Heatmap: Cluster_38 (Spinacia oleracea (Sol) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 260 uE m-2 s-1	Light: 195 uE m-2 s-1	Light: 130 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 65 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L18D6	Photoperiod: L13D11 (Control)	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C (Control)	Temperature: 25°C	Temperature: 30°C
Spov3_C0001.00197 (TRB1)	-	1.47	-	-	-	1.78	0.14	2.07	0.33	-	1.51	-	-	1.91	-	1.54	-	-	-	-	-	-	0.25	-	2.35	-	-	-	0.52	-
Spov3_C0002.00055 (PYD2)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.19	1.26	-	-	-	-	2.94
Spov3_C0003.00137 (MEE9)	-	-	-	-	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	1.94	-	-	-	-	-	-0.58	-	-	-	3.35	-	1.66	1.57	-	-	-
Spov3_C0006.00032 (MDR4)	1.38	-	1.71	-	-	-	-	-	-0.24	-	1.86	-	1.8	2.25	0.67	-	1.25	-	-	-	1.3	-	-0.41	-	2.09	-	-	-	-	-
Spov3_C0008.00065 (CKX7)	0.54	-	-	-0.98	-0.81	0.7	1.02	-	-0.49	0.22	1.03	0.24	-0.57	1.15	1.75	-	-0.66	-	0.78	-	-	-0.96	1.18	0.7	-0.72	0.88	-	0.42	0.94	-
Spov3_C0010.00042	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.04	-	-	-	-	-	-	-	2.82	-	3.87	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0012.00032 (MCM3)	0.25	-	1.35	-	-	-	1.68	0.38	-	-	-	1.09	0.21	-	1.67	0.3	-	-	-	-	1.66	-	-	-	0.23	-	-0.14	2.44	-	1.76
Spov3_C0015.00022	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0019.00048 (COD1)	-	2.75	1.76	-	-	-	-	-	2.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.32	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.62	-
Spov3_C0023.00020 (CCR1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.37	-	-	-	-	-	2.3	-	-	-	-	-	4.31	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0029.00018 (MISF26)	-	-	-	-	-	-	1.94	-	-	-	-	-	2.05	1.92	-	-	-	2.84	-	-	-	-	-	3.47	-	-	-	-	-	-
Spov3_C0058.00018 (BIG2)	-	-	1.34	1.84	0.08	-0.0	-	0.08	1.21	0.15	0.09	-	-	-0.0	1.02	-	-	-	-	-0.2	-	-	-	1.96	1.7	-0.14	-0.03	-	-	1.75
Spov3_C0170.00001	0.36	-	1.97	0.1	0.4	1.21	0.96	-	0.45	0.76	0.6	-	0.66	0.55	-	-	-	0.23	-	-	0.14	-	-	2.24	-	-	1.22	-	0.27	-
Spov3_C0171.00004 (CBL1)	-	1.71	-	0.11	-	-	-	-	-	2.31	2.02	1.68	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.63	-	-	-	2.86	-	-
Spov3_C0326.00001	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_C1330.00002	-	-	-	-	-	-	-	3.4	3.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.3
Spov3_C1351.00002	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.85	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.00035 (FAD2)	-	3.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.23	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.00474 (ATM2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.45	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.25	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.01149 (MVP17)	-	2.27	-	-	-	-	-	-	3.09	2.15	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.61	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.01155	-	1.08	0.44	0.42	1.24	-0.15	0.45	0.14	-1.4	-1.34	-	1.07	0.26	0.62	0.01	-	0.85	-0.08	-1.72	-	-	-	-	0.44	-0.5	1.28	1.01	-1.55	0.08	0.91
Spov3_chr1.01452 (FRS2)	-	-	-	-	-	-	-	3.32	2.87	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.39	1.08	-	-	1.97	-	-	2.03
Spov3_chr1.01552	-0.79	1.71	-0.68	-	1.87	-	-	-0.82	1.34	-0.39	2.12	-	2.05	-0.64	-	0.97	-	1.17	-	0.12	-	-	-	-	-0.59	-	-	0.39	0.11	-0.96
Spov3_chr1.01642 (GLR3.6)	-	-	-	-	-	-	2.35	-	-	-	-	-	-	-	2.24	-	1.46	-	-	-	-	-	1.51	3.19	-	-	2.44	-	-	-
Spov3_chr1.02048	0.93	-	-	-	1.3	0.65	0.58	-	1.76	-	-	1.3	-	-	-	-	-	0.59	-0.51	0.62	-	-	-	1.96	2.27	-	-	1.07	-	1.11
Spov3_chr1.02182 (CRK33)	-	-	-	3.21	-	-	-	-	-	-	-	-	2.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.72	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02337 (AHP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02481	-	3.94	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.87	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.02930 (CRH1)	0.29	-	-	0.09	0.0	-	-	-	1.35	-	-	-	1.22	0.23	1.54	0.13	1.82	-	-	-0.01	-	-	0.22	1.92	-	-	1.16	-	-	2.3
Spov3_chr1.03402 (RID3)	-	2.84	0.96	1.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.16	-	-	2.02	-	1.58	-	-	2.5	1.89	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.03500 (SDC1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr1.03892 (OFP8)	0.79	0.74	-	0.38	-	0.41	-	-	1.23	-	1.5	-	-	-	0.43	-	0.42	-	1.93	0.37	-	-	0.44	-	-	1.55	0.9	-	2.28	-
Spov3_chr1.04574	0.08	0.1	1.88	1.3	-	-0.27	-	-	1.79	1.58	-0.05	-	-	-0.04	-0.12	-	1.03	-	-0.11	-	-0.06	-	-	2.79	-	-	-0.4	-	-	-
Spov3_chr2.00392	1.55	-	-	-	-	-	-	2.59	-	-	-	2.35	-	-	-	-	1.38	1.24	-	-	2.09	-	-	1.29	-	-	2.1	-	-	-
Spov3_chr2.00410 (G3Pp4)	-	-	-	1.65	-	-	-	-	-	-	-	-	2.66	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.43	3.42	-	-	-	2.84	-	-
Spov3_chr2.01272 (PERK4)	0.18	0.57	0.63	-0.28	0.7	0.44	-0.34	-1.03	-2.07	-1.76	0.66	-0.82	-2.19	0.96	0.9	-2.01	-	-0.43	-	-0.12	-0.19	0.07	1.19	-0.76	0.31	-	0.69	-0.05	-0.62	1.52
Spov3_chr2.01467	-	-	-	-	-	-	1.65	1.84	3.33	-	-	-	-	-	-	1.9	-	-	-	-	-	1.62	-	-	-	1.72	-	-	-	1.64
Spov3_chr2.01928 (LBD20)	1.34	0.77	-0.29	-	-	0.45	-	-	-	-	1.74	-	-	1.84	-0.45	-	-	-0.56	-0.25	-	0.23	1.09	1.79	-	2.2	-	-	0.7	-	0.57
Spov3_chr2.02122	0.42	0.04	-0.21	-0.13	-1.25	0.27	0.47	1.01	-0.39	-0.43	-0.44	-0.47	-0.08	0.77	-0.09	0.62	-0.03	-0.17	-0.48	-0.26	-0.54	0.42	-0.18	-0.4	0.39	0.3	0.1	-0.32	-0.74	-0.64
Spov3_chr2.02196 (CRK15)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.02688 (QED1)	-	-	-	-	2.67	-	-	-	-	-	-	-	2.22	-	-	-	-	-	-	-	1.08	-	1.99	2.9	-	-	0.77	-	1.9	-
Spov3_chr2.03056 (CTL16)	2.06	-0.79	1.57	-0.77	-0.89	0.57	-0.9	-0.79	-0.9	-0.86	0.17	-	-	-0.0	0.99	-0.7	-	-	-0.95	0.51	1.09	0.04	-	-	1.4	-	-0.01	1.25	-0.87	0.13
Spov3_chr2.03232 (GES)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03416 (SAP18)	-	-	-	-	2.2	-	-	-	2.37	2.33	-	-	2.49	-	-	-	2.32	-	-	-	-	-	-	2.19	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.03424	0.06	1.13	-0.19	-	-	-	-	-	-0.22	-0.14	-	-	-	-0.09	-	1.0	0.01	-0.28	0.62	-	0.64	1.67	-0.26	1.74	-	-	-	2.04	0.13	1.89
Spov3_chr2.04283 (GST6)	-	-	-	-	2.37	-	-	-	2.57	-	2.75	-	2.66	-	-	2.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.04530 (MDR4)	1.45	-0.13	-1.39	1.92	-	-	0.44	-1.32	-1.25	-	-	-0.29	-	-	-0.25	-0.01	-0.09	-1.36	1.02	-1.3	-	-0.33	-0.06	1.98	-1.15	1.08	-	1.24	0.81	0.32
Spov3_chr2.05540	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr2.05709 (ATL51)	-	-10.2	-	0.05	0.42	1.04	-	1.09	1.76	0.52	-	-0.14	-0.08	-0.08	-1.19	-0.08	0.83	-0.26	-	-	0.81	-1.15	-	0.39	-0.06	-	1.16	-	-1.06	2.22
Spov3_chr3.00412 (PUM6)	-	-	3.46	-	-	-	-	-	-	-	-	3.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.22	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.00553 (DA3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.76	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	2.94	-	-	-
Spov3_chr3.00645	-0.36	1.38	1.73	-	0.3	0.47	-0.23	0.69	-0.43	-	1.65	-0.54	-0.26	0.69	-	-	0.48	-	-	-	-0.84	1.37	-	2.22	-	0.31	-	-	-0.38	-
Spov3_chr3.02191 (AR791)	-	1.84	-	-	-	-	-	-	2.67	-	-	0.55	-	-	-	1.75	-	-	2.38	-	-	2.13	-	2.5	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.02379 (SDHAF4)	-	-	-	-	-	-	2.39	-	-	-	-	-	2.66	-	2.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.84	-	2.54
Spov3_chr3.02850	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr3.04048	-	-	-	-	2.32	-	-	-	-	-	-	-	2.65	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.43	-	-	-	2.89	-	2.57
Spov3_chr3.04162	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.18	3.56	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.00253 (GCR1)	-0.48	0.18	-0.54	0.99	0.19	0.59	-2.01	0.69	0.48	-1.87	0.29	0.38	0.3	-0.87	-1.34	0.4	0.58	-0.26	-	-0.85	-1.91	-0.19	-1.26	-0.39	1.14	-0.37	0.92	0.09	0.08	0.13
Spov3_chr4.00515 (ARP5)	-	-	-	0.52	-	-	2.71	2.76	2.24	1.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.35	-	-	-	1.43	-	0.07	-	-	1.01
Spov3_chr4.00969	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.01452 (RLI2)	-	-	-	1.49	-	-	1.21	1.25	2.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.37	-	-	-	3.76	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.02470 (ORG1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr4.04124	-	-	-	-	1.94	-	-	-	1.96	-	-	-	2.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.17	2.12	-	-	-	1.86	-	-
Spov3_chr4.04554 (GED1)	0.83	-0.66	-	-	-	0.53	-	-	0.13	-	1.41	-0.38	1.18	-0.75	-	-	0.24	1.78	2.08	-	-	-0.94	-	0.55	-1.05	1.02	-	-	2.33	-1.3
Spov3_chr5.01848	-	-	-	-	-	1.18	1.26	2.63	-	-	-	-	-	-	-	-	3.01	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.01	-	-	1.58
Spov3_chr5.02232	0.89	-0.98	0.32	-0.55	-	-	0.16	-0.89	0.42	0.46	1.59	0.69	0.77	-0.68	-2.31	0.43	-0.08	-0.09	-	-2.38	0.55	-0.01	-2.4	-2.06	1.17	-0.44	-0.68	1.5	-0.01	-1.21
Spov3_chr5.02551 (ORP3A)	-	-	-	-0.71	0.16	0.93	-0.65	-	-0.6	-0.82	0.83	-0.96	0.78	0.15	0.04	2.22	-0.94	-	-0.7	0.98	0.13	1.08	-1.02	-	1.16	0.77	-1.01	0.91	-0.8	-
Spov3_chr5.02633	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.02759 (RPP4)	1.25	-	-	0.14	-	1.53	-	2.23	-	-	-	0.04	0.05	1.65	-	0.15	2.05	-	-	-	0.03	-	-	-	1.64	1.09	0.14	-	-	0.13
Spov3_chr5.02819	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-10.37	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03023	-	-	-	-	1.45	2.15	-	-	-	-	1.55	-	-	-	-	-	3.26	-	-	-	-	-	-	3.37	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03124	-	-	-	-	-	-	1.8	-	-	2.08	-	-	-	1.14	3.52	-	-	-	-	-	-	-	-	3.1	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr5.03622 (BPS3)	-	1.29	-	-0.1	2.15	0.04	-	1.33	0.14	-	-	1.69	1.24	-	-	0.48	0.14	-	-	-	-	-	-	-	-	2.05	1.43	0.4	0.34	-
Spov3_chr6.00021	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.00076 (RS4)	-1.37	-0.5	-0.8	0.36	-	-0.22	0.32	1.77	1.85	-1.6	-1.53	-0.19	-	-0.07	0.5	-0.61	0.94	-	0.14	-	0.19	0.37	-	0.75	-0.3	-1.96	-1.86	1.62	-	0.84
Spov3_chr6.00148	-	-	1.36	-	2.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.44	-	3.66	-	-	-	2.75	-	-
Spov3_chr6.00428 (3BETAHSD/D1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-2.11	-	-	-	-1.98	-3.08	-	-1.34	-	-	-	-0.56	4.82	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01907 (HMA7)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.44	-	-	0.51	0.47	-	-	-	-	-	2.24	3.36	3.52	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.01910	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.02130 (BGLU21)	0.07	-	1.41	-	0.34	-0.26	-1.14	-	0.28	0.64	-0.69	0.09	-0.76	0.63	1.31	-	-1.0	-1.05	0.04	0.51	-	-0.08	0.04	1.13	-	-	1.26	0.64	0.32	0.9
Spov3_chr6.02317 (LE)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_chr6.02359 (GLR3.6)	-	-	-	-	-	-	3.41	-24.13	-	-	-	-	3.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.48	-	-	1.96	-	-
Spov3_chr6.02539 (EER4)	-	0.03	-0.14	-	-	-0.28	-	-0.01	-0.12	0.72	-	-1.16	1.6	-1.05	-	0.73	-	-	0.46	0.37	-	-	-	3.22	-1.22	-0.02	2.07	-1.03	-	-
Spov3_chr6.02903	0.85	-	-	-0.63	-1.76	0.08	0.51	-	0.15	-0.59	1.28	0.25	1.84	-1.8	-1.83	1.33	-0.78	0.13	-	-0.83	-0.88	-0.76	-1.77	-1.86	0.61	0.2	-0.61	1.32	0.67	0.46
Spov3_chr6.02904 (TADA)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.91	-	-	-	-	-	-
Spov3_S06.00006 (PPD7)	-	-	1.25	3.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.45	3.1	-	-	-	-	-	-
Spov3_S07.00057 (KAK)	-	-	-	-	-	-	-	-	1.95	-	2.08	1.84	-	-	-	2.05	-	-	-	-	-	-	1.89	3.38	-	-	-	-	-	-
Spov3_S14.00013 (LOH3)	-	-	-	2.75	-	-	-	-	2.98	-	-	-	-	-	-	1.4	-	-	3.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.24
Spov3_S18.00003 (GST24)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.54	-	1.38	-	-	-	-	3.79	3.41	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.