Heatmap: Cluster_6 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0001.00026	-	3.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.04	-	-	-	-	-	-	-	-	1.44	-	-	-	-	2.85	-
Spov3_C0001.00062 (GPX3)	-	3.65	-	2.4	-	-	-	2.71	-	-	-	-	-	-	2.49	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0002.00129	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0002.00198 (mCSF2)	-	3.09	-	-	2.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.75	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.05
Spov3_C0016.00052 (KLK)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0029.00023 (FNR1)	-	3.39	-	1.55	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.93	-	-	-	-	-	0.7	2.08	-	-	-	-	2.8
Spov3_C0045.00017 (STT3A)	-	3.99	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0088.00003 (RECA2)	2.19	3.95	-	-	-	-	-	-	-	2.35	-	-	-	-	-	-	-	2.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0149.00002 (UGT85A5)	-	3.37	-	-	0.77	-	-	0.9	-	0.75	-	0.75	-	0.79	-	0.84	1.94	-	1.86	-	-	-	-	-	-	-	-	0.78	-	-
Spov3_chr1.00602 (RPL16)	-	-	-0.63	-	-0.16	-	1.58	-	-0.7	-9.97	0.17	-	-1.77	-	2.43	1.07	-	1.39	1.46	0.79	-0.6	-	-	0.43	0.5	0.03	-0.32	-	-0.68	1.57
Spov3_chr1.02842 (RGLG4)	-	3.28	-	-	-	-	-	-	-	-	2.71	-	-	-	-	-	-	2.4	-	-	1.14	-	-	-	-	-	-	-	2.64	-
Spov3_chr1.04502 (ISTL5)	-	3.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.87	-	-	-	2.86	-
Spov3_chr2.00698 (ARP1)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.01320 (ACT12)	-	2.23	-	-7.09	0.02	-0.27	0.48	-0.43	-0.38	-0.01	1.32	-1.04	-0.86	0.43	-2.0	-0.74	-0.81	2.01	-	-2.21	0.16	-	0.37	-2.08	1.21	-0.64	-1.07	0.87	-0.69	-0.97
Spov3_chr2.01460 (PIP5K1)	-	3.89	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.47	-	3.27
Spov3_chr2.01696 (MEF29)	-0.23	1.86	-0.03	0.07	-0.29	0.57	-0.63	-0.8	-1.42	-1.07	-0.12	-0.81	-3.37	1.58	0.5	0.75	-0.47	-2.76	-1.09	0.08	-0.34	1.24	-0.46	-0.58	-1.1	-0.73	-2.19	-0.76	0.62	0.12
Spov3_chr2.02796 (DCR)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03240 (KTN80.1)	-	3.68	-	0.85	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.13	-	-	-	0.58	-	-	0.74	-	-	1.77	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03582 (LOH3)	-	3.57	1.35	1.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.32	-	-	-	-	3.41	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03962 (UBP3)	0.03	1.65	-	-	1.7	-	1.91	-	-0.26	-2.26	-	-	-	-	2.76	-	-	1.09	-	-	-	-	2.29	-	-	0.01	0.75	-	-	0.37
Spov3_chr2.05084	-	3.95	-	2.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81
Spov3_chr2.05682 (SFH12)	-	4.25	-	-	-	-	-	-	-	-	3.45	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00163 (TKI1)	-	3.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	-	-	0.98	-	-	-	-	1.34	-	-	2.51	-
Spov3_chr3.01027	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01067 (RPB5D)	-	3.84	-	-	-	-	-	3.97	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.01795 (DICE1)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02016	-	4.12	-	-	-	-	-	-	-	-	2.14	1.99	-	-	-	-	2.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02088 (ATE2)	-	3.99	-	-	-	-	-	-	-	3.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02089 (SIGA)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02244 (FUS4)	-	4.29	-	-	-	-	-	3.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02430 (MUB5)	3.59	4.09	-1.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-1.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-1.91	-	-	-
Spov3_chr3.02432 (TK1)	2.64	2.11	1.16	-	-	-	0.99	-	-	1.11	-	-	-	-	1.92	1.0	1.12	-	-	1.72	-	-	-	-	-	-	0.84	-	-	-
Spov3_chr3.02510 (OXR6)	-	4.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02611 (WXR3)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03050	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03263	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.03405 (PEG9)	-	3.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.04906	-	4.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.64	-
Spov3_chr3.04957 (Mfl1)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00757	-	2.89	-	0.09	-	-	-	-0.44	-	0.96	-	-0.21	-17.3	0.41	-0.12	-	-	2.23	0.48	-0.64	-	-	1.45	1.07	0.3	-	-26.9	-	1.55	-
Spov3_chr4.00792 (RPOC2)	-	4.51	-	-	2.84	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00918	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02211 (MIOX2)	-	4.07	-	-	-	-	-	-	3.22	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.98	-
Spov3_chr4.02287	-	3.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.89	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.84	-
Spov3_chr4.02647 (ESD7)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02336	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02441	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03541 (RPL27)	-0.48	2.47	1.52	1.11	0.85	0.26	0.28	-	-	-0.42	-	-	-	0.63	-	-0.48	-	1.51	-	-	-	-	-0.45	-	0.71	1.13	0.75	-	0.76	-0.46
Spov3_chr5.04118 (XRCC4)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01823 (OGOX4)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01868	1.91	4.29	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.74	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.02900	-	3.37	2.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.22	-	-	-	2.35	-	-	-	-	-
Spov3_S12.00027 (XID)	-	4.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.