1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_11 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 260 uE m-2 s-1
Light: 195 uE m-2 s-1
Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 65 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L18D6
Photoperiod: L13D11 (Control)
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C (Control)
Temperature: 25°C
Temperature: 30°C
2.52 - - - - - - - - 2.6 - - 2.76 - - - - - - - - 2.39 - - - - 2.63 - - -
- 3.42 - - - - - - - - - 2.08 - - - 3.37 - - - - - - - - - 2.23 - - - -
0.67 - 0.73 - - 1.46 - - - - - - - 0.69 - 0.72 0.83 2.13 - - - - 1.61 - 0.64 0.73 2.76 - - 0.6
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
-0.02 1.51 0.14 0.3 0.17 0.14 -3.11 1.0 -0.65 - -0.15 -0.57 -0.92 0.24 0.51 0.17 -1.63 0.33 -0.58 -1.89 -0.53 -0.02 -0.67 0.44 -0.73 0.48 -2.21 0.96 0.49 0.36
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - - - - 3.3 - - - - - - -
- 2.99 - 0.96 - - - - - 0.33 - - - 1.99 - - - 1.67 - - - 1.05 1.16 - - - 2.66 - 0.16 -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
0.18 1.21 1.36 0.81 1.11 - 0.55 -0.06 -0.55 -1.49 0.5 -1.6 -0.51 -0.66 -0.65 - -0.55 -1.82 -1.87 -0.11 0.95 -1.84 0.96 -0.72 - -0.72 1.54 -0.07 -0.67 -0.19
- - - - - - - - - - - - - 3.26 - - - - - - - - - - - - 3.34 3.36 - -
- - - 1.08 - 0.9 - 2.11 - 1.15 - - - 2.02 - 3.78 - - - 0.74 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.53 - 3.62 - - - - - - - - - - - - 3.58 - - -
- - - - - - - - 3.05 - - - - - 3.52 - - - - - - 3.37 - - - - - - - -
- - - - - - 2.61 2.31 - - - - - - - - 2.46 - - 1.27 - - - - 1.37 - 3.08 - - -
-0.87 2.48 0.26 0.04 0.12 -0.4 -0.32 -0.14 - - - -0.92 0.55 -1.66 -0.05 1.9 -0.2 - - -0.6 - -0.8 0.06 -0.01 0.23 0.26 0.4 0.44 0.92 -
0.98 - 1.17 - 0.56 - - - - 1.06 - - - 1.95 - 0.91 - 2.58 - - - - 1.01 - - - 2.21 - - 1.94
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 0.21 1.3 - 1.27 - 3.62 - - - - - - 3.54 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.13 - - - - - - - - - - - - - - 4.41 - - -
-2.39 1.49 1.61 -0.55 0.26 -0.47 0.79 0.46 -0.05 - - -0.66 -2.18 - 0.65 -0.52 -1.19 0.36 -2.53 -0.05 1.32 -0.16 -2.34 - -2.31 0.98 0.84 1.04 -0.43 -0.08
0.76 0.56 0.26 -0.15 -0.25 -0.87 0.03 -0.25 0.1 0.44 0.41 0.6 -0.97 0.37 0.0 -0.04 1.04 -1.21 -1.31 -0.03 0.61 -0.8 -1.12 0.3 -0.83 -0.78 0.15 0.39 -0.65 -0.79
0.76 0.12 0.78 0.23 0.92 -0.64 0.74 -0.61 -1.03 0.77 -0.36 -0.77 -0.19 0.49 0.51 -0.04 -0.9 -0.34 -2.45 0.48 0.74 -1.46 -0.99 -0.51 -0.74 0.57 0.2 -0.82 -1.15 -0.24
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.4 1.35 - - - - - - - - 2.56 1.52 - 3.33 - - - 1.36 - - - - - - - 1.79 - -
- 0.05 - - - -0.48 1.7 -13.95 - 1.13 0.3 - -0.07 1.16 -22.36 - 0.68 - - - 0.7 - 0.98 - 2.56 0.86 2.33 - -2.26 -1.95
0.37 1.55 0.02 -0.37 -2.51 - -0.68 0.24 -0.51 -1.42 0.94 - -0.04 1.14 0.48 - -1.46 1.72 - 0.48 - -0.5 - -2.28 -1.44 -0.49 1.75 1.68 -0.28 -
- - - - - - 2.5 - - - - 2.56 - - 2.42 3.71 - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.4 - - - - - -9.99 - - - - - - 3.56 0.68 - - - - 3.21 - - - - - 1.07 - -
- - - - - - - 2.36 - - - 2.38 2.5 - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - -
- - - - 0.87 -0.19 -0.09 -0.08 - 1.27 - - - - 0.09 2.52 - - 1.64 - -0.41 - 1.05 0.25 2.06 - - -0.48 2.07 -
- - - - -0.13 - - - - - - - - - - 4.72 - - - - - - - - - - - 1.48 - -
- - - - - - 3.38 - - - - - - - - 3.83 - - - - - 2.42 - - - - - - - -
2.76 - - - - - 1.04 - - - - - - - - 2.45 - - - - 2.12 - 3.25 - - - - - - 0.87
- 2.6 - - - - - - 2.83 - - - - - - 2.55 - - - - - - - - - - 3.46 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.06 - - - - - - - - - - - - - 3.73
- 1.49 - - - - 0.56 0.48 - 0.32 1.45 1.25 - - - 2.13 0.48 - - 0.23 - - 2.2 1.54 0.18 1.26 - - - -
Spov3_chr1.00899 (CYP705A8)
 - - - - - - - - - - - - - 3.5 - 3.81 - - - - 2.21 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - - - - 4.0 - - -
- -0.36 - -0.44 - 0.4 1.19 -0.57 -0.18 -0.36 0.6 - - 2.55 0.47 -0.4 - 0.39 -0.71 - - 1.33 0.49 0.6 - 0.98 - - 0.68 1.06
4.09 - - - - - - - 3.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.71 - 4.55 - - -
- - - 1.36 -0.37 -0.52 0.66 -0.42 -0.28 2.35 - - - - 0.6 0.96 - 1.12 - 0.44 0.34 - - 0.57 2.32 -0.25 - - - 1.11
- 2.49 - - - - - - - - - - - - - 3.83 2.37 - - - - - - - - 2.33 - - - -
- - - - - - - - - 3.84 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.97 - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.82 - - - - - - - - - - - 4.52 - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - - - - - - - - - - 4.4 - - -
- - - - - - - 2.79 - - - - - - - - - - - 3.0 - - - 1.31 - - 3.22 - 1.69 -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.06 1.34 - - 2.95 - - - - 1.14 - - 2.35 - - - - - 3.05
- - - - - - - - - - - - - - 3.13 4.41 - - - - - - - - - - - - - -
- 3.03 - - - - 3.01 - - - - - - - - - - 2.65 - - - - - - - - 2.91 - - -
0.41 0.55 -0.13 -0.53 -0.32 -0.12 0.2 0.04 -0.04 0.26 0.24 0.16 -0.02 0.04 0.11 0.11 0.25 -0.12 -0.35 -0.24 0.1 -0.26 0.02 -0.06 -0.15 -0.21 0.08 0.04 -0.16 -0.53
- 0.02 -0.04 -0.11 -0.19 - -0.2 - 0.06 -0.09 - - - 0.81 -0.31 3.42 0.88 - - -0.48 - - 2.17 -0.36 - - 0.46 - -0.16 -
- 1.79 - 0.66 2.13 - - - - - - 2.51 - - - - - - - - - - - - 0.4 0.48 3.37 0.86 - -
- - - - - - - - 2.74 2.27 - - - 1.04 - - -1.1 0.63 -2.79 - - 0.09 - - 2.96 - 1.77 - -0.68 0.46
0.72 -1.09 0.55 1.5 - - 0.0 1.28 0.69 - - 1.72 - - 2.55 - 1.11 - - -0.28 - 2.23 - - 0.81 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
0.68 1.11 1.05 - - - - -0.47 1.19 0.31 0.34 - - 1.05 - -0.56 0.85 1.16 - -0.79 -1.06 -0.9 0.24 -0.74 1.95 -0.91 -0.56 0.46 0.45 -0.57
1.78 - - - - - - - - 1.58 - - - - - 2.82 - - - - - 2.38 1.55 1.47 - - 1.47 - - 1.53
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.19 - - - - - - - - - - - 2.33 3.27 - 2.22 - - - - - - - - 1.47 2.48 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.78 - - - 4.02 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
0.46 0.36 0.25 1.04 0.79 0.53 -1.11 -0.11 -0.26 -0.58 -0.11 0.39 -2.26 0.18 -0.53 -1.07 -1.34 0.52 0.28 -2.54 -0.93 0.32 -0.64 -2.08 -0.41 0.66 -1.17 1.31 0.05 0.2
-0.11 -1.08 -1.17 -0.61 -1.28 -1.42 -1.27 0.44 0.43 -2.25 - -0.05 1.22 -0.39 0.77 - 1.5 0.32 0.31 -0.18 -0.69 0.31 -0.09 0.58 - -0.1 1.9 -0.02 -1.08 -0.0
-0.26 0.65 0.57 1.16 - - - - 0.62 - 1.69 - -0.29 -0.36 -0.47 - - 1.45 - - - -0.41 - 1.1 2.0 0.52 - 1.17 0.99 0.54
- - - - - - - - - - 1.43 - 2.39 - - 2.35 - 2.07 - - - - - 1.45 - - 2.94 - 1.22 -
1.85 -0.19 -0.41 - - -0.5 0.88 0.3 0.24 0.51 - -1.78 0.68 1.17 1.8 1.06 -1.68 -0.41 -1.41 - - - -0.61 - 1.69 0.52 0.7 -1.79 - -17.54
0.65 -0.56 -0.56 1.97 1.28 - 0.9 -0.5 - 0.87 1.36 0.3 - - - - - 1.15 - - - -0.93 - - 1.34 -0.94 -0.83 2.04 -0.46 0.4
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
3.44 - - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - -
Spov3_chr2.05087 (emb1967)
 3.63 - - - - - - - 2.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.27 - - -
-5.33 1.85 - 0.94 - - - 1.17 - - 0.15 - 1.78 - - - - - 0.99 - -0.39 - 1.45 - 2.04 - 2.59 - - 1.03
- - 3.76 - - - - - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - - - - - - - -
0.72 0.5 -1.5 -0.42 -0.63 -0.47 0.01 0.03 0.84 0.47 0.59 0.21 -0.37 1.08 0.42 0.6 -1.11 0.28 -1.17 -0.35 -0.59 0.49 0.48 -2.67 -2.15 -0.16 -1.17 0.12 -0.03 -0.5
- - 0.71 - -3.04 -0.16 - -1.03 0.75 - 1.05 0.34 - 2.38 - -0.73 0.83 1.44 - -0.31 0.28 -0.49 -0.41 -2.04 - -3.17 2.11 -0.56 0.44 0.43
- - - - - - - - - 2.21 - - 1.96 - - 3.45 - - - - - - 3.4 - - - - - - -
1.45 -0.15 - 0.55 - 0.79 - -0.07 -3.79 0.0 -0.48 - 0.54 0.95 -0.82 - 0.89 1.78 - 0.91 1.28 -1.13 - - - - 2.15 0.09 -0.13 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
Spov3_chr3.01216 (p24delta5)
 0.62 -0.23 -0.03 0.85 -0.04 0.19 -0.21 -0.19 0.14 0.06 0.57 -1.55 -0.51 0.99 -0.47 -0.12 -1.11 0.7 -1.04 -0.88 0.11 0.12 0.73 0.06 -2.06 0.22 -0.89 -0.81 0.12 0.13
- - - 1.17 0.8 1.86 - - - - - - - 2.03 - 4.05 - - - 0.8 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.37 - - 3.22 - - - - - - - - - - -
- -0.04 0.84 0.62 - 1.35 -0.18 1.09 1.29 1.6 1.21 1.62 - 0.04 - 0.05 - - - - - - - - 2.1 - 0.9 - 0.06 -
- - - - - 2.16 - - - 1.36 - - 3.35 1.29 - 2.47 - - - - - - 1.13 - - - 1.37 - - -
- - 2.25 - - - - - - - 1.6 - 3.42 1.34 - 3.16 - - - - - - - - - - - - - -
Spov3_chr3.01834 (PICALM5B)
 - - 1.52 - - 2.29 - - - - - - - - - - - 2.33 1.25 - - - - - 3.15 - - 1.53 1.64 -
- - 3.13 - 2.82 - - - - - 3.02 - - - - - - - - - 2.61 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.33 - - - - - - 3.19 - - - - 3.43 - - -
- - 2.87 - - - - - 2.85 - - - - - - - - - - - - - 2.88 - 3.02 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - - - 2.74 - - - - - - 2.83 - - 4.02 - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.08 - - 0.58 -0.03 0.86 0.98 1.44 1.33 - -0.02 - - -0.02 - - - - - 1.93 - 2.45 -0.37 1.54 0.63 - -0.06
3.44 - - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - -
1.3 0.29 0.77 -0.21 -1.74 0.57 0.14 0.05 0.26 -0.13 -0.58 0.41 -0.05 -0.8 -1.88 -1.53 -1.66 1.0 -1.72 -0.94 - -2.11 1.4 -1.69 0.18 -0.31 -0.32 0.93 0.39 0.34
-0.56 0.21 0.74 0.31 -1.24 0.29 0.11 0.06 1.23 0.63 0.02 -0.2 -1.51 -1.3 0.2 -3.29 -1.23 -1.52 -0.46 0.95 0.06 0.36 -3.47 -0.47 0.5 0.08 0.53 -0.02 0.5 -0.28
2.95 - - - - - - - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - - - 2.92 2.97 - - -
0.25 0.4 - 0.98 - 0.08 -0.0 0.36 - - - 0.08 - 1.19 - 1.77 1.09 - - - - - 2.04 - - - 2.52 0.29 - 1.16
1.22 - - - - - - - - 2.1 - - - - - 2.84 - - - - - - - 2.49 2.56 1.1 - 1.36 - -
2.67 1.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.77 1.75 3.31 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
Spov3_chr4.01754 (EMB2219)
 - - - - - - - - - - 2.51 - - - - - - - - - - - - - - - 4.15 2.7 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - - - - - - - - -6.7 - - - - 3.94 - -4.96 - - - - - - - - 2.84 - 2.89 -
2.2 1.21 - 0.88 - 1.87 - 0.99 - - - - 1.26 - - 1.18 - - - - - - 2.02 - - - 2.18 - 1.23 -
- - - - - - 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 2.81 3.33 - - - - - - - - - 3.3 - - 1.61
-0.59 1.01 0.62 0.08 0.95 -0.54 0.64 -0.87 -0.37 -0.48 0.7 -0.88 -0.77 0.06 -0.01 -0.71 -0.54 0.08 -1.44 -1.56 0.3 0.77 -0.49 -0.3 -0.55 0.54 -0.03 -0.5 0.64 -0.29
- - - 1.39 - - - - - - 2.28 - - - - 4.23 - - - - - - - - - - - - 1.93 -
- - - - - - - - - - - - 2.9 - - 3.09 - - - - - - 2.75 - 1.92 - - - - 1.8
3.44 - - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - -
- - - 0.7 - - - - 1.77 - - - -2.21 - - - - - - - 1.37 - 1.54 - - - 4.25 -2.4 - -
0.38 - - 0.12 - - 0.16 - 0.24 1.97 2.11 0.23 1.52 - - 0.43 - - 0.48 - - - 1.98 - 0.17 - 1.93 - 0.47 -
- - - 1.76 - - - - - - 1.74 - - - - - - - - - - 3.19 - - - - 3.82 - - -
- - 2.23 - - - - - - - - - - - 2.91 - - - - - - 3.35 2.92 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
0.7 0.74 - -0.35 - - - 1.1 -0.55 -0.42 -0.45 - 0.63 0.64 -0.6 2.03 0.52 -0.63 0.86 -0.61 -0.46 - - - - -0.71 2.65 -0.17 - -0.45
- - - - - - - - - - - - - 2.2 - 4.12 2.99 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.45 - 1.61 - - - - - - - - 1.15 - 1.2 2.43 1.25 - - 1.07 2.82
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
0.28 - 1.07 - - - 1.55 1.25 - -0.06 - - 0.35 - - 2.8 -0.01 1.06 - 2.16 - - - - -0.07 -0.24 - 0.38 - 0.62
- - - - - - - - - - - - - - - 4.05 - - - - - 3.75 - - - - - - - -
1.53 - - -0.22 1.71 1.18 0.58 - 1.89 - - - - 1.7 1.3 0.08 - - - 0.64 - - -0.1 - - 1.98 0.56 -0.23 - -
Spov3_chr5.03185 (GA2ox10)
 - 1.52 - - 0.4 0.26 - - - 0.48 - 1.31 0.6 1.93 - 3.48 - - - - - - 0.27 - - - - 1.6 - -
- 1.15 1.09 1.07 - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - 0.95 - 3.76 - 2.15 0.82
- - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - - - 4.28 - - -
- - - - - - - - - - 0.88 2.22 2.75 1.87 - 2.52 - - - 0.62 0.34 - 1.68 - - - 0.41 - - -
2.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - - - 3.46 - - -
-0.29 0.38 -0.91 -0.86 -1.26 -1.02 -1.4 0.03 -1.49 -0.61 1.25 0.04 0.18 -1.66 0.38 -1.12 0.12 0.3 0.05 -0.81 0.6 0.27 -1.14 -1.03 1.44 -1.25 0.14 0.2 0.4 1.36
- 3.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.83 3.88 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.28 3.41 - -
1.51 1.28 -0.19 -0.26 0.62 - -0.36 - 2.33 1.2 - -0.46 - - - - - 0.88 - 0.51 - - 1.48 - -0.54 0.77 1.32 0.75 - -
1.09 -0.39 1.0 0.57 0.87 0.05 -0.23 -1.15 -0.01 0.14 -1.09 -0.86 -0.62 0.79 -0.07 -1.63 -1.22 0.59 -1.43 -0.13 0.45 0.03 0.51 -0.0 -2.37 0.37 -0.89 - 0.69 0.03
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
0.68 0.73 - - - - - - - 2.21 1.76 - 0.5 - - - 0.61 2.28 1.21 - 1.46 - - - - 0.52 2.15 - - -
0.64 -0.87 - 0.06 - -0.89 0.39 1.04 0.59 -2.3 0.77 0.88 1.19 - 0.79 0.71 1.87 - -1.48 - - 0.36 0.37 0.58 - - 1.24 0.22 - -1.17
- - - - 3.81 - - - - - - - - - - 4.0 - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.04 - - 2.71 - - - - 2.92 - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - - - -
-0.31 -1.48 - - - - -0.42 - -1.39 1.77 - 0.62 2.0 - -0.53 3.96 - -1.62 - 0.11 - - - - - - -4.22 0.13 - -
2.05 1.67 - - 0.63 -0.89 - 0.29 - -0.72 - 0.89 1.07 - -0.8 2.64 -0.74 - - - 0.27 - - - 0.84 0.35 - 0.42 0.84 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.91 - - -
- - - 3.02 - - 2.25 - - - - - - - - 3.59 - - - - - - - - - - - 2.34 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.