Heatmap: Cluster_60 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
1.52 - - - 1.19 - 1.4 - - - - 1.39 - - - - - - - - - 3.42 - 2.26 1.31 - - 1.4 - - -
- 1.05 - 0.1 1.7 - 1.04 0.99 1.61 - - -0.04 - 2.01 1.55 - - - - -0.31 -0.28 - - - -0.31 - - 2.19 -0.21 - 0.75
- - - - - - - - - - - - 3.67 - - - - - - - - - - 3.55 - - - - 2.72 - -
- - - -0.87 - - - - - 0.31 -1.21 0.93 0.42 0.92 -0.08 -0.8 0.79 0.27 0.71 0.98 - 0.49 0.98 - - -0.22 -0.01 1.06 1.43 2.11 0.32
- - - - - - 3.0 - - - - - - - - - - 2.53 - - - - - 4.11 - - - - - - -
-5.25 - 3.13 - - 1.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.93 - - 3.95 - - -
- - - - - - - - - - - - 2.72 - - - - 2.62 - - - - - 2.62 - - 1.51 - 2.62 1.64 -
- - - - 2.3 - 2.27 - - - - - - - 2.45 2.48 - 2.25 - - - - - - - - - 2.45 - - -
- - - - - 1.97 - - - - - - - - 3.16 2.41 - - - - - - - - - - - - 3.68 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - 3.0 - - - - - - - - - 2.15 - - - - - - - - 4.22 - - - - - - -
- - - 1.13 2.76 -0.22 - - - - - -0.01 - 0.34 3.38 - - - 0.06 - 1.6 - - - - - - - 1.75 - 0.04
- - - - - - 0.2 - -0.04 1.28 - 1.06 2.81 0.21 0.19 - - 0.98 - - - - - - - - - - 2.17 - 3.1
- - - - - 0.26 - - - 0.39 - - - - 1.57 - - 1.28 - - - 3.02 - 2.27 1.88 1.83 - - 0.25 - 0.81
-3.5 -3.47 -1.5 0.24 0.77 0.81 0.21 0.03 0.5 -0.56 -0.22 0.44 0.95 0.25 -0.19 -1.25 0.32 -0.85 1.51 0.25 -2.08 -2.41 -1.19 0.64 -0.17 -0.55 -0.4 1.64 0.27 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - 0.39 - 0.85 -0.17 0.23 - - 2.19 - 1.04 0.18 - 1.49 - - - - 0.24 0.22 - 0.89 - - - - - 1.99 1.79 1.85
- - - - - - - - - - - - - 3.27 - - - - - - - - - 3.83 2.84 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - 3.56
- - - - - - - - -13.01 - 3.44 3.19 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.46 - -
- - - - - - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.44 - -
2.0 - - - - 1.61 - 0.24 -0.09 2.18 - - - 1.2 - 0.45 - - - - - 0.3 - - - - - - 2.71 2.56 -
- - - - - - - - - - - - 3.59 - - - - - - - - - - - - - - - 4.25 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.93 - - - - - - 3.98
0.09 -1.52 -1.11 -1.76 -0.67 -0.72 -0.64 -1.56 0.26 -0.99 -0.06 0.72 0.64 -1.82 -1.32 -0.7 -0.09 0.21 -0.35 0.52 1.02 0.48 - -0.65 0.54 0.67 1.07 1.42 -0.03 0.0 0.36
- - - - - - - - 2.02 - - 2.7 - - - - - - - - - - - 3.28 - - - 1.46 - - 3.0
-1.68 0.64 - - 0.6 0.67 -2.28 -0.96 0.71 - 0.48 -0.34 0.26 - - - -0.79 -1.99 - -0.22 -1.88 1.59 - -0.83 -0.19 0.17 0.79 0.66 2.36 1.01 1.18
- - - - - - - 1.21 1.51 - - 1.34 - - - 1.79 1.55 - - 1.18 1.26 - 1.35 1.25 - - - - - - 2.88
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.02 - - 3.89
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - 1.85 - 0.66 - - 1.6 - - - 0.7 0.96 0.8 - - 0.58 - - 1.41 - - 0.49 - - 3.18 - 1.54
- - - - - - - - - - - - - - - - - 2.54 - - - - - - - - - - 4.65 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - 3.33 - 1.38 - - - - - 0.98 - - - 1.12 - - 2.89 - - 2.76
- - - - - - - - 1.29 - - 3.16 - - 1.36 1.57 - - - - 0.95 - - - - 1.84 - - 2.72 - 1.0
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - 4.0 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
-1.0 -0.23 0.24 - 0.41 - 0.24 -0.75 -0.21 -0.29 -0.56 1.19 0.65 0.83 -0.77 -0.12 0.43 0.21 0.77 -1.1 -1.14 0.68 -2.49 -1.47 0.8 -0.26 -0.56 -0.26 -0.85 1.62 -0.18
- - - 0.97 - - -0.3 - -0.22 - 0.87 2.04 -0.04 - - 1.76 1.0 - - 0.68 0.74 - - - 0.73 1.3 - 0.72 1.91 0.08 0.28
- - - - - - - - - 2.95 - - 2.92 - - - - - - - - - - - - 2.77 - - 3.15 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - -
- - - - - - - - - - - 1.92 - - - - - - - - - - 3.54 - - - - 3.02 - - 2.9
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.31 - - - - - - 4.4 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - 0.99 - - - - 1.79 - - 0.56 - - - - 1.66 2.69 - - - - 3.2 - - - - - 1.63 1.13
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - -
- - 1.11 0.43 - - 2.55 -0.63 0.05 - - - - - - 0.37 - 3.09 - - 0.68 - 1.31 - - 0.21 - -0.71 0.7 0.11 0.67
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 - 3.89
- - - - - - - - - - - - - 3.56 - - - - - - - - - 4.27 - - - - - - -
- - - - 1.53 - 1.19 - - 0.71 1.87 1.59 - - 0.89 - 2.42 - 0.71 - - - - - - 0.78 - 0.54 2.47 - -
- 0.37 -0.64 -1.66 -1.02 -1.98 -0.97 -0.26 -1.91 -0.24 -0.87 1.55 1.32 -1.68 -1.93 -0.72 -0.34 1.15 -1.11 -0.15 0.08 0.45 0.61 -1.15 -1.14 0.18 -1.02 2.05 0.27 0.2 0.07
- - - -0.68 0.27 - -1.02 - -0.99 - 0.83 -0.95 1.84 - 0.68 0.07 -0.77 0.48 1.5 - 0.15 - - -0.78 -1.67 -1.66 -1.53 -0.31 1.84 2.51 1.07
0.76 - - 1.74 -1.45 - 0.72 -1.0 0.35 -1.28 - 0.97 -1.2 - 1.29 - 0.79 0.12 - 1.19 - 1.05 -0.1 0.3 -1.19 0.72 -1.4 0.89 - 1.29 -0.25
- - - - - - - - - - - - - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - -
- - - - 0.41 - - - - - 1.78 - 0.85 - - 2.01 2.19 - 1.42 0.86 - - - 2.9 0.99 - - - - - 0.93
- - - - 2.36 - - - - - - - - 2.61 - - - - 2.37 - - - - 3.34 - - - 2.15 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - 1.47 0.79 0.53 - 2.91 -0.27 - - - - - - 0.7 0.73 - 2.43 - - 1.03 - 1.66 - - - - -0.36 1.05 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - 1.25 1.17 0.88 - - - 0.66 - - 1.69 - - 2.62 1.29 - - - 0.75 0.79 - - - - - - 2.95 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - 1.83 - - - 0.65 - - - - 3.34 - - - - - - - - - 1.75 - - - - 3.19 1.73 -
- - - - - - 0.58 0.79 2.02 - 1.97 -0.4 -0.38 - -0.21 1.04 0.79 - - 0.49 - -0.13 - - - - - -0.31 2.71 1.13 0.84
0.49 - 1.5 - 1.71 - 0.1 0.33 - 1.63 - - 2.52 - - 0.27 - 0.03 - - - - 1.19 0.05 - - - 0.14 2.23 0.02 -
- - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - -
- - - - - - - - 2.89 - - - - - - - - 3.54 - - - - - 3.58 - - - - - - -
0.06 - - 0.47 0.86 - -1.74 -0.1 -0.73 -0.08 - -0.13 -1.86 2.13 -1.69 -0.58 0.64 2.13 0.49 -2.05 -2.06 -0.34 0.52 1.37 - -0.95 - -0.33 -0.25 1.24 -1.91
- - - - - - - - 0.07 0.17 - - 1.32 - 0.45 - 2.57 2.05 - 0.16 0.04 - - 3.02 - - - - - 2.21 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 3.96 - -
-1.21 0.04 -0.75 -2.33 -1.12 -0.1 -1.35 -1.73 -0.97 0.06 0.5 -0.44 1.51 -0.34 -0.85 -1.46 -0.22 -0.78 0.07 -1.23 -0.36 0.76 1.05 0.76 -2.67 0.86 -1.22 -2.86 1.56 1.09 0.71
-4.53 -2.53 0.69 1.08 -1.87 -2.92 -1.09 -0.06 -2.74 -4.67 -3.8 -1.8 -3.04 -3.51 2.67 -2.05 -5.04 -0.26 - -1.7 -3.0 -1.39 - - - -1.98 -2.87 -0.06 3.14 2.59 -
- - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.35 - -
- - - - - - - - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - 3.82 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 3.03 2.08 - - - - - - - 3.28 - - -
- - - - - - - - - 0.59 - 2.04 2.41 - - - - 1.54 - - - - 1.62 - - 0.45 - 0.7 3.04 1.51 -
1.64 - - - 2.78 - - - - - 1.53 - - - - 1.8 - - - - - - - - - 2.14 - 3.36 - - -
2.32 - - - - - - - - - - - 2.97 - - - - - - 1.85 - - - 2.88 - - - - - 2.85 -
- - - 0.61 - 0.25 0.71 - - - - - - - 1.5 - - 1.81 - 2.12 0.09 2.35 - - - 1.75 - 2.4 0.23 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - 2.62 - - - - - - -2.54 - - - - - - - - - - - - - 3.43 - - - 3.09 - 2.44 -
- - - - - - -0.03 0.71 - - 1.57 - - 2.53 - - - 1.14 - -0.39 - - 2.58 2.06 - - - - - 2.03 1.29
- - - - - 0.9 - - 2.09 - - - - - - - - - - - - - 1.94 3.18 - - - - - - 3.58
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - 2.21 2.12 0.61 - - - - - - - - - - 1.35 - 2.72 - - - - - - - - - 3.5 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - -
- - - - - 1.85 - 0.66 - - 1.6 - - - 0.7 0.96 0.8 - - 0.58 - - 1.41 - - 0.49 - - 3.18 - 1.54
- - - - - - - - - 2.81 - - - - 3.02 - - - - - - - - - - - - - 3.99 - -
- - - - - 3.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.98 2.77 3.05 - - -
- - - - - - - - - - 1.97 - 2.06 - 2.17 - - 1.85 - - 1.73 - - - - - - - 2.04 2.89 -
- - - -0.21 - - - -0.33 - - 0.65 -0.53 3.35 - - - 1.19 2.48 - - - - 1.23 1.98 - - - - 0.48 - 0.44
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.99 - 3.92 - - - - -
- - - - - - 3.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.26 - -
- - - - 0.72 -0.34 2.11 - - 1.17 - - 1.7 - - 0.9 0.5 2.1 - - - - 1.14 - - - - -0.54 2.12 -0.37 1.66
- -0.04 1.49 -0.65 -1.37 - 1.03 - - 0.5 1.47 0.8 - 0.57 -1.1 0.84 0.72 1.07 -1.43 1.24 -1.06 0.12 - - -1.34 -0.56 - 0.29 2.05 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 4.31 - - -
- -1.55 -1.27 - 0.33 0.25 -0.6 -2.08 0.1 -0.28 -0.37 0.81 0.99 -0.34 -0.14 -0.43 0.82 - -0.31 0.45 0.88 0.54 - 0.22 0.54 0.4 0.93 1.24 -1.56 -0.09 0.42
- - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - - - - - - - 2.89 - - - - 2.97 - -
-1.62 -0.94 -1.74 -0.83 0.67 0.3 0.67 0.26 -0.67 -0.81 -0.08 -0.07 -1.76 0.57 0.65 -0.05 -0.28 -0.08 0.56 -0.46 -0.99 0.17 -0.63 1.09 -0.76 0.16 -0.11 -1.04 0.55 0.92 0.51
3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.1 - - - - - - -
- - - - - - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - 3.83 - - - - - - -
0.13 - - 1.02 -0.15 - -0.61 1.66 1.56 0.73 - 0.18 - 2.18 - 0.84 - - -0.03 - - - - -0.91 - - -0.39 1.49 2.06 - 0.9

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.