1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_65 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
0.5 2.05 - 2.92 1.03 1.9 - 0.27 0.44 - - 1.57 - - - - - - - 1.23 - 1.05 - - - 0.05 - - -3.59 -
3.6 - - 3.08 - - - - - - - 3.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.35 0.15 -0.52 0.06 0.02 -0.43 0.07 0.14 0.02 -0.12 -0.03 0.05 0.35 0.31 -0.05 -0.22 0.01 0.35 -0.64 -0.71 -0.24 0.3 -0.07 0.02 -0.02 -0.25 0.2 0.0 0.12 0.08
- - - 0.43 - - 2.39 - - - 2.66 4.1 - - - - - - - - - - - - - - -16.8 - -10.63 -
- - - 3.65 - - - - - - - 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.11 - - - 2.73 2.62 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.94 - - 3.88 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.81 -
1.52 - 2.19 - - - - - - - - 3.29 - - - - 1.52 1.02 - -1.2 1.25 - 2.34 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.81 - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 1.51 0.53 - -16.8 - 2.87 - 1.2 - - - - - -0.17 2.17 - - 1.95 - 1.91 - 1.62 - -
- - - 3.81 - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.11 0.77 -0.22 1.93 -2.33 -0.02 0.1 0.48 -3.27 -0.27 -0.36 -1.82 1.32 -0.5 0.77 1.26 -2.18 0.3 0.69 0.18 -0.73 -3.55 -1.37 -2.15 -3.47 -1.0 -3.67 -2.12 -1.68 0.84
- - -2.4 0.17 -0.15 0.8 - - - - - 3.37 -0.77 0.29 - - - - - 0.99 1.25 - - - 1.95 - -0.1 1.97 -0.27 -
- 3.01 - - - - - - - - - 4.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.5 2.05 - 2.92 1.03 1.9 - 0.27 0.44 - - 1.57 - - - - - - - 1.23 - 1.05 - - - 0.05 - - -3.59 -
0.5 2.05 - 2.92 1.03 1.9 - 0.27 0.44 - - 1.57 - - - - - - - 1.23 - 1.05 - - - 0.05 - - -3.59 -
- - - - - - - - - - - 4.09 - - - - - - - - 3.7 - - - - - - - - -
- - - - -0.36 - - -3.24 - - - 4.62 - - - - - 0.37 - - - - - - 1.73 - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.1 3.3 - - - - 2.86 - - - - - - - - 2.11 - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.74 - - - - - - - - - - 3.73 - - - 1.81 - - - - - - - - - 2.71 - - 1.76 -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.96 - - - - - - - - - - 3.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.3 - 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.5 2.05 - 2.92 1.03 1.9 - 0.27 0.44 - - 1.57 - - - - - - - 1.23 - 1.05 - - - 0.05 - - -3.59 -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.57 - 4.07 - - 1.35 - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - - - - - - - -
-0.15 -0.03 -0.1 0.07 0.09 0.22 -0.18 0.01 -0.14 -0.09 0.08 0.08 -0.04 0.27 -0.31 0.42 0.22 0.55 -0.1 -0.42 0.2 0.01 0.44 -0.43 -0.39 -0.26 -0.05 -0.23 -0.26 -0.13
- - - 4.3 - - - - - - - 3.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.62 - - - 2.69 - - - - - - - 2.53 - - - - - 2.46 - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.87 0.92 -0.79 0.21 1.53 - 0.15 0.83 -0.67 - - 0.26 1.79 1.25 - -0.66 -0.78 1.43 -0.81 - - 1.79 -0.61 - - -0.85 0.57 -0.68 - 0.18
- 0.47 -0.06 1.65 0.01 -3.43 - 0.29 0.31 -0.21 -2.27 -1.72 0.24 0.62 -0.68 0.66 0.36 1.2 1.41 - - -3.43 0.1 -0.7 - -1.71 -0.96 -1.16 1.95 0.59
0.5 2.05 - 2.92 1.03 1.9 - 0.27 0.44 - - 1.57 - - - - - - - 1.23 - 1.05 - - - 0.05 - - -3.59 -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.9 - - - 3.01 - - - - - - - - - 2.81 - - - -
0.5 2.05 - 2.92 1.03 1.9 - 0.27 0.44 - - 1.57 - - - - - - - 1.23 - 1.05 - - - 0.05 - - -3.59 -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.57 - - 0.6 0.45 - - - - - - 1.49 2.62 - - - - - - 1.36 0.49 - - - 2.11 0.54 - 2.8 - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.38 - - - - - - - 2.36 - - - 2.44 - 2.23 - - - 3.26 - - - - - - - -
- - 0.89 4.12 - - - 2.17 - - - - - - - - - - - 0.85 - - - 2.17 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.25 3.45 - - - - - - - - - - - - - - 3.26 - -
- - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.07 1.18 - -0.45 - - 1.25 0.39 - 0.98 1.18 1.16 - 0.91 0.78 2.04 - - - 1.25 0.98 -1.32 - -1.49 0.86 -1.13 - -0.34
Spov3_chr6.02275 (CYP87A2)
 - - - - - - - - - - - 4.55 - - - - - - - - 2.41 - - - - - 0.35 - - -
- - - - - - - - - - - 4.74 - - 1.71 - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr6.02367 (CYP709B3)
 - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.08 -0.36 - 0.09 - - - 3.59 - - - - - 0.25 0.4 - - 0.2 - 1.3 - - - 1.44 2.38 -
- - - 1.96 - - - - - - - 3.17 - - - - - - - - 2.16 2.12 2.03 2.09 - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.