1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_12 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra000045 (JOX4)
 - - - - - - - - -1.69 1.23 - - - - 0.96 - - 3.25 - - -0.66 -1.71 4.0 - - - - - - - -
Bra001027 (MD60)
 -0.67 - 0.82 -1.06 -1.12 - -1.35 - - - -1.02 -0.14 3.0 0.02 - - -0.04 2.33 - - - -0.16 1.3 -1.18 - - 1.08 -0.87 1.45 - 0.74
Bra001202 (BOS1)
 -1.39 -0.6 -0.77 -1.81 -0.05 -0.28 -0.35 -0.57 -0.66 0.03 -0.46 -0.7 -0.14 -0.61 -0.36 -0.16 -0.38 2.4 -0.88 -0.74 -0.6 -0.73 2.63 -1.96 -0.96 -1.07 -0.5 -1.21 -0.61 -0.19 0.01
Bra001515 (RLI1)
 - - - - -0.12 -0.34 - - - -0.35 - - -1.08 - - - - 3.01 - 0.34 - -1.44 4.04 - - - - - - - 0.93
Bra001892 (CML11)
 0.45 - -1.18 -1.08 0.29 -1.37 - - - - -0.47 - - - - - - 3.25 -0.43 - - - 3.14 0.21 - -0.39 -0.37 1.6 - -1.35 0.28
- - - - - - - - - - -0.59 - - - - 0.55 - 3.43 - - 1.54 - 3.01 0.53 - - 1.55 - 0.68 0.21 -
Bra002094 (PGP5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.45 - - - - - - - 3.18
Bra002493 (P2K1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - 3.99 -
Bra002658 (ZIK2)
 -0.17 0.35 -0.6 0.5 -0.11 0.15 -0.88 -1.07 -0.92 -1.15 -1.5 -1.01 0.05 -1.39 -0.81 -0.68 -0.65 2.23 -0.61 -1.39 -0.57 -1.02 2.8 -0.44 -0.67 -1.08 -0.79 -0.89 -0.69 -0.82 -0.7
Bra003195 (HAK5)
 - - - -1.87 - -1.29 - - - - - - 0.46 -1.98 0.11 - - 3.74 -2.15 - - - 3.7 - - - - -1.07 -2.08 - -2.0
- - - -1.3 - - - - - - - - - - - - - 4.01 - -1.33 - - 3.62 - - - - - - - 0.85
Bra003791 (MIF1)
 - - - - - - - -0.2 -0.44 - - - 1.98 -0.11 - - - 3.18 - - - - 3.61 - 0.74 - - -0.2 - -0.46 -
-0.07 - - - -0.94 -0.07 - -0.15 - - - - 1.19 - 0.02 - - 2.7 - - - -0.53 3.8 - - 1.3 - - - - -0.29
Bra004058 (LOX2)
 -4.52 -7.07 - - -7.51 - - - -2.6 -2.78 - -5.88 0.09 -1.48 -0.92 -2.59 -4.54 3.95 - -4.81 - -3.16 3.48 -0.31 -1.23 -2.56 -2.6 - - -5.31 -4.99
Bra004060 (LOX2)
 - - - - - - - - - -1.8 - - 0.95 - - -1.53 - 4.1 - - - - 3.4 - - - - - -5.84 - -0.63
Bra004777 (LecRK-V.3)
 - - - - 0.26 - - - 0.87 - - -0.8 1.35 - 1.97 - - 3.36 - - - - 3.41 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.1 - - - - 2.83 - - - - 4.29 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.25 - - - - 3.59 - - - - - - - -
- - - -0.07 -0.04 -0.79 - -1.48 - 1.09 - 0.38 - -2.25 -2.16 -1.11 - 0.07 - - -0.38 -2.45 2.75 0.72 0.3 -2.02 -0.8 1.3 1.43 0.82 2.17
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.84 - - - - - - - 4.06
Bra005860 (JAO2)
 -1.75 -2.17 -0.54 -0.58 -0.31 -1.46 -2.01 -0.91 -1.59 -0.21 -2.58 -1.31 -0.9 -1.58 -0.5 -1.11 -2.02 3.09 -1.81 -2.15 -3.71 -1.23 2.91 -0.18 -0.09 -1.88 -1.28 -1.85 0.18 -0.91 0.69
- - - 1.32 - - - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - 3.71 1.03 - - 2.31 - - - -
- -0.65 - - -0.85 - -1.17 -1.15 - - - - 2.0 - - - - 4.06 - - - - 2.62 - 0.02 - - - - - 0.12
Bra006743 (CYP86)
 - - -3.06 - -2.97 - - - - - - - 1.64 - -1.74 - -1.73 3.8 - - - 0.24 3.5 - - - - - - - -0.78
Bra006824 (VIN3)
 0.95 -1.63 -1.34 -4.18 0.7 -2.62 -4.86 -2.76 0.07 -2.61 -1.88 -0.07 -0.44 -0.58 -1.49 -1.57 -0.88 2.53 0.85 -2.57 -2.63 -2.35 2.47 -1.39 -2.0 -1.4 -1.31 1.05 0.5 1.13 -1.03
- - - - 0.93 - - - - - - - - - - - - 4.39 - - - 0.87 2.64 - - - - - - - -
Bra007786 (LecRK-II.1)
 - - - - 0.71 0.75 - - - 1.68 - - - - - - - 4.0 - - - - 3.09 - - - - - - - -
-0.77 -0.45 0.2 0.14 -1.15 -2.13 -0.67 0.31 -0.58 -0.11 -0.47 -1.06 -0.52 -0.86 -1.2 -0.44 -0.28 1.96 -0.32 -1.34 -1.4 -0.68 2.55 -0.69 -1.18 1.31 -1.13 -0.83 -0.69 -0.29 -0.17
- - - - - - - - - - - - - - 1.79 - - - 2.16 - - - 2.35 - - - 0.52 1.92 1.29 - 3.37
- - -2.44 - - - - -1.32 - -1.37 1.42 - -2.16 - - -2.05 - 3.84 - - - - 3.34 -0.4 -0.27 -1.33 - - - -1.22 -
- - - - - - - - 1.93 - - - 2.25 - - - - 3.11 - - - 1.5 3.45 - - - - - - - -
- - - - 2.73 - - - - - - - - - - - - 3.51 - - - - 2.67 - - - - - - - 2.73
- - - - -0.63 0.35 - - - - - - 0.62 -0.27 - -0.33 - 2.58 - - - 1.33 3.93 - - - -0.62 -0.37 - - -0.31
- - - - - - - - - - - - 0.77 - - - - 3.55 - - - - 3.99 - - - -0.4 - - - -0.17
- - - - -2.18 - - - -2.05 0.59 - -2.12 -0.96 0.08 0.19 -0.89 - 3.54 -1.23 - - -1.29 3.48 - - - 0.16 - - -0.97 -2.01
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.11 - - - - - 2.18 - 3.2
Bra010627 (ELI3)
 -0.85 -1.42 -1.19 0.43 -1.25 -0.67 1.14 0.39 -0.59 0.97 -0.36 0.55 -0.87 -3.67 -2.41 -0.58 1.05 1.34 -1.33 -1.33 -0.13 -0.88 2.43 -0.92 -0.73 -0.05 -1.19 -0.94 -0.71 -0.5 -0.42
Bra010672 (GGT2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.29 - - - - - - - 3.51
Bra011125 (PRA1.C)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.38 - - - 2.28 - - 2.33 3.42
Bra011476 (RSL2)
 - - - - - - - - - - - - 3.17 - - - - 4.46 - - - - - - - - - - - - -
Bra012285 (DL1D)
 -1.57 -1.16 0.21 -2.56 -0.07 -0.32 -3.05 -1.84 -1.88 -1.86 - 0.21 -3.36 -1.6 0.57 -0.19 -2.31 3.16 -1.52 -2.27 -1.11 1.34 3.11 - -5.21 -1.68 -4.96 -0.82 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - - - - - - - 3.56
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.8 - - - - - - - 4.1
Bra013708 (WRKY29)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.88 - - - - 4.03 - - - - - - - -
Bra013709 (GH9B15)
 - - - - - - - - - - - - -0.26 - - - - 3.72 2.8 - - - 3.33 - - - - - - - -
Bra013874 (G3Pp2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.8 - - - - - - - 4.1
Bra014439 (PUB36)
 - - - - - - - - - - - 2.7 - - - - - 4.06 - - - - 2.98 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - - - - - - - 2.8
Bra015115 (SPT42)
 2.35 - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - - - 2.84 - - 2.74 - - - - - - - 3.27
- - - - - 1.89 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.21 - - - - 2.09 - - 2.16
Bra015750 (CUC3)
 - - - - - - - - - - - - 2.02 - - - - 3.85 - - - - 2.99 - - 1.72 - - - - 0.31
-1.63 -1.69 -2.02 -0.93 -0.13 -0.08 -0.36 -0.28 -1.05 -0.51 -0.06 -0.6 1.02 0.16 0.38 0.16 0.42 2.34 -0.05 -0.33 -0.32 -0.41 1.68 -0.89 -1.07 0.6 -1.16 -1.52 -1.07 -0.94 -0.97
Bra016366 (PIN7)
 - - - - -1.06 - - - - - - - 1.38 - 0.07 - - 3.7 - - - - 3.48 - - - - 1.43 - - -
Bra016868 (LEA25)
 - - - 1.68 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - 3.56 - - - - - - 2.35 3.08
- - - - - - - - - - - - 2.26 - - - - 2.81 - - - - 3.01 - - - - - - - 3.48
- - - - - - - - - - - - 1.44 - - - - 3.99 - - - - 3.64 - - - - - - - -
Bra017382 (UPS4)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - - - - - - - 2.8
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - - - - - - 3.77
Bra019184 (QWRF7)
 - - - - - - - - - - - - - - - 2.49 - - - - - - 4.3 - - - - - - - 2.51
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - - 3.44 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.64 - - - - 3.19 - - - - 3.97 - - - - - - - -
Bra019680 (FUT8)
 -1.18 - - - -0.56 - -1.78 0.32 - - 1.25 - 2.68 - 0.51 - 0.52 3.39 -0.76 - - - 2.5 - - - - - - - -
Bra019711 (PXMT1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.81 - - - 2.79 - - - 4.09
Bra019751 (L5)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 - - - - - 4.01 - -
Bra020808 (HEME1)
 - - - 1.48 - - - - - - - - 1.34 - - - - - - - - - 3.76 0.96 - - - - 1.33 - 2.94
Bra020848 (PME18)
 - - - - - - 1.1 - - - - - 2.82 1.28 - - - 3.33 - -0.38 - - 2.58 - 0.85 - -1.47 - - - -1.26
Bra021005 (SGC)
 - - - - -0.7 -0.83 -1.03 - - 2.42 - - 0.41 - - - -0.57 2.47 - - - 0.74 3.12 - 2.25 - - - - - 0.37
Bra021760 (CHX21)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.21 - - - - - - - 4.44
- - - - - - - - - - - - 1.63 - - - - 4.4 - - - - 2.77 - - - - - - - -
Bra022227 (SON1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.9 - - - - - - - 4.01
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.8 - - - - - - - 4.09
Bra023042 (ATL70)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - 4.08
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.77 - - - - - - - - - - - - 4.12
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - 0.3 - 3.06 - - - - - - - -
Bra023639 (PER57)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - 3.99 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 - - - - 4.01 - - - - - - - -
Bra024698 (MED10B)
 -0.55 -0.53 - - - - - 0.03 - 1.25 - 0.58 - 0.92 - -0.5 -0.6 3.05 - - - - 3.35 - - - - -0.66 - - 1.26
Bra024845 (PAP8)
 -0.87 -0.76 -0.35 -0.96 0.48 -1.04 -2.32 -2.38 -2.88 -5.13 -2.93 -5.72 -3.89 -3.0 -2.69 -2.39 -1.57 2.53 -0.69 -8.03 -3.26 -2.39 2.74 0.02 0.1 0.23 0.42 0.85 0.37 1.21 0.78
Bra025163 (TPS27)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.5 - - - - - - - 3.05
Bra025193 (CYP71B23)
 - - - - -1.78 -1.35 -0.89 -2.34 -1.5 -0.39 -1.85 0.45 -1.17 -0.25 0.68 -3.06 -3.12 2.46 - - - -0.4 4.1 -3.42 - - - - - - -2.08
Bra025414 (UMAMIT32)
 0.71 - - - - - - - - - - - -0.99 - - - - 3.93 - - - - 3.76 - - - - - - - -
Bra025595 (RPG1)
 - - - - - - - - - - - - 2.75 - - - - - - - - - 3.17 - - 1.52 1.49 - - - 3.26
Bra027075 (HRG1)
 - - - - - -2.14 - - - -2.13 -0.54 -3.16 0.43 - 0.34 -2.91 -1.38 3.8 - -1.42 - -3.2 3.49 -0.65 -2.05 - - - -3.12 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - - - - - 2.25 2.13 2.24
Bra027322 (CYP72A9)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - - - - - - - 2.8
Bra028715 (CYP93D1)
 - - - -2.71 - - -3.02 - -1.66 - -1.69 0.17 - -2.44 -0.89 -0.5 -2.56 3.17 -0.41 - -2.88 -1.84 3.67 -2.86 0.43 -0.29 -2.79 -0.92 -0.53 -0.61 -2.6
Bra028855 (PAM18-3)
 - -1.64 -0.93 -1.31 -2.12 -1.51 -2.53 -3.04 -2.34 - -1.29 -2.18 -2.49 -0.66 0.72 -2.6 -0.62 2.57 -3.6 -1.35 -2.16 0.35 3.95 - -2.8 - -1.63 -1.31 -3.82 -2.87 -1.46
Bra029290 (OXA1)
 -0.86 - - 0.24 - - - 0.27 - - - - - - - - - - - - - - 3.66 1.28 0.39 - - - -0.94 -1.08 3.42
-2.28 -2.25 -2.7 -3.21 -3.04 -3.01 -0.26 -0.91 -2.32 -0.35 -2.15 -0.74 -1.57 -1.54 -0.29 -2.33 0.16 3.2 -3.67 -0.54 -2.96 0.11 3.65 -4.68 -3.61 -4.62 -3.61 - - -4.54 -4.48
- - - - - 1.53 - - 0.03 0.14 - - - - -0.59 - 0.99 4.0 - - - 1.38 2.05 -0.79 - - - - - - -
Bra030190 (BIA1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - - - - - 3.53
Bra030995 (CHS1)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - 4.02
- - - 1.16 1.9 - - - - - - - - - - - - 3.67 - - - - 3.62 - - - - - - - -
Bra031818 (DGL1)
 - - 1.61 - - - - - - - - - - - - - - 4.14 - - - - 3.0 1.22 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - - - - - - - 4.23
- - - - - - - - - - - - 3.95 - - - - 3.14 - - - - 2.75 - - - - - - - -
Bra033734 (AtDOA9)
 - - - - - - - - - - -0.57 - - - - - - 2.96 - - - - 4.44 - - - - -1.17 - -1.2 -
Bra034548 (PDC1)
 - - - -0.23 - 0.21 - 0.12 - 0.18 -0.99 - 1.28 - - - 0.73 2.59 - - - - 3.58 - 1.17 - - -2.22 -1.76 - 0.56
Bra034738 (MYB67)
 - -1.21 - - - - - - - 0.66 - 0.26 2.54 - - -0.48 -0.61 1.3 0.25 1.01 - -0.66 1.71 0.22 -1.36 1.23 -1.5 0.55 - 0.02 2.11
- - - - - - - - - - - - 3.32 - - - - 4.39 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.69 - - - - - - - 4.18
- - - - - -2.35 -3.92 -3.8 - -4.65 - -4.79 -2.9 -0.31 -0.6 -1.6 - 3.94 -2.9 - - - 3.68 - -3.11 -3.3 - - - - -2.46
0.49 1.06 -0.12 -1.78 1.08 1.07 -2.47 -3.1 -1.98 -0.34 -1.37 -2.35 -2.48 -0.1 0.52 -4.51 -0.64 3.04 -1.02 -1.16 -0.87 0.04 2.24 -2.83 -2.71 - - -1.39 -1.66 -1.22 -
- - - - 1.89 - - - - - - - - - - - - 2.73 2.73 - - - 3.81 - - - - - - - -
Bra036196 (ERD5)
 0.26 -1.17 0.84 -1.61 -2.0 - -2.24 -0.43 - - -0.82 -1.69 0.12 -0.58 -3.2 - - 3.03 - - -0.59 - 3.76 -2.21 - -3.28 - - -3.52 - -1.13
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.23 - - - - - - - - - - - - 3.61
- - - - - - - - - 2.87 - - - - - - - 3.92 - - - - 3.11 - - - - - - - -
Bra036671 (ROPGEF8)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.86 - - - - - - - 4.04
- - - - - - 1.34 - - - - - - - - - 0.8 - - - - - 3.47 - - - - 1.8 2.75 - 2.43
Bra037711 (NLP8)
 - - -3.22 -0.64 0.54 -0.31 - -1.97 - - - - -1.91 -0.5 - -1.26 -1.04 3.1 -1.07 - - -3.11 3.93 - - - -0.81 - -2.88 - -0.31
- - - - - - - - - - 1.84 - - 2.11 - - - - - - - - 2.77 - - - - - - 1.95 3.63
Bra038691 (MS2)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - 3.99 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.04 - - - - 4.51 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.85 - - 2.79 - - - - - - - 4.08
Bra039863 (G3Pp3)
 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.33 - - - - 3.48 - - - - - - - 3.28
- - - - - - - - - - 2.99 - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - 2.99 -
Bra040926 (WRKY28)
 -1.75 - -1.05 - -2.46 - -2.67 -4.29 - -2.64 -4.25 -1.8 0.42 - -2.9 -1.29 -3.09 3.46 - -2.1 -4.1 -2.29 3.42 -1.48 -1.43 -1.78 -2.16 -2.31 -2.96 -1.05 1.62
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - - - - - 3.44

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.