)
 - - -0.14 - 0.65 1.34 - - 0.11 1.34 0.83 0.86 0.78 1.29 1.47 0.87 - - 0.73 - -0.94 - -0.91 0.9 - - 1.31 - -0.86 -0.71 0.87
Bra016359 (GH3.7)
 -0.64 -2.81 -0.58 0.65 - -2.63 0.9 1.63 -0.93 1.18 1.14 1.14 0.41 -0.09 -3.93 0.19 -1.55 0.62 -1.18 0.38 -0.47 0.46 - -1.74 -0.31 -1.1 -0.6 -1.95 -2.37 1.16 0.65
- - - - - 2.2 - 2.75 - 1.19 3.66 - - - - 1.44 - - 1.02 - - - - - - - - - - - -
Bra016939 (AUG1)
 - - 2.55 - - - 1.86 - 2.59 1.14 - 1.5 - - - 3.03 - - - - - - - - - - - 1.21 - - -
Bra017360 (CR88)
 -1.05 -0.94 -1.29 -1.02 -3.28 -2.41 -2.65 2.58 0.51 0.33 2.47 -3.06 0.97 -2.61 -2.39 -2.12 -2.29 1.79 -2.74 0.39 1.2 1.04 -1.57 -2.3 -2.14 -2.06 -2.26 -2.02 -2.47 -2.91 -0.94
Bra017574 (ORG1)
 - - - - - - - - - - - - - - - 4.09 - - - - - - 3.81 - - - - - - - -
Bra017874 (RABH1c)
 - - - - - 1.4 - - - - 3.82 - - 1.31 1.24 - 1.45 - 2.74 - - - - - - - - - - - -
Bra018314 (TPP)
 - 0.13 - - - -0.01 - 1.16 - - 0.94 - 1.3 - - 3.16 1.7 - - - - - - 1.53 1.05 - - - - 0.03 2.04
- - - - - - - - - - 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.52 2.63
Bra018452 (J11)
 1.75 - 0.9 - 0.29 0.99 0.55 0.24 - - 2.48 - 0.29 -0.36 -1.29 1.44 1.24 2.13 - 0.93 - - -2.37 - - - - - - -1.54 -
2.46 - - - 2.21 - - - - - 1.87 - - - - 2.33 - 2.99 - - - - - - 2.1 - - - - - -
- - - - - - 0.88 - 0.95 2.15 2.55 1.14 2.85 1.46 - 1.31 1.18 - - - - - - - - - - - - - -
Bra019127 (GAL3)
 - - - - - - - - - - 3.22 - - - - 4.44 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra019128 (GAL3)
 - - - - - - - - - - 3.22 - - - - 4.44 - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.51 -1.09 - 0.48 1.42 0.45 0.87 -1.41 -1.89 0.27 0.56 0.69 0.22 1.51 -0.07 0.05 0.47 -0.94 -1.84 0.71 -0.45 1.49 - -0.61 - - - -1.69 -0.42 1.34
Bra019954 (ZCF37)
 1.39 - - - 1.7 0.03 1.9 0.01 - - - - 0.22 - 1.29 - 0.1 2.55 -0.2 - 1.08 - - - - - - 1.34 - 0.06 1.19
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra020924 (CHS4)
 - - - - - - - - - - 3.3 - - - - 4.36 - - - - - - - - - - -0.9 - - - -
- - - - 3.19 - - - - - - - - - - 4.45 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra021250 (PERK15)
 -1.5 - -1.64 -3.05 -2.87 -0.68 -2.22 -1.81 -2.53 0.74 -0.72 1.39 -0.73 0.54 0.61 2.32 2.34 -3.6 1.83 0.28 0.47 0.77 -1.12 -1.73 -2.17 -0.42 -1.84 - -22.2 - -1.79
Bra021757 (SNS1)
 -1.64 1.51 -1.13 -4.18 -4.06 0.21 0.18 -2.94 -0.05 0.01 -1.6 0.47 -0.37 1.11 1.26 1.58 0.91 0.75 -0.53 0.62 1.15 1.64 -0.66 -5.32 -1.52 - -4.02 -2.61 -1.83 -3.51 -3.38
Bra022097 (NPF4.2)
 1.75 1.78 - - 2.59 1.66 -0.23 - - - -1.33 - 1.48 -1.01 0.18 3.07 - - - -0.04 - - - - - - - - - - -
- - - - 1.23 1.1 - - - - 3.29 2.76 - - 2.36 - 2.28 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 3.86 - 2.81 - - - - 3.24 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 2.37 - 3.31 - 3.56 - - - - - - - - 2.03 - - - -
- - 0.28 -2.25 - 0.11 0.34 -0.67 -0.84 1.87 2.53 -1.64 - - - 0.55 0.29 -1.42 - 2.12 -0.12 1.23 - -0.13 -0.87 1.04 -0.5 - - -0.98 -0.17
Bra023710 (DSC2)
 0.87 -1.57 -0.11 -2.97 1.04 -0.24 -3.23 -0.52 - 1.6 2.01 -2.15 1.45 -0.2 1.85 -1.72 -2.89 1.43 -3.11 -0.36 -2.91 -0.81 -1.39 - -0.48 -1.65 -0.43 - - 0.36 0.53
Bra023760 (GLV1)
 - - 1.63 - 1.54 0.89 - 0.8 - -0.05 - - - - 1.98 2.47 - 1.54 - - 0.89 - - - - - - 1.17 - 0.94 1.02
- - - - - 0.46 - - 1.01 -0.1 2.11 - 1.72 1.8 2.05 0.58 0.78 -1.37 1.5 0.04 0.42 -0.13 - 0.46 - - - - -1.4 - -
- - - - - - - - - - 4.13 - - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra024614 (EXT15)
 - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra025230 (MTP2)
 - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.4 - 2.36 - - - 3.84 - 2.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra026539 (ST)
 - - - - - - - - 0.51 - 3.23 2.79 - - - - - 1.93 - - - 1.35 - - 2.79 - - - - - -
Bra026604 (MEE66)
 - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.93 -2.45 - 0.83 0.81 0.91 -2.45 0.36 0.49 1.42 -0.3 -1.1 1.65 1.53 -1.13 -0.55 1.5 -0.25 -0.65 - -0.83 -0.27 - -0.63 - 0.83 -0.37 -1.14 -0.59 0.21
- - - - - 2.62 - - - 1.65 3.02 - - - - 2.89 - - 1.39 - - - - - - - - - 1.82 - -
- - - - 2.53 - - - - - - - - - - 3.73 - - - - - - 2.49 - - - - - - - 2.67
- - - - - 2.4 1.05 2.1 - 2.42 - -0.4 -0.23 - 2.81 2.16 - -0.17 - - - - - - - - - - - - -
Bra028997 (MYB120)
 2.92 1.84 1.92 - - 1.43 - 0.72 - - 1.28 - - - - 2.31 1.54 - - - - - - - - - - - - 0.55 -
Bra030058 (PUM15)
 - - - - - - - 2.74 - - - - - - - 4.6 - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.27 - - - 0.83 -0.31 -1.76 0.52 0.27 -0.93 0.27 0.45 2.28 0.15 2.5 -1.55 -1.83 - - 0.29 -0.19 2.11 -1.85 - - - - - - 0.04
Bra030287 (PE11)
 - - - - 1.64 2.24 - - - - 0.89 1.19 - - - 3.1 - 1.31 1.84 2.14 - - - - - - - - - - -
Bra031176 (ROG2)
 - - - - - - -0.09 - 1.89 - - - - - - 3.11 - - 1.63 - 1.07 - 0.0 - - - 2.33 - 0.14 1.02 1.74
- - - - - - - - - - 4.19 - - - 3.67 - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra031972 (SYP131)
 1.68 - - - - - - 0.34 - 0.37 - - 0.52 - 0.66 3.43 - 2.88 0.51 - 1.41 - - - - - - - - - -
Bra032073 (GLR2.3)
 - - 2.87 2.46 - - - - - - 3.85 - - - - - - - - - - 1.9 - - - - - - - - -
Bra032369 (BZO2H4)
 - - - - - 2.17 1.91 - - - 1.99 - - 2.27 2.36 - - - 2.08 - - - 2.19 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.93 - - - - 3.98 - - - - - - - - - - - - - - -
0.92 -3.07 -2.18 -1.25 1.2 0.51 0.98 -0.35 -3.59 -0.17 0.41 -0.89 -0.94 1.03 0.62 0.94 -2.33 1.8 1.24 -0.57 0.84 -1.15 -1.08 -0.38 - -0.56 -1.9 -1.65 -1.29 -1.77 -0.28
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra033470 (GATA27)
 0.07 0.61 1.48 0.95 1.65 1.02 -0.13 0.04 -0.3 - 1.75 -0.07 - 0.57 1.52 0.14 0.18 - - 0.12 0.84 0.99 - -5.73 - - - - - - -
Bra033912 (PME31)
 - - - - - - 2.29 - - - - - - - - 4.03 - 2.8 - - - - 1.49 - - - - - - - -
Bra034449 (MLO14)
 1.76 0.04 0.4 0.46 0.73 1.09 -2.85 -2.77 0.56 0.13 0.88 -1.7 -1.31 0.4 -0.11 -0.11 0.08 0.78 0.06 -0.55 0.19 1.69 -0.65 - 0.16 - - -1.66 -1.71 -2.68 -2.76
Bra034498 (ALE)
 -2.16 0.65 - -0.91 -0.81 -0.18 -0.86 -2.28 0.34 0.57 0.31 0.76 -0.19 0.98 1.01 0.59 -2.05 0.66 -0.49 0.84 -0.37 0.48 -0.58 0.31 -2.18 0.13 -0.16 -0.47 -0.49 -0.25 0.62
Bra035442 (PVA31)
 1.81 - - - - 3.21 - - - - 1.44 - - - - 3.59 - - - 1.79 - - - - - - - - - - -
2.41 1.27 1.14 -0.78 0.95 1.97 - - - 0.55 -2.35 0.13 -2.39 1.52 - 1.86 -0.75 -1.96 -0.08 -2.22 -1.29 1.47 - - - - - - - - -
Bra037588 (VQ20)
 - - - - - - 2.08 - - - 3.56 - - - 2.62 - - - - - - - - - - - 3.14 - - - -
Bra037931 (AZG2)
 - - - 3.35 - - 1.67 - 1.75 - 3.33 - 2.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra038046 (ARA1)
 - - -0.13 - - - -0.06 2.04 1.93 - 2.48 - 2.95 0.43 - - - - 2.45 - - - - - - 0.1 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra038416 (ZIP10)
 - - - - 2.63 - - - 1.37 - - - - - - 3.39 - 1.42 - 1.6 - - - - - - 2.59 - - - -
- - - - - 1.49 2.23 - - - 2.63 - - - 2.69 - - - - - - - 0.51 1.93 1.46 - 0.46 - - 0.6 -
Bra038791 (ACA4)
 - - - - - - - - - - 4.23 - - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra039575 (PBL35)
 - - - - 2.93 0.81 - - - - 3.41 - - - 2.33 - 0.71 0.97 1.27 - - - - - - - - - - - -
Bra039586 (PAB7)
 -0.96 - -0.32 1.04 - -1.12 - - - -1.36 2.45 - -0.06 - 0.17 - - - -1.52 - - 0.15 2.08 0.91 0.27 1.53 1.94 0.49 0.46 -1.12 -1.02
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.18 - - - - - - - - - 4.46 - - - - - - - - - - - - - - -
Bra040354 (TPS21)
 - - - 3.37 - - 1.42 1.75 - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Bra040807 (THI2.2)
 - - - 3.23 - 3.24 0.06 - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - - - - - - - 0.13 -
- - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.