1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_15 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra000228 (PRX25)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
-2.19 -1.98 -0.92 -4.76 -1.27 -0.08 -1.53 -1.76 -2.07 -0.8 -2.17 -1.71 0.35 -2.2 -0.66 0.44 0.3 1.28 -1.59 -1.7 -1.21 0.15 3.82 -1.14 -0.44 -0.91 -0.71 -2.7 -2.85 -1.67 -1.93
Bra000775 (EARLI1)
 -4.13 -3.92 -7.36 -3.13 -1.89 -0.66 -4.46 -4.41 -3.44 -3.31 -3.91 -4.01 0.65 -3.38 -1.88 -4.51 -2.7 -1.35 -4.77 -3.84 -2.63 -2.27 4.63 -1.54 -2.42 -2.23 -2.23 -1.42 -1.97 -3.8 -4.63
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra001282 (MAN1)
 - - - - 0.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.64 - - - 1.62 - 0.72 - -
Bra001640 (EBP)
 -1.23 -0.52 -1.38 -2.27 -2.07 -1.82 -2.91 -1.81 -1.69 -1.73 -0.99 -1.93 -0.09 1.16 0.87 -0.48 -0.08 0.27 -0.43 -0.58 -0.61 -0.64 3.89 -2.05 -1.65 -2.53 -2.48 -2.26 -2.38 -3.05 -3.45
Bra002438 (STOP2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
-0.74 -0.09 -2.46 - 0.67 0.7 -1.47 -1.3 -4.45 -2.79 -3.54 -3.35 -2.35 -1.25 -2.51 -1.43 - -3.54 -2.56 -5.51 -1.85 -3.55 4.52 - - -4.34 - -2.68 -5.41 - -5.4
-3.03 -2.29 -1.3 -1.79 -1.18 0.3 -1.25 -3.31 -2.02 -1.29 -1.1 -2.06 -0.65 0.04 -0.45 -2.69 -1.03 -0.31 -1.52 -1.72 -1.8 -0.82 4.28 -1.55 -2.9 -2.55 -1.32 -4.82 -3.82 -3.31 -1.67
Bra002990 (AtDOB14)
 - - -3.54 - -3.42 -3.55 -4.21 - - -5.07 -5.28 -5.08 -1.72 -4.77 -2.09 -4.83 -2.64 1.82 -5.18 - -3.61 -1.14 4.65 -3.09 - - - -2.44 -4.86 -5.03 -2.35
Bra003268 (BSS1)
 - -0.19 - -0.32 - -3.81 -2.01 -3.55 -3.93 -2.2 -1.59 0.14 -1.29 -0.43 - - - 1.06 -4.04 - -0.97 -0.6 4.11 -0.4 -1.23 -2.81 -0.08 -1.23 -1.26 -0.83 0.81
Bra003446 (AHL11)
 - - - - - - - - - - - - 2.5 - - - - - - - - - 4.66 - - - - - - - -
Bra003558 (DGR1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.79 - - - - - - 1.7 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - 1.64 0.1 - - - - - - - 0.42 - - - 1.01 - - - - 4.55 - - - - - - - -
Bra006521 (NRPD5)
 -4.99 - -2.02 - -1.47 -2.79 -2.33 -2.91 -1.56 -3.81 -5.3 -2.37 -0.53 -1.79 -1.0 -1.4 -1.87 -0.98 -3.75 -3.28 -2.48 -3.08 4.31 -0.6 -0.04 -0.21 0.28 0.06 -1.58 -0.57 -0.75
Bra006987 (CYP71B5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.69 - - - - 4.71 - - - - 1.71 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra007842 (GolS6)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - -0.74 - - - - - - - - - - -0.55 - - - - - 4.89 - - - - - - - -
Bra009185 (MYB9)
 - - - - - 1.47 -0.86 -0.91 - - - - - - 1.46 - - - - - - - 4.57 - - - - - - -0.54 -
-3.4 -2.36 -2.72 -3.74 -1.04 -3.25 -3.2 -3.53 -1.03 0.31 -0.78 0.38 -0.24 -3.07 -0.06 -1.01 -1.57 0.87 -1.88 -2.57 -2.6 1.9 4.08 -5.3 -5.32 -3.82 -3.87 -6.14 -5.84 -5.45 -4.82
Bra010651 (AtDOB9)
 - - - - - 0.55 - - - - - - - - - -0.8 - -0.12 - - - - 4.7 - -0.07 - - - - - 0.23
0.38 0.68 -0.27 - -2.34 -2.48 - -1.58 -0.81 - - -1.52 -0.25 - -2.01 - - - - - -1.44 -0.04 4.52 - - - - - -2.34 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 1.16 - - - 1.3 4.44 - - - - - - 2.2 -
Bra012402 (MOP9.5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra012605 (GRPL1)
 -0.71 - -0.34 - -0.51 -1.41 - -3.91 -2.26 -2.65 - -1.16 1.27 -2.58 -3.48 -0.85 -1.26 -2.79 -3.75 -1.03 -0.66 -1.2 4.33 -2.17 -3.65 -1.89 -2.62 -3.66 -2.04 -1.74 -0.51
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.6 - - - - - 2.77 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
0.12 0.05 0.22 -0.42 -0.04 -0.17 -0.95 -0.59 -0.77 -0.68 -0.76 -1.07 -0.65 -0.14 0.44 -0.31 -0.32 0.16 -0.92 -0.72 -0.82 -0.76 2.81 -0.27 -0.3 -0.39 -0.37 -0.43 -0.19 -0.21 0.06
- - - - - - - - - - - - - - - - - 1.82 - - - - 4.78 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra014725 (BDR7)
 1.97 - - - - - - - - - - - 2.73 - - - - - - - - - 4.35 - - - - - - - -
Bra014944 (RIC5)
 - 0.19 - - - - 0.27 -1.32 - 0.89 - - -0.95 -1.04 2.3 0.04 -1.04 0.77 - - - - 3.8 - - -0.14 - - - -1.14 1.0
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra016473 (EXP11)
 - - - - - - - - - -0.27 - - -1.38 -2.24 - -0.8 - - -1.22 -1.51 - -0.71 4.72 0.32 - - - - - - -
Bra016711 (FUT8)
 - - - - - - - - - - - - -0.67 -0.77 - - - -0.95 - - - - 4.42 -0.87 0.43 -0.85 1.1 0.35 - -0.68 0.41
Bra017068 (UMAMIT14)
 - - - - - - - - - - - - 0.31 - - - - 2.49 - - - - 4.59 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - 2.34 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra018438 (ZFP5)
 - - - - - - - - - - - - 1.18 1.03 - - - 0.84 - - - - 4.64 - - - - - - - -
Bra018560 (SRPP)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 0.73 - - - - - - - - 4.6 1.26 - - 0.39 - - 0.51 -
- - - - -1.4 - -1.62 - - - - - -0.25 -1.14 - - - 1.5 - - 0.15 - 4.35 - -0.43 - - 0.87 0.75 - -1.34
Bra019051 (ABCG9)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - - 4.56 - - - - - - - -
Bra019325 (RLK6)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.71 - - - - - - - 2.29
Bra019462 (CHX10)
 - - - - - -3.14 - - - - - - - 0.39 -0.34 -1.37 -2.96 0.99 - - - - 4.7 - - - -3.15 -2.98 - - -
- - - - -0.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.55 1.5 - - - - - 1.69 -0.29
Bra019681 (FUT8)
 - - - - -2.4 - - - - - - - 1.19 - -0.99 0.47 -1.23 0.65 - - - 0.32 4.41 - - - -1.38 - - - 0.87
Bra019947 (Nog1-2)
 -4.24 - -2.27 -3.17 -3.03 -0.57 -0.56 - -2.89 - - - -2.07 -2.66 -3.28 -3.33 -2.08 2.12 - -2.16 -4.53 -3.72 4.31 -0.09 -0.65 -1.35 -1.86 -0.74 -2.38 -1.65 -1.73
- - - - - 1.19 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.84 - - - - - - - -
- - - - -0.16 - - - - - - - -0.09 - - - - - - - - - 4.82 - - - - - - -0.15 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra022474 (STMP7)
 - - - - - - - - - - - - - - -1.06 - - -1.02 - - -1.27 - 4.86 - -0.97 - - - - - -
Bra022831 (MYB14)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra023749 (ESE1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra023776 (DAN1)
 - - - - 1.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.79 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 0.03 - - - - - - - - - - - 4.87 - - - - - - - -0.51
Bra024394 (PLT7)
 -1.47 0.09 - - 0.1 - - - - - - - 1.85 - - - - 1.76 - - - - 4.24 - - - -0.76 - - -0.17 0.23
Bra024630 (AtDOB16)
 -1.14 - - - -0.32 - - - - - - - -1.27 -0.79 - - -0.85 0.48 -0.13 - -1.0 - 4.67 - - - - - - - -
- - - - 1.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.86 - - - - - - - -
Bra025781 (AVA-P2)
 - - - - - - - - - - -3.3 -3.77 - -2.31 -2.75 -3.8 -4.0 - - - - - 4.36 -0.68 1.09 0.71 - -1.94 2.28 - -2.05
Bra026419 (OPT5)
 - - - - - - - - - - - - - - -0.65 - - - - - - - 4.9 - - - - - - - -0.78
Bra026603 (PP2-B10)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra026837 (FLP)
 0.95 - -1.89 - -1.47 0.43 - - 0.89 - - -1.2 - - - - 0.87 - -1.78 -1.46 -1.5 0.34 4.25 -1.68 - - -0.56 - -1.53 -1.63 -
Bra027687 (TOM7-2)
 -2.2 0.91 1.2 -1.54 -1.54 -2.7 -5.27 - - - -4.95 -4.71 - - - -3.82 - - - - - - 4.47 -1.3 -1.62 -1.08 -1.92 -0.98 -2.75 -1.49 -0.09
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.6 - 1.73 - - - 1.23 0.14 -
Bra028495 (AtDOB14)
 - - -4.67 - -3.58 -2.28 -4.05 -5.95 -6.08 -6.27 - -2.55 -1.3 -0.25 -0.93 -2.03 -2.33 1.38 - -4.54 -3.57 -6.32 4.66 - -5.88 -6.17 -4.19 - -4.44 - -4.03
- - - - - - -1.14 - - - - - -0.68 - - - - - 0.02 - - - 4.83 - - - - -1.0 - - -
- - - -3.33 - -0.55 -1.48 -2.47 - -0.55 -1.09 -0.69 0.7 -1.41 -0.36 -1.47 -0.85 1.26 -0.45 -0.68 -3.28 0.88 4.15 -2.41 -3.35 - - - - -2.24 -2.07
-6.25 -3.17 -3.38 -4.15 -1.6 -0.44 -1.69 -0.72 -1.27 -1.66 -1.72 -3.25 0.95 0.94 1.56 -0.9 -0.37 1.02 -1.33 -1.95 -1.85 -2.36 3.27 -0.59 -0.74 -0.79 -1.05 -0.5 -1.42 -0.82 1.43
Bra029456 (EARLI1)
 -5.19 -5.14 -6.22 -6.13 -3.28 -5.49 -6.6 - -5.35 -1.41 -4.48 -6.08 -4.21 - -3.42 -6.25 -2.67 1.05 -6.67 - -3.81 -1.94 4.78 - - -5.08 - - - -4.01 -5.38
-6.09 -2.64 -4.03 -5.87 -3.73 -2.99 -5.23 -2.32 -3.36 -3.77 -5.25 -3.52 -2.35 -5.18 -2.45 -3.32 -2.6 -1.95 -5.38 -7.27 -3.85 -5.84 4.83 -3.79 -4.47 -5.42 -4.33 -6.14 -4.42 -3.38 -2.94
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- -3.8 -2.41 -3.02 -2.14 -4.28 0.22 -0.31 - -1.1 -0.53 - 0.11 - -0.39 0.84 -1.06 -0.45 - -1.92 - -4.29 4.42 - -3.24 -3.31 - -4.06 -2.44 - -3.04
Bra030408 (ATL88)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra030959 (AtDOB5)
 -5.34 -3.33 -3.54 -3.07 -4.59 -2.71 -3.92 -4.79 -0.13 - -1.57 -2.01 -1.39 -0.92 -1.77 -1.86 -0.72 0.19 -3.08 -1.3 -2.87 -1.86 4.57 -1.9 -4.4 -4.35 -2.89 -3.87 -3.92 -2.61 -2.53
Bra030960 (AtDOB14)
 - - -4.67 - -3.58 -2.28 -4.05 -5.95 -6.08 -6.27 - -2.55 -1.3 -0.25 -0.93 -2.03 -2.33 1.38 - -4.54 -3.57 -6.32 4.66 - -5.88 -6.17 -4.19 - -4.44 - -4.03
Bra031356 (LEC1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
Bra031809 (RAB18)
 - - -1.88 - 0.81 - -1.89 - -1.96 - - -1.42 -1.6 -1.68 -0.31 -0.6 - 0.65 - -0.7 - - 4.57 - - - - - - - -
Bra031933 (PRX71)
 -4.35 - -1.57 -3.32 -3.07 1.2 - -2.92 - -1.82 - -1.64 -0.1 - -1.13 -2.51 -4.7 0.38 -4.61 -3.13 - -0.91 4.55 - - - -3.68 - -3.56 -3.03 -
- - - - -1.36 -0.9 -1.99 -1.63 -1.54 -1.47 -1.3 -1.14 0.78 -0.6 -1.15 -0.37 -1.76 -0.48 -1.97 -1.7 -0.75 -1.13 3.83 -0.39 0.35 0.08 -0.62 0.34 -0.59 -0.18 -0.17
- - - - - - - - - - - - -3.11 - - - - -1.56 - - - - 4.93 - - - - - - - -
- - - - - - - - - -0.66 -1.35 - - -0.85 -0.39 - - 0.56 - - -2.29 - 4.18 -2.17 -1.88 0.45 -2.2 - 1.75 1.11 0.37
Bra033520 (DI21)
 -4.09 -5.13 - - -3.62 - -3.52 -2.56 - -4.23 -2.57 -3.51 0.46 -1.2 -2.06 -2.95 -2.81 1.61 -3.77 - -2.78 -1.98 4.4 -0.94 -0.36 -1.77 -1.91 -2.5 -3.21 -2.32 -0.03
Bra034741 (NANA)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.63 - 2.65 - - - - - -
Bra035066 (LSH7)
 - - -2.61 -0.86 -1.44 - - - -0.56 0.78 -0.59 -0.35 0.65 -2.06 -1.09 -0.53 - 1.79 -2.47 -2.34 -2.35 0.63 3.87 -0.43 -1.25 -2.04 - -0.66 -1.26 - -1.31
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
- - - - - 1.03 - - - 2.04 - - - - - - 1.08 - - - - - 4.36 - - - - - - - 1.17
0.38 0.68 -0.27 - -2.34 -2.48 - -1.58 -0.81 - - -1.52 -0.25 - -2.01 - - - - - -1.44 -0.04 4.52 - - - - - -2.34 - -
Bra036260 (GST16)
 - -3.8 -0.15 -3.71 -0.5 -0.78 -3.21 -1.6 -0.27 -1.32 -4.08 - -0.11 - -0.09 -0.42 - 0.83 -1.09 -3.07 -1.51 -0.5 4.15 -2.53 -1.45 -0.68 -0.93 -1.58 -0.08 - -2.92
Bra037128 (HEC1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -
-1.68 -1.69 -1.43 -1.08 -1.98 -1.43 -1.45 -1.01 -1.11 -0.76 -0.58 -0.83 0.92 -1.85 -0.77 -0.6 -0.24 1.49 -0.04 -0.37 -1.0 -0.98 3.25 -0.0 -0.28 -0.28 -0.32 -1.05 -1.58 -0.1 0.31
Bra037977 (EIF4A-2)
 -5.48 -4.82 -5.45 - -8.07 -5.59 -5.43 -6.74 -6.52 -8.1 -8.21 -5.5 -5.26 -4.24 -4.07 -6.47 -8.98 -4.41 -6.37 -5.99 -7.4 -6.09 4.92 -4.73 -4.47 -5.8 -6.19 -5.08 -5.11 -5.92 -5.17
Bra039047 (CYP81D11)
 - -0.12 0.35 0.45 -0.59 -1.55 -1.62 - - -1.62 -1.73 -1.54 - - - - - - - - - - 4.27 - - - - -1.31 - -1.46 2.35
Bra039188 (CYP81D6)
 - - - - - - - - - - - - 3.48 - - - - - - - - - 4.31 - - - - - - - -
Bra039222 (ENODL11)
 - - - - -4.17 - - - - - - - -2.97 - -2.94 - - -2.52 - - - - 4.93 - - - - - -4.16 - -4.02
Bra039984 (GSTU2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.31 - - - - 4.7 - - - - - - - -
Bra040787 (ACBK1)
 - - - - - -1.35 - - - - - -0.98 - - 1.29 -1.15 - 1.58 - - - 1.58 4.25 - - - -1.18 - - - 0.77
0.07 -1.31 -3.2 -3.33 0.38 -1.2 -2.53 -3.98 -2.4 -2.98 -1.59 -2.45 -1.4 -0.09 1.57 -1.06 -1.34 1.37 -1.56 -2.88 -1.62 -2.86 3.68 -1.76 -0.96 -2.59 -1.71 -1.89 -0.98 -0.79 1.24
Bra040894 (EM1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.