1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_62 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
0.45 0.46 1.16 - - 1.8 - -0.57 - 0.7 - - - - 0.33 -0.53 - 0.22 0.36 - 0.15 0.24 2.19 -0.42 1.28 - - -0.51 2.04 -
- - - - 2.5 - - - - - - - - - - - - - - - 3.74 2.5 2.4 - - - - - - -
- - 3.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.13 - - - - - - - - -
- - - - - - 2.62 2.7 - - - - - - 2.74 - - - - - 3.42 - - - - - - - - -
- 3.01 - - - 1.79 2.15 - - - - - - - 1.93 - - - - - 2.73 - - - 1.87 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - 0.96 - - 3.23 - - 2.53 - - - - 2.37 - - - 2.33 - - - - - - 1.45 - - - -
3.41 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.2 3.34 - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.2 - - - - 3.62 - - - - - - - - - 3.08 - - - - - - - - -
- - 2.27 - - - 3.52 - - - - - - - 3.12 - - - - - 2.31 - - - - - - - - -18.7
- - - - - - 0.56 0.64 - - 2.68 - - - - - - - - - 3.56 - 0.44 0.57 - - 1.2 1.87 - -
- - - - - - - - - - 2.83 - - 1.76 - - - - 3.15 - - - - 1.8 - - - 2.83 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.14 - - - - - 3.63 - - - - -
0.28 0.17 0.62 0.33 -1.04 -0.21 0.87 0.13 0.08 -0.97 -0.92 - - -1.04 0.4 1.04 - -0.22 0.48 -1.18 -1.46 0.84 - 1.64 - -0.08 0.84 0.29 1.43 -
- - - - - - - - - - - - 3.93 - - - - - 3.88 - - - - - - - - - - -
-1.48 - -0.06 -0.65 -0.78 0.47 -0.03 -1.46 1.45 -0.9 - - 0.8 -1.16 -1.23 1.56 - 1.8 - - 2.21 0.19 0.83 - -1.13 -0.64 - -0.0 - 1.46
-1.83 -1.1 -1.32 -1.75 - - -0.92 2.27 0.02 - - - -1.61 - -1.25 - - 0.69 - 0.31 3.42 - -1.32 -0.07 1.69 0.97 - - -0.88 -0.28
- - - - - - 2.99 - - - - - - - - - - 2.9 3.0 - 2.73 - - - - - - - - -
1.15 - - 0.74 - - - - 0.82 0.88 - - - 1.88 - - 0.84 - - - 3.33 0.82 - - - 0.72 0.76 - - 0.93
- - - - 1.08 - 1.97 - 1.83 1.18 - - 1.2 2.02 - 1.22 - - - - 2.84 - - - - - 1.21 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- 1.17 - - - - - - - 2.19 0.24 - 1.89 2.1 1.06 - - 0.98 2.12 - - - - - - - 1.82 - 0.01 0.13
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - 2.69 - - - - - - - - - 3.09 - - - 3.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.62 - - - - - 1.72 - - - - - - 2.78 - - - - - - - 1.49 - - 3.8
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.72 - - - - - - 4.07 - - - - - - - - -
- - - - - - - 2.13 - 1.98 - - - - - - - 1.78 - - 3.11 - - - - - - 3.26 - -
2.6 - - - - 1.41 1.49 - - - - - - - 3.06 - - - - - - - - - - 1.65 2.81 - - -
0.11 0.38 0.55 -1.49 -0.86 -0.76 -0.16 0.44 -0.35 -2.25 -0.01 -0.44 -0.65 0.78 0.03 -0.66 -1.35 1.64 1.86 0.54 -0.95 0.32 -2.42 -0.98 -1.42 -0.89 -1.05 -0.42 0.05 0.54
2.23 - - - - - - - - - - - - 2.85 - - - - 1.89 - - - 1.88 - - - 2.6 2.21 - -
- 3.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
4.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.8 - - - - - - - - - - -
0.71 0.4 -1.23 0.37 -0.61 -0.53 -1.1 -1.05 0.2 -1.88 0.31 -0.12 -0.04 -0.2 -0.39 -0.06 -0.63 -0.57 -0.28 -0.74 0.86 0.82 -2.21 -0.33 0.0 0.65 0.34 0.35 0.46 1.04
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
Spov3_chr1.03525 (CYP87A2)
 2.32 2.22 -0.36 - -0.19 -0.34 - - 1.78 - - - - -0.17 - - - -0.37 2.34 - - - -0.32 -0.28 -0.35 -0.14 - - 1.48 0.73
Spov3_chr1.04068 (AK-HSDH)
 - - 1.0 -0.04 -0.36 - - - - - - - - 2.44 - 0.06 0.04 -0.12 3.2 0.04 1.85 0.92 - - 0.16 - - -0.0 - -
Spov3_chr1.04198 (VAMP714)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- 3.26 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.86 - - - - - - 1.45 - 1.66 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- -0.34 -2.58 - 1.06 -0.56 0.32 - -0.71 0.47 0.59 -2.43 - 1.15 -0.49 -0.76 -0.28 -2.57 2.02 0.27 1.11 1.54 0.03 -0.85 -0.43 -1.49 1.39 -0.61 - -0.9
1.62 - - 1.38 - - - - - 1.88 - - - - - 1.8 - - - - 3.82 - - - 1.62 - - - - -
- 1.95 - - - - - - - 1.8 - - - - - - - - 3.34 - - - 3.29 - - - 1.46 - - -
0.58 1.72 0.68 - 1.62 - 0.59 - 0.75 - 0.76 - - - - - - - - - 2.98 - - - 1.54 - - 1.77 - 0.54
0.09 0.05 0.19 0.41 -0.18 -0.24 -0.09 0.03 -0.16 -0.11 -0.62 -0.22 -0.36 -0.27 -1.01 -0.59 -0.29 -2.04 0.53 0.13 0.57 0.43 -0.43 -0.21 0.19 0.6 0.4 0.19 0.22 0.4
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
1.97 - - - - 0.54 -0.25 -0.35 - - - - -0.24 1.85 - 1.55 - 0.59 - -0.37 - 2.22 - 1.87 -0.22 1.24 0.85 - - -
- 0.88 - 0.86 - 1.59 - - - 0.92 - 0.83 - 0.9 - - 1.85 - - - 2.32 - - - 0.82 - 2.49 - - 0.84
0.99 0.05 -0.84 -0.45 0.27 0.24 -1.45 -0.42 0.16 0.34 0.13 -0.4 -2.16 0.73 -0.88 0.62 -1.31 0.61 -0.75 -0.48 0.67 0.76 -1.23 -0.35 -0.41 0.36 0.4 0.86 -1.32 -0.56
- - - - - - - - - 1.94 - - - - - - - - - - 4.48 - - - - - - 1.94 - -
0.54 - 0.77 0.35 -0.85 - - 0.84 0.09 -0.76 -0.8 -0.89 0.2 - 1.69 - - - 0.74 -0.93 - - - -0.61 0.22 1.34 0.52 1.41 1.26 1.6
-1.89 -0.86 -0.36 -0.77 -2.42 0.73 -0.9 0.74 -0.47 -1.91 0.25 0.38 0.91 0.21 0.71 0.54 0.96 -1.03 0.44 -0.7 -0.36 -0.34 0.24 -0.45 -0.16 -1.1 -0.37 -1.25 -1.0 1.69
Spov3_chr2.04424 (CYP71A25)
 0.22 -0.57 -1.58 -0.88 -1.38 0.43 0.61 0.28 0.09 0.7 -0.08 -0.52 -0.83 0.47 0.33 0.04 0.18 -0.21 0.79 0.9 0.12 0.32 -1.33 -0.11 0.19 0.62 -0.15 -0.87 -1.48 -0.94
- - - -1.35 - - - - - -1.02 - - - 2.41 2.84 - - 2.61 - - - - - -19.76 - 2.31 2.49 - -18.4 -
- - - 2.38 - - - 1.72 -1.0 - - - -0.63 2.3 - -1.7 0.59 - 0.72 - 3.25 -1.31 - - - -1.8 0.82 - - -
Spov3_chr2.04743 (UGT84B1)
 1.92 - - 2.71 - - - - - - - - - - 2.65 - 1.88 - 2.71 - - - - 1.67 - - - - - -
3.48 - - - 2.02 - - - - - - - - 2.04 - - - 3.0 - - - - - - - - - 1.42 - -
Spov3_chr2.05029 (AUXILIN-LIKE4)
 1.76 - 0.81 - - - 1.69 - 0.57 - - 0.57 - 2.58 - 0.78 - - - - 0.67 0.61 - - - - 2.67 - - 0.59
-0.08 - -0.25 1.27 - - 0.49 - - - - - - 1.53 1.02 1.26 - 1.0 1.53 1.74 - 0.92 - 0.46 0.54 - -0.33 - 0.81 0.67
- - - 0.63 - - - 1.59 - - - - - 2.43 - 1.87 0.56 0.59 - - 3.2 - - - - - - 1.36 - 0.76
3.57 - - - - - - 1.61 - - - - - 2.43 - - - - - - - - - 3.27 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 2.22 - - 3.34 - - - 3.92 - - - - - - - - -
- 2.05 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.96 - 3.4 - - - - 2.92 - - - -
- - - - - - - - - - 2.83 - - 2.51 2.47 - - - 3.54 - - - - - - - - - - -
1.86 - - 0.13 0.96 0.4 0.22 - 0.08 0.55 - -0.36 1.01 0.7 -0.13 - -0.63 -0.73 2.66 0.04 1.03 - - - -0.01 - - - -0.44 -0.67
- - - - - - - - 1.65 - - 0.64 - - 0.59 - 2.36 2.02 2.86 - - 0.62 2.54 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
Spov3_chr3.01126 (AtNEAP1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.38 - - 3.19 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.84 3.97 - - - - - - - - - - -
- - - - 2.33 - - - - - - - - - - 2.52 - - 3.28 - - - - 3.25 - - - - - -
1.2 0.23 0.51 -0.18 0.34 -0.85 -1.15 -0.04 -0.02 -2.77 0.14 -1.21 -0.74 -1.88 0.58 -1.77 0.28 -0.81 1.31 -0.28 -0.33 -0.09 -1.29 0.44 -0.05 0.07 -0.4 0.23 0.98 0.19
- - - - - - - - - 1.57 - - - 1.5 - 1.7 - 2.42 - - 3.2 - - 1.52 - - - - 1.82 -
- 2.67 - - - 2.14 - - 0.62 1.32 - 1.27 1.37 0.48 - - 1.48 0.19 - - - - - - - - - - - 2.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.6 - - 1.54 2.65 - 1.33 - 1.64 2.61 - 1.6 - - - -
- -1.27 - 1.18 -1.62 -0.46 - 1.5 1.25 2.24 - -0.41 - 0.8 - - - - 1.88 - - 0.19 0.17 - - 1.06 - 1.24 1.78 -
- - - - - - - - - - - 2.63 - - - - - - 4.17 - - - - - - - - - - 2.52
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- -0.01 -0.07 0.9 1.14 -0.38 1.02 -0.07 0.75 - - -0.24 - - - - - - - - 1.78 2.52 1.94 - 0.67 -0.42 0.59 - - -0.2
- - - 0.32 - 1.48 -4.26 -0.72 0.0 1.9 - - - - - - 1.75 0.78 - - 0.9 -0.74 - - -11.31 0.78 2.34 - 1.55 1.74
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.31 - 3.34 - - - - - - - - -
-10.46 -9.16 -9.77 2.13 -10.27 2.58 -10.62 -9.38 -1.52 -15.92 2.36 -12.09 -10.42 -13.02 -10.22 1.1 1.03 -9.72 -12.34 -8.68 -9.36 2.15 -11.3 -9.91 -9.22 -9.25 -12.85 2.13 0.21 -11.8
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
Spov3_chr3.04521 (UGT74D1)
 - - - - - - - - 1.99 - - - - - - 2.05 - - 4.45 - - - - - - - - - - -
1.06 0.3 -0.05 0.88 -1.24 -0.51 -1.6 -0.2 0.5 0.13 -0.94 -1.22 0.4 -0.22 0.63 0.71 -1.2 0.59 -1.75 0.17 0.93 -0.11 0.39 -1.11 -0.5 -0.77 -0.45 0.4 -1.05 -0.07
-0.33 - -0.21 0.99 - - 1.21 0.03 1.42 - 0.97 - -0.65 - 1.12 - 1.38 - - - 3.01 - - -1.03 1.62 - - -0.96 - -0.23
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - 3.46 - - 2.2 - - - - 2.32 -
- - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - 3.21 3.31 - - - - - - - - - - -
-0.97 - -1.1 0.37 0.14 0.97 - - 1.04 0.25 0.34 - -0.7 - - - - - 2.7 2.23 0.71 - - - - 0.78 1.5 0.74 - -0.92
0.82 - 0.73 - - - - - - 0.89 1.81 - - 2.68 1.77 - - - 2.2 - - - - - - 0.41 - - 1.88 0.83
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - 1.63 - - - - - - - - 1.56 - - - 1.64 - 3.09 - - - 1.49 - - 1.45 - - 2.77 -
1.26 1.22 - - - 1.01 1.11 - - - - - - - 2.01 1.12 - - 3.65 - - - - - - - - - 1.25 -
- - - - - - - 1.47 - - 2.77 - - - - - - - - - 3.91 - - - - 1.32 - - - 1.53
2.22 -0.11 0.24 -0.24 -0.59 0.52 -1.33 -0.42 0.69 -1.35 1.19 -1.42 0.72 - -1.45 - -1.19 1.31 1.82 - - -1.53 -1.38 -1.47 -0.29 -1.57 - 0.95 0.89 -
- 1.14 1.65 0.06 1.71 - - 0.42 1.11 - -0.79 - - - - - - -0.68 2.52 - - - - -1.13 -0.4 -18.01 - 1.9 1.13 1.46
2.05 - 0.53 - 0.46 - - - - - 0.6 0.38 - - 2.32 0.69 - 0.28 1.98 0.19 - - - - - - 1.69 - 0.64 1.35
- - 1.46 - - - - - - - - 1.28 - 2.19 - - - - 2.83 - -18.51 - - 3.21 - - 1.96 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
3.42 - - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - - 3.26 - - - - - -
3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - - - - - - - - -
- 0.98 0.98 - 0.9 - - - 1.99 1.95 - 0.82 - - 0.76 - - - 3.16 - - - - - - - 1.98 - - -
- 2.1 - 0.22 1.23 - - -0.73 0.96 -0.67 2.09 - - 1.04 -0.7 - - -0.87 1.28 0.21 2.13 -0.83 - - 0.2 - - -0.75 0.35 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
-0.82 - 0.16 - - - - - - 1.88 0.6 - 1.39 1.09 -1.09 - 1.69 - 2.41 - 0.59 -1.22 1.45 - - -0.08 - -0.68 0.21 0.96
- 1.49 - - - - - - - - - - 0.67 - - - - 0.25 - 1.37 3.01 - - - 2.0 - 2.1 2.11 - 0.15
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.14 - - - - - 4.27 - - - - 0.95 1.05 - 1.24 -
Spov3_chr5.02695 (AP-3 alpha)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - -
- - - - - - 2.51 - - - - - - - - - - - 3.64 3.57 - - - - - - - - - -
0.34 -0.71 - -0.76 0.13 1.01 - 0.05 0.11 - - -0.89 - 1.31 1.06 0.35 0.19 - -1.1 - - 1.12 -0.9 -0.66 - 1.33 1.77 0.8 -0.9 1.47
2.79 - - 1.82 - - - - - - 1.87 - - - 3.18 - 1.86 - - - - 1.67 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.33 - - - - 2.11 2.08 3.51 - -
- - - - - - - - 1.85 - - - - 1.97 - - - - - - 4.23 - - - - - - - - 1.87
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - -
-0.18 - - - -0.33 - - - 0.54 -0.32 - - 0.77 - 2.84 1.83 - - 2.92 - 1.1 -0.42 - - - -0.31 -0.68 - -0.11 -0.26
1.13 -0.54 -0.55 -0.42 -0.97 0.35 -2.5 -0.58 1.13 -0.2 -2.32 -0.89 -2.14 -0.71 -0.34 -2.3 -1.31 -0.5 -0.36 0.56 -0.98 0.37 -0.94 -0.28 0.51 0.13 0.48 0.76 1.52 1.3
-0.19 -0.31 0.44 -0.12 -0.49 0.86 -0.36 -0.45 -1.55 0.77 -0.76 0.24 -0.75 0.02 0.09 -1.07 -2.53 -1.62 1.46 -2.65 0.44 0.4 0.26 -0.48 0.02 -0.24 0.47 -0.46 1.38 -1.11
- - - - - - - - - - - - - 0.61 1.95 - - - - - 3.32 - - - - 2.66 3.05 - - -
- 4.04 - - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.42 - - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - - 3.26 - - - - - -
4.01 - - - - - - - - - - - - - 3.8 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.4 - -0.78 2.42 - - - - - - - - - - - 0.56 2.47 3.85 - - - - - - - - -
- - 2.44 - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - -
- - 2.77 - - 1.72 - - - 2.25 - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - -
0.85 0.3 -0.73 2.39 0.05 - -1.08 - - 1.06 0.74 -1.01 - - 1.58 - - 0.93 1.63 - 1.0 - 0.11 -1.06 -0.08 -0.86 - - 0.8 -0.81
- - - - - - 3.86 - - - - - - - - - - - 3.32 - - - - - - - - 2.46 - -
- - - - - 1.97 - - - - - - - - - - - - - - 4.71 - - - - - - - - -
0.77 -0.5 0.46 -0.09 -0.5 -0.33 -0.19 0.53 0.29 -1.77 - - 0.29 1.22 -0.32 -0.14 0.21 0.61 1.33 1.4 -1.82 0.54 -0.96 -0.93 1.14 -1.98 - -0.71 - -0.02

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.