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Heatmap: Cluster_231 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001845 (HYR1)
 0.16 0.31 0.07 0.19 0.62 0.92 0.13 -0.42 0.15 -0.16 -0.12 -0.06 -0.35 0.54 0.69 0.16 -0.03 -0.39 -0.14 0.06 0.23 0.0 -0.53 -0.64 -0.67 -1.07 -0.59 -0.4 0.03 -0.45 -0.24
Bra002072 (TRM26)
 -0.02 0.45 1.04 0.61 1.1 0.07 -0.19 0.0 -0.42 -0.09 -0.09 -0.2 -0.4 0.54 0.17 -0.43 -0.31 -0.28 -0.73 0.04 -0.31 -0.2 -0.05 -0.63 -0.49 0.97 -0.75 -0.76 -0.32 -0.65 -0.81
Bra002727 (TML)
 0.79 0.85 0.33 0.65 0.98 0.38 -0.99 -1.08 -0.38 -0.94 -0.65 -0.71 -0.18 0.08 -0.47 -0.68 -0.22 -0.1 -0.39 -0.35 -1.04 -0.83 0.33 -0.12 0.01 -0.02 -0.02 0.32 0.35 0.39 0.26
Bra006786 (FIP1)
 0.79 0.47 -0.26 0.47 0.75 0.62 -0.34 -0.31 -0.59 -0.77 -0.96 -0.89 -0.03 0.12 0.5 -0.25 -0.15 -0.45 -0.28 -0.21 -0.7 -0.53 1.21 -0.42 -0.22 0.06 -0.31 -0.17 -0.35 -0.02 0.22
Bra006835 (GLXI-like;11)
 0.8 0.61 0.46 0.47 0.97 0.78 0.4 0.05 0.44 -0.27 0.08 0.07 -0.89 0.12 -0.18 -0.66 -0.96 -1.02 -0.15 -0.22 -0.16 -0.15 -1.27 -0.43 -0.35 -0.86 -0.67 0.1 0.24 -0.13 -0.62
Bra007246 (AtTIM21L-2)
 0.65 0.44 0.68 0.07 1.66 1.02 0.24 0.61 -0.23 0.0 -1.43 -1.29 -0.56 -1.31 -0.02 0.41 0.12 -0.86 -0.41 -1.07 -0.87 -1.64 1.98 -1.44 -0.92 -1.65 -0.59 -0.95 -1.26 -1.52 -0.63
0.04 0.46 1.04 0.42 1.12 0.7 0.04 -0.06 -0.21 -0.14 -0.17 -0.38 -0.9 -0.08 0.6 -0.36 -0.43 -1.15 -0.1 -0.32 -0.64 -0.29 -1.92 -0.54 -0.55 1.17 -0.36 -0.23 -0.2 -0.2 -0.81
Bra007845 (HA5)
 0.32 -0.06 0.25 -0.12 1.0 0.87 -0.17 -1.51 -0.05 -0.01 0.12 -0.49 -1.85 0.49 -0.12 -0.17 -0.6 -1.16 -0.05 0.17 -0.11 -0.53 -1.43 0.26 0.21 -0.14 0.17 0.11 0.23 0.22 0.47
-0.19 0.46 0.69 0.6 0.15 0.25 -0.32 -0.17 -0.53 -0.23 -0.22 -0.31 -0.09 -0.32 0.16 0.55 -0.15 0.72 0.09 -0.08 -0.34 -0.45 -0.22 -0.54 -0.64 1.2 -0.61 -0.64 -0.57 -0.53 -0.19
0.52 0.43 0.63 0.57 1.13 0.62 -1.75 -2.11 0.4 -0.8 0.19 -0.31 -2.28 0.49 0.79 -1.34 -2.22 -0.04 -0.88 -0.53 -0.58 -0.25 -1.05 -0.28 -0.24 0.42 -0.33 0.09 0.89 0.17 0.13
Bra009354 (ASK2)
 0.52 0.3 0.14 0.26 0.76 0.75 0.0 -0.23 -0.26 -0.36 -0.12 -0.49 -0.5 0.31 0.48 -0.36 -0.26 -0.88 -0.37 -0.31 -0.33 0.15 -0.31 0.04 0.0 -0.09 -0.08 0.02 0.03 -0.11 -0.16
Bra009890 (MAKR1)
 0.25 0.49 1.08 0.4 0.56 -0.51 -0.82 -0.24 -0.22 -0.29 -0.21 -0.18 -0.13 0.28 0.27 -0.32 -0.59 -0.1 -0.47 0.15 -0.74 -0.25 -0.91 -0.24 -0.32 0.9 -0.16 -0.08 -0.01 0.14 -0.02
Bra010058 (ATK5)
 0.24 0.08 -0.74 0.89 1.6 1.36 -0.56 -0.56 -0.34 -0.72 -0.68 -1.03 -0.67 0.97 0.89 -1.81 -0.66 -1.1 -1.42 -0.62 -1.12 -0.44 -0.15 -0.3 0.06 0.47 -0.57 -1.03 0.49 -0.08 0.17
Bra010975 (ZFP7)
 0.28 0.2 0.09 -0.05 0.57 0.47 -0.65 -0.49 0.13 -0.29 -0.01 0.06 -0.28 0.28 0.4 -0.29 -0.32 -0.15 -0.32 -0.14 -0.1 0.03 -0.9 -0.31 -0.13 0.24 -0.15 -0.27 0.07 0.53 0.31
Bra014109 (MDF)
 0.65 0.52 0.42 0.34 1.13 0.57 0.04 - -0.49 -1.17 -0.25 -0.61 -0.26 -1.2 -0.58 0.09 0.08 -1.11 -0.41 0.04 0.26 -0.06 0.17 0.08 0.1 -0.45 0.04 -0.23 0.39 0.11 0.43
0.01 -0.17 0.21 0.15 0.49 0.24 0.11 -0.26 -0.39 -0.18 -0.15 -0.46 -0.11 0.03 0.16 0.03 0.03 -1.19 -0.43 0.08 -0.11 -0.04 -0.93 0.4 0.41 -0.05 0.28 0.1 0.17 0.24 0.12
Bra014785 (ARA6)
 -0.1 -0.17 -0.21 -0.06 0.7 0.72 0.22 -0.43 0.06 -0.15 0.1 -0.06 -0.7 0.21 0.57 0.21 -0.5 -0.22 0.21 0.31 -0.38 -0.09 -0.66 0.15 -0.01 -0.28 -0.1 0.26 0.08 -0.54 -0.55
Bra015630 (AUF1)
 0.07 -0.25 -0.21 0.05 0.58 0.51 -0.34 -0.5 -0.12 -0.37 -0.27 -0.22 -0.57 -0.2 0.13 -0.04 0.19 0.08 0.28 -0.1 -0.01 -0.33 -1.18 0.2 0.21 0.36 0.09 0.32 0.18 0.1 0.15
Bra017472 (NUDT2)
 -0.68 -0.44 0.16 -0.39 0.86 0.67 0.16 -0.7 0.09 -0.16 -0.21 -0.4 -0.23 0.37 0.48 0.64 -0.09 -0.64 0.24 0.14 -0.09 0.08 -2.01 0.13 0.05 0.22 -0.07 0.39 0.35 -1.15 -0.89
0.43 0.35 0.27 -0.03 0.63 0.79 0.04 0.04 -0.08 -0.12 -0.33 -0.25 -0.6 0.06 0.26 0.11 -0.18 -0.24 -0.05 0.04 -0.28 -0.22 -0.64 -0.34 -0.33 -1.0 -0.23 0.09 0.0 0.44 -0.05
Bra017930 (SOP1)
 1.41 0.92 0.97 0.97 1.05 0.78 -1.3 -0.9 -1.8 -0.7 -0.58 -0.32 -2.57 -0.6 -0.65 -2.28 -0.77 -1.62 -1.45 -1.02 -1.23 -1.33 -1.33 0.15 0.2 0.05 0.36 0.61 0.85 0.4 0.6
1.76 1.1 0.9 0.62 1.85 1.05 -0.42 -1.76 -1.74 -1.69 -4.63 -2.6 -3.38 -4.48 -3.77 -2.74 -5.4 -1.2 -2.61 -2.19 -5.67 - -2.33 -0.43 -0.28 -1.35 0.68 1.35 1.18 1.28 1.23
Bra019118 (GNL)
 1.14 0.91 -0.23 -0.89 0.35 1.43 -0.66 -0.39 0.15 -1.09 -0.31 -0.08 -0.79 -0.06 0.36 -1.05 -0.79 -1.01 -0.11 -0.67 -0.42 -0.21 -0.07 -0.01 0.19 -2.98 0.21 0.38 0.73 0.04 -0.11
2.46 1.37 0.23 1.64 2.66 2.11 -0.56 -4.87 - - - - -2.64 -2.91 - -0.22 - -2.06 - - - - 2.56 - - - - - - - -
Bra020401 (Hflx)
 0.44 0.24 0.02 0.28 0.54 0.81 0.12 0.1 -0.05 -0.3 -0.06 -0.17 -0.33 0.04 0.24 -0.05 -0.13 -0.81 -0.14 0.12 -0.02 0.04 -0.59 -0.25 -0.21 -0.43 -0.26 -0.01 0.1 -0.28 -0.11
Bra021598 (PDR3)
 0.02 -0.63 -0.43 0.05 0.98 0.98 -0.19 -0.89 0.25 -0.04 0.08 -0.76 -2.42 0.31 0.03 -0.32 -0.27 -0.11 0.12 -0.08 -0.07 -0.54 -1.83 -0.19 0.07 -0.19 0.13 0.48 0.53 0.37 0.48
Bra022356 (LSR2)
 0.54 0.65 0.73 0.29 0.08 -0.34 -0.42 -0.13 -0.38 -0.29 0.33 -0.01 -0.13 0.43 0.22 -0.25 -0.06 -1.29 -0.73 0.34 -0.77 -0.6 -0.88 -0.2 -0.07 0.47 -0.13 0.12 0.23 0.11 -0.01
0.19 0.28 -0.03 -0.02 0.38 0.38 -0.25 -0.11 0.1 -0.02 -0.13 -0.26 -0.25 0.06 0.09 -0.25 -0.25 -0.5 -0.02 0.11 -0.27 -0.13 -0.39 0.06 0.09 -0.05 0.06 0.36 0.28 -0.15 0.1
0.33 0.25 0.15 0.01 0.66 1.11 0.08 0.03 -0.13 -0.46 -0.36 -0.09 -0.36 0.4 0.72 -0.13 -0.18 -0.26 -0.04 0.09 0.14 0.04 -0.58 -0.59 -0.59 -0.54 -0.58 -0.11 -0.06 -0.44 -0.42
0.85 1.26 0.68 1.06 2.21 1.4 -0.61 - - - - - -0.58 - - - - -0.28 - - - - 1.1 0.3 0.34 0.1 -0.38 0.51 0.95 0.78 1.1
Bra023375 (FIS1B)
 0.71 0.58 -0.14 -0.05 0.47 0.88 -0.18 -1.04 0.6 -0.42 -0.26 -0.59 -1.11 -0.66 -0.56 -0.75 -0.37 -0.71 -0.04 -0.16 -0.06 0.11 -1.07 0.31 -0.31 0.2 -0.04 0.38 0.77 0.13 0.3
Bra023567 (MBS2)
 0.75 0.81 0.46 0.39 1.57 0.87 -0.52 -3.22 -0.77 -0.48 -0.15 -0.48 -0.7 -0.38 0.31 -0.65 -0.83 -0.71 -0.69 -0.34 -0.46 -0.34 0.28 0.1 0.07 -0.37 -0.04 -0.08 -0.02 0.06 -0.1
Bra023771 (IAA2)
 -0.34 -0.2 0.28 0.09 0.6 0.54 -0.1 -0.09 -0.4 -0.18 -0.32 -0.41 -0.75 0.05 0.35 0.33 0.18 -0.46 -0.01 0.04 0.18 -0.09 -1.49 0.1 0.08 0.27 0.02 0.24 0.11 0.17 -0.27
Bra024520 (NPF5.16)
 0.37 0.32 -0.24 -0.68 0.89 0.73 -1.06 -1.47 0.12 0.19 0.06 -0.23 -0.59 -0.25 0.12 -0.48 -0.38 -2.0 0.02 -0.07 -0.13 0.35 -2.81 -0.29 -0.15 0.97 0.03 0.21 0.48 0.13 0.64
0.36 0.19 0.48 0.17 0.83 0.97 -0.58 -0.84 0.01 -0.49 -0.52 0.06 -1.69 0.43 0.59 -0.94 -0.86 -0.59 -0.37 -0.68 -0.38 -0.85 -1.21 -0.2 -0.2 0.71 -0.07 0.28 0.76 0.22 0.23
0.75 0.46 0.58 0.44 1.0 0.66 -0.67 -1.21 -0.77 -5.12 -2.37 -2.23 0.51 -0.15 -0.01 -1.08 -1.52 -0.92 -0.64 -0.78 -1.68 -4.07 0.64 0.72 0.71 0.26 0.61 0.21 0.5 0.47 0.74
Bra025177 (RIFP1)
 0.05 0.07 0.02 0.19 0.55 0.64 -0.11 -0.24 -0.14 -0.2 -0.38 -0.33 -0.35 0.23 0.31 -0.14 -0.24 -0.0 -0.24 -0.28 -0.65 -0.29 0.14 0.05 0.06 0.33 -0.09 -0.08 0.25 0.02 0.05
0.44 0.34 0.39 0.33 1.05 0.85 -0.73 -1.1 0.15 -1.2 -0.39 -0.8 -0.76 0.41 -0.27 -0.67 -0.82 -0.45 -0.38 -0.41 -0.65 -0.66 0.55 0.08 0.05 0.16 -0.15 0.24 0.62 0.15 0.15
Bra025194 (CYP71B3)
 0.48 0.33 0.03 -0.25 0.65 0.87 -0.44 -0.12 0.45 -0.51 -0.3 -0.55 -0.84 -0.15 -0.28 -0.65 -0.59 -1.37 0.56 -0.42 -0.05 -0.18 -1.04 0.16 0.16 -0.71 0.18 0.33 0.53 0.31 0.52
Bra025666 (HIG1)
 1.4 1.24 0.32 -0.27 -1.42 1.21 -1.16 -1.46 -1.22 -1.69 -0.83 -0.86 -2.69 -0.67 -2.61 -4.24 -0.99 0.09 -2.55 -0.64 -0.91 -0.08 0.43 0.69 -0.44 -0.66 -0.04 -1.06 1.0 1.01 1.97
Bra026252 (PAWH1)
 0.65 0.77 0.37 0.48 0.98 0.91 -0.54 -1.23 -0.0 -0.84 -0.37 -1.97 -0.46 0.06 0.79 -2.14 -0.76 -1.72 -1.08 -1.13 -1.84 -0.91 -0.2 0.2 0.35 0.52 0.28 0.33 0.61 0.29 0.23
0.61 0.77 0.49 0.74 0.19 1.21 -0.16 -0.4 -0.07 -0.56 0.06 -0.35 -1.09 0.07 0.44 -0.28 -0.54 -1.29 0.09 -0.05 0.06 -0.16 -1.76 0.31 0.27 -0.98 -0.13 -0.09 0.13 -0.62 -0.92
Bra027504 (IAA4)
 -0.41 -0.41 0.46 0.32 0.95 0.71 -0.24 -0.12 -0.17 -0.14 -0.28 -0.56 -0.52 0.3 0.29 0.06 -0.15 -0.46 -0.08 -0.01 -0.05 -0.1 -0.94 -0.47 -0.42 0.68 -0.52 -0.09 0.44 0.35 -0.44
0.68 0.55 0.82 0.67 0.4 0.51 -0.52 -0.73 -0.33 -0.65 -0.37 -0.55 -0.39 0.65 0.2 -0.63 -1.01 -0.83 -0.56 -0.01 -0.62 -0.91 0.46 0.04 -0.02 0.32 -0.03 -0.06 0.29 -0.28 0.0
0.79 0.22 0.39 0.25 0.91 0.72 -0.08 -0.74 -0.33 -0.54 -0.48 -0.31 -0.51 -0.58 -0.18 -1.04 -0.47 -0.16 -0.16 -0.77 -0.28 -0.64 -0.1 -0.26 -0.39 -0.71 -0.07 0.21 0.47 0.79 0.9
0.68 0.35 0.55 0.76 1.17 0.72 0.08 -0.63 -0.98 -0.49 -0.03 -0.98 -0.67 -0.36 -0.67 -0.3 -0.68 -0.69 -0.31 -0.08 -0.3 -0.34 0.66 -0.22 -0.39 -0.56 -0.14 -0.14 0.27 0.1 0.3
Bra033890 (IAA2)
 0.19 -0.12 0.62 0.26 0.73 0.5 -0.18 -0.26 -0.17 -0.23 -0.23 -0.37 -0.81 0.32 0.54 0.24 0.3 -0.1 0.11 0.33 -0.13 -0.13 -1.7 -0.26 -0.27 0.38 -0.39 -0.13 -0.26 -0.16 -0.8
Bra034578 (EX1)
 0.39 0.27 0.06 0.22 0.31 0.34 0.0 -0.12 -0.07 -0.04 -0.08 0.04 -0.5 0.26 0.28 0.11 -0.12 -0.23 0.04 0.02 0.03 -0.05 -0.38 -0.34 -0.22 -0.31 -0.25 -0.02 -0.08 -0.1 0.05
Bra034695 (alpha1-COP)
 0.94 0.35 0.69 0.77 1.61 1.3 -0.19 -4.78 -0.27 -0.16 -0.63 -1.83 -7.46 -0.34 -3.46 -1.58 -6.16 -1.84 -0.47 0.52 0.28 -0.95 -0.36 0.51 0.42 -0.57 0.46 0.09 0.19 0.01 0.28
Bra035190 (NTT1)
 0.11 -0.21 -0.25 -0.23 0.97 0.29 -0.29 -0.34 -0.51 -0.14 -0.28 -0.18 -0.22 -0.02 0.22 0.15 -0.06 -0.14 -0.36 -0.54 0.03 -0.17 -0.6 0.2 0.37 0.4 0.24 0.13 0.04 0.09 0.15
Bra036045 (SUMM2)
 0.4 0.58 -0.19 0.24 0.47 0.26 -0.77 -0.97 -0.67 -0.3 0.22 -0.05 -0.4 -0.45 -0.56 -0.22 -0.59 -1.51 -0.9 -0.06 -0.62 -0.48 0.35 0.54 0.01 -0.38 0.21 0.33 0.9 0.61 0.73
Bra036046 (SUMM2)
 0.02 0.33 0.41 0.33 0.49 0.19 -0.56 -0.62 -1.43 0.16 0.43 -0.11 -1.33 -0.54 -0.04 -0.27 -0.1 -1.69 -0.79 -0.21 -0.53 -0.53 0.94 -0.18 0.35 -0.46 -0.1 0.0 0.95 0.45 0.6
Bra036406 (LIP1)
 0.41 0.07 0.11 -0.04 0.33 0.41 -0.28 -0.65 -0.03 -0.04 0.1 -0.05 -0.57 0.19 0.28 -0.2 -0.02 -0.18 -0.06 -0.18 -0.18 0.08 -0.79 -0.04 -0.01 -0.08 0.01 -0.06 0.13 0.14 0.41
0.48 -0.25 0.19 -0.17 0.76 0.68 -0.3 -1.92 -0.29 -0.55 -0.39 -0.14 -1.39 -0.44 -0.81 -0.34 -0.97 -0.66 -0.61 0.43 0.01 -0.74 0.25 0.55 0.37 -0.0 0.32 0.45 0.62 0.25 0.74
Bra037878 (NIT1)
 0.45 0.82 1.01 0.54 0.78 0.38 -0.43 -1.89 -0.21 -0.57 -1.02 -0.5 -1.76 -0.22 -0.44 -0.75 -1.13 0.15 -0.33 0.16 -0.35 -0.67 -0.06 0.46 0.38 -0.0 0.28 0.03 0.24 0.16 0.11
0.87 0.63 0.7 0.59 1.15 1.07 -0.28 -1.17 0.18 0.03 0.04 -0.2 -1.17 0.38 -0.07 -0.5 -0.88 -0.73 -0.06 0.3 0.11 -0.33 -1.68 -0.49 -0.47 -0.89 -0.59 -0.13 -0.06 -0.42 -0.61
Bra038369 (CEK3)
 0.68 0.59 0.58 0.54 0.5 0.98 -0.85 -0.78 0.03 -0.79 -0.33 0.05 -1.32 -0.02 -0.66 -1.13 -1.98 -0.33 -0.23 -0.44 -0.49 -0.88 -0.47 0.02 -0.01 0.32 -0.07 0.65 0.79 0.38 0.14
0.41 0.46 0.64 0.45 1.13 0.81 -0.29 -1.24 -0.23 -0.36 -0.07 -0.59 -0.7 0.16 -0.35 -0.61 -1.15 -0.1 -0.37 -0.11 -0.39 -0.54 0.36 -0.26 -0.05 -0.21 -0.06 0.17 0.28 -0.06 0.04
0.98 0.69 1.01 -0.17 1.83 1.47 -0.77 -3.74 0.24 -0.0 -0.57 -1.26 -2.89 0.61 -2.17 -1.16 -2.7 -0.52 -0.06 0.18 0.01 -1.12 -0.12 -0.36 -0.1 -0.82 -0.42 -0.09 -0.07 -0.12 -0.33
Bra039160 (TRM1)
 0.16 0.1 0.73 0.5 0.09 -0.07 -0.32 -0.56 -0.1 -0.01 -0.06 -0.07 -0.56 0.27 0.13 0.18 -0.06 0.2 -0.0 0.19 -0.05 -0.12 0.05 -0.28 -0.32 0.79 -0.16 -0.21 -0.34 -0.52 -0.94
0.25 0.13 -0.09 0.28 0.46 0.41 0.01 -0.02 0.07 -0.11 0.08 -0.04 -0.12 -0.34 0.14 -0.06 -0.05 -0.65 -0.07 0.1 -0.04 0.02 -0.72 -0.17 -0.15 -0.17 -0.09 0.3 0.11 -0.11 0.02
0.82 0.96 0.96 0.67 1.27 1.23 -0.92 -3.27 -0.95 -0.7 -1.44 -0.74 -1.72 0.16 -0.01 -1.05 -1.82 -0.49 -0.48 -0.11 -0.37 -1.13 0.68 0.22 0.24 -0.29 -0.05 -0.06 -0.04 -0.08 -0.19
Bra040973 (U2AF65b)
 0.88 0.62 0.57 0.41 1.48 1.29 -0.85 - -1.09 -1.29 -0.99 -2.25 -8.87 -0.02 - -1.23 -7.46 -1.72 -0.4 -0.1 -0.04 -1.96 0.71 0.6 0.67 -0.2 0.45 0.68 0.72 0.42 0.3

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.