Heatmap: Cluster_24 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.32 2.31 - - - - - - - 2.38 - - 3.3 - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.61 4.6 - - - - - 1.25 - - - - - - - - - - - - - - - 0.9 - -
-1.59 1.12 1.03 -0.99 0.2 0.76 0.01 0.25 0.48 - -1.34 0.1 -0.74 -0.32 -0.5 0.92 0.45 -1.6 -0.01 -1.06 -1.09 -1.66 -0.95 0.15 0.33 -0.21 0.55 1.0 0.61 -1.48
2.4 - 2.49 - - 3.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.41 - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - 2.3 - - - -
3.73 - - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.11 - - 2.58 - 2.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-14.71 -14.34 - -15.56 -15.46 4.91 -15.25 -14.18 -14.93 -24.69 -22.31 -22.73 -24.09 -20.14 -14.93 - - -14.53 -23.58 -23.27 -11.91 -16.08 -13.89 -15.29 -13.56 -13.82 -21.68 -12.92 -15.22 -15.37
- - - 2.94 - 2.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.1 - 2.88
- - 1.88 - - - - - - - - - 2.03 2.86 0.86 1.07 - - - - - - 0.81 - - - 1.63 1.08 2.03 -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.39 - - - - 2.61 - 0.81 2.66 - - - - - 0.75 - 1.03 0.71 0.95 - - - - - - 0.79 - - - 0.68
- - 1.7 - - - - - - - - - 3.17 2.9 1.94 - - - - - 1.71 - - - - - - - - 1.66
0.37 0.43 -0.06 0.58 -0.48 0.74 -0.21 -0.59 0.0 0.64 -1.28 -1.47 1.0 0.77 0.87 0.45 0.16 -0.14 -1.27 -1.09 -1.43 -0.87 -0.62 -0.74 -0.34 -1.21 -0.11 0.57 0.14 -0.05
- - - 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.28
- - - - - 4.08 - - - - - - - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.97 - 3.84 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.82 3.01 - - - - - - 2.33 - 2.42 - 2.14 - - - - 1.87 - - -24.99 - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-9.86 - - - - 3.87 -9.75 - - - - - - - - - - - - - - - - -8.16 - -8.49 - - - 3.95
- 1.9 1.59 - - 2.88 - - - - 0.6 - - - - - - - - 0.57 - - 0.78 - 1.79 - - - 2.95 -
- - - - -0.82 0.62 0.57 - -0.93 - 1.24 0.08 - 1.8 -0.97 -0.82 -0.71 2.9 - - 0.73 -1.08 - 0.08 0.06 1.42 -1.18 0.35 0.3 -
0.43 -4.24 - - 0.49 2.53 - -3.1 - 1.67 0.86 1.7 1.84 2.2 - - - -0.27 - -0.64 -4.89 - -1.44 - -1.5 -3.09 0.79 -0.34 - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.85 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.65 - -
- - - 3.96 - - - - - - - - - - - 3.15 - - 2.48 - - - - -7.22 -24.25 - -12.24 - - -
- 1.9 - 1.86 - - - - - 1.68 - - 3.37 - - - - - - - - 2.49 - - - - 1.81 - - -
- - - - 1.38 - - - - - - - 3.82 3.14 - - - - - 2.15 - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr1.02890 (HSC70-7)
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.53 - - - -0.9 0.84 -0.43 - 0.37 0.2 0.55 - 2.13 1.07 -0.71 -0.54 - -0.81 - 0.23 0.77 - - -0.79 0.19 - 1.8 -0.34 - 2.13
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.1 -0.47 1.25 0.02 -0.81 0.96 -0.54 -1.83 1.11 1.18 -0.95 1.98 -0.41 -0.52 -0.12 0.02 -2.16 -2.4 -1.1 -2.31 -2.76 - -2.44 -0.14 0.31 -0.48 -0.56 -1.16 0.51 1.49
2.07 -1.16 - -2.45 1.48 1.48 0.41 -21.71 -0.81 - -1.82 0.28 0.1 -1.01 -3.04 -1.83 -0.06 -0.3 0.48 -0.66 - 0.54 1.41 -1.74 0.34 -0.47 -0.37 -1.41 0.68 0.38
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.44 4.26 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.75 - - - - - - - - - - 2.51 - - 3.44 - - - - - - - - - - - -
- 0.73 -0.21 1.59 -0.64 0.67 -2.01 0.23 -1.92 -2.21 -0.98 0.34 -2.15 0.4 -0.71 0.07 0.5 -0.04 1.57 0.48 -0.96 -2.23 -2.25 -0.17 -0.35 -1.28 -0.17 -1.94 -0.49 1.89
1.88 2.0 - 3.95 - - - - - - - 2.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.48 - - - - 1.46 - - - - - - 1.3 - - - - 2.8 - - - - - 2.74 -
- - - - - 2.83 2.96 - - - - - - - - - - - - - - 2.71 - - - - - - 3.11 -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.78 0.27 -1.4 -0.96 -1.06 1.82 - 0.45 - 0.91 -0.56 -0.27 0.33 - - 0.03 0.2 2.29 -1.52 1.86 -1.12 0.37 - -0.44 - -1.41 0.1 -2.18 -0.05 -
- - - 3.97 - - 3.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 -
- - - - - 4.28 - - - - - - 3.4 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.32
- - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - - - - - -
- - - 0.71 - 2.17 0.78 - - - -0.15 -0.29 1.88 -0.27 - - - 0.49 - 0.34 1.61 1.09 - - -0.45 - 1.57 - - 2.13
- - - 4.09 - - - - - - 1.92 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.19 - -
Spov3_chr2.05638 (PICALM2a)
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 -
Spov3_chr3.00655 (UGT84B2)
- 1.44 - 3.04 - - 3.73 - 1.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.46 -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95
- - - 4.49 - - - - - - - - - - - - - - 2.92 - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.73 - 3.68 - - - - - - - - - - 1.49 2.9 - - - - - - - - - - - 1.84 - -
- - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - 3.54 - - - - - - - - - - 2.1 -
- 1.16 0.81 - - 3.54 - - - - - - 3.14 - 2.47 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.29 - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - - - - - - -
- 2.18 - - - - - - - - - - 3.72 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.66 -0.17 1.09 2.16 - 1.2 - 0.18 - 0.67 - - - 0.17 0.14 - - -1.3 - 1.1 - - 0.16 - 2.26 1.72 -0.04 -0.03
- 3.23 2.18 - 2.49 1.98 - - - - - - - - - - - - - 0.89 - - - 1.3 - - - 1.16 - -
Spov3_chr3.04268 (CYP71B3)
0.29 -0.26 -1.31 -1.78 -1.26 0.16 0.32 -0.11 -1.67 -0.69 -1.04 -0.62 1.57 1.42 1.07 -0.17 -0.39 0.73 -0.45 0.39 -0.42 -0.4 -0.15 0.1 -0.52 -0.59 -1.76 -0.32 0.27 0.3
- 3.01 - 3.96 - - - - - - - - - - - - - 2.67 - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.6 - 3.54 - 1.66 - - - - - 2.12 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.26 -
4.04 - - - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr4.00493 (TOC64-III)
- 2.32 1.7 0.72 - 2.44 - - 0.83 - 1.56 - - - 0.43 - - - - - - 1.5 - - - - 0.23 0.86 - 1.47
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.82 2.84 - - - 1.89 - - - - - - 1.58 - - - - - - 1.47 1.57 - - - - - - 2.78
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.55 -0.72 -1.98 -3.59 -1.72 0.31 -1.55 -2.05 -2.09 -2.03 -1.59 -1.2 -0.23 3.04 0.56 -1.59 -0.86 2.47 - -0.4 -0.93 -1.93 0.39 -0.47 -1.06 -0.68 -1.75 -0.91 0.08 0.52
- - 2.02 - - - - - - - - - 2.7 1.88 2.87 - - - - - - - - - - - - 3.08 - -
- -2.31 - 2.92 - - 0.62 0.78 1.15 - 2.92 - 2.33 - -0.75 - - - - - - - - - - 1.2 0.29 - - -
- - - 4.91 - - - - - -24.66 - - - - - - - - - - -17.76 - - - - - - - - -
Spov3_chr5.00247 (CYP81F2)
- - - - - 4.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.27 - - - -
- - - - - 3.14 - - - - - - - 3.48 - - - 3.33 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.9 - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.05 2.88
-0.41 - - - - - - -0.85 1.91 - - 1.01 1.94 -1.78 - - -0.34 - 2.47 - - -21.21 - - - 2.41 1.37 - - 2.19
-3.89 -4.76 -5.41 - -6.95 1.9 -0.48 -4.46 -4.79 -3.67 -1.26 -1.01 2.56 2.91 0.31 0.36 -0.76 -0.29 -0.6 -0.09 0.19 0.52 -0.74 -1.88 -1.59 -1.26 -1.38 -3.33 -4.82 -0.54
- - - - - 3.76 - - - - - - 4.04 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.39 1.88 2.08 - - - - - - - - - - - - - - - 2.14 2.05 - 1.62 - - -
- - - 4.24 - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - - 3.75 - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.34 0.48 0.76 -0.08 0.3 1.2 -1.84 -0.62 1.28 - -0.57 -1.75 -0.01 -0.14 0.54 - -0.58 - -2.81 -1.8 0.42 0.6 -1.82 0.28 - 1.07 0.12 -1.37 0.81 1.68
- - - - - 3.89 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.41
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.41 - 3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41
2.23 0.79 - 2.34 - 1.35 - - 2.01 - 2.27 -2.81 - - - - - - - - 1.9 - - - 0.69 0.7 - - - -
-0.54 -0.73 -0.42 -0.66 -0.2 0.73 0.21 0.11 -0.36 -0.24 -0.06 0.24 0.94 0.8 0.0 0.33 -0.44 -0.99 0.1 0.46 -0.03 0.29 -0.74 -0.22 -0.05 0.01 0.1 -0.32 -0.38 -0.13
- - - - -0.84 2.25 0.62 0.23 1.28 - 0.28 1.44 0.87 - 0.11 1.36 0.39 - - 0.08 -0.2 -0.01 - -0.87 - -0.88 -0.12 1.11 -0.73 0.21
- - - 3.21 - - - - - - - - 3.12 2.95 - - - - - - - - - - - - - - 2.12 -
2.47 2.67 - - - 3.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.3 1.23
- - - - 2.36 - - 1.81 - - - 1.53 - 3.34 - - - 3.05 - - - - - - - - - - - -
- 0.45 1.54 - - 2.21 - 0.62 - 0.28 - - - -0.0 - 1.19 - - 0.87 - - 0.01 0.19 - - 1.72 2.96 - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.04 - 2.8 - - - - - - 3.04 - - - - - - - - 2.73 - - - - - - - -
- - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_S07.00087 (UMAMIT9)
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.