Heatmap: Cluster_73 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
- - - - - - 4.4 - - - - - - - - - 3.3 - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.05 - - 1.85 - - - - - - - - - - 0.36 0.73 - - - - 0.95 - - 0.54 - 1.51 0.7 - -
- - - -0.62 -0.05 0.02 -0.79 - - - -0.91 - - 0.34 0.22 -0.7 1.4 -1.02 - 2.28 -1.0 0.34 -0.82 2.18 - -0.92 -0.79 0.74 - 2.12 1.18
- 2.22 - - - - -1.82 - 0.46 - -2.51 -0.52 1.45 - 0.34 -1.42 -1.01 1.2 1.85 2.58 - - -0.13 1.16 1.92 - - - -19.02 - -2.92
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.95 - -1.13 -0.42 - 0.19 - 1.48 -0.45 -0.24 -0.43 -1.17 - 0.35 1.26 0.06 -0.5 0.25 1.25 1.59 -1.29 - 0.44 0.91 0.17 - - 0.23 -1.53 1.51
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.33 - 1.49 - - 1.38 - 2.74 1.02 3.13 - - - - - - - - - - 2.48
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.72 - - - - - 2.15 - - - 2.94 - - 2.43 - - - - - - - - - 1.79 1.8
- -1.96 -3.65 -2.66 0.24 0.61 1.4 -0.04 0.22 -0.0 -0.1 -0.19 0.04 -3.81 -0.67 0.69 0.84 0.88 -0.26 1.08 0.59 -0.21 - -0.92 0.32 0.47 -0.04 -0.86 -1.32 0.13 0.78
- - 4.07 - - - - - - - - - 2.89 - - - - - - - - - - - - - - - 2.76 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - -3.12 - 0.53 -0.8 0.26 1.21 -1.82 0.65 1.34 0.89 - -0.79 0.18 -1.32 -0.66 0.65 0.82 -0.11 1.79 0.24 0.29 0.74 1.14 -0.97 -1.22 -0.01 -1.12
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - 2.57 - 3.12 - - - - - - 1.71 - - - - - - - - 2.0 - 2.56 - 1.69 - - - -
-0.68 - 0.18 0.72 1.58 0.85 1.48 - - -1.2 2.11 - - 1.1 -0.04 - -1.33 -1.25 -1.22 -0.27 0.2 - 0.84 -0.27 -1.22 -1.33 -1.02 - 0.8 1.23 -0.2
-0.56 -0.14 - -1.17 -0.79 -0.94 -1.54 -0.32 -1.35 0.28 -0.88 -0.28 -0.74 1.2 0.84 1.05 -0.02 0.4 -0.08 1.63 0.83 -0.69 -2.02 1.02 - -2.67 -0.59 - 0.34 0.55 1.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - 2.38 - 4.37 - - - - - - - - 2.38 - -
- - - - 1.75 - - - - - 1.84 - - - - 2.22 - 2.68 1.56 2.67 - - 1.88 - - - - - - - -
- - 3.61 - - - - - - - - 1.77 - - 2.79 - - - - 2.5 - - - - - - - - - 1.5 -
- - 2.75 - - - 1.77 2.01 - - - - - - - - -0.15 - - 3.99 - - - - - - - - - - -
0.74 0.75 - 0.72 0.24 1.01 0.51 -0.74 - -0.71 0.4 1.03 - 0.53 -0.43 0.53 - 1.79 - 1.59 -0.85 1.33 - - - 0.8 - - - - 0.92
- - - - - - 1.94 - 2.08 - - 0.4 0.25 - - 2.52 - 2.11 0.59 2.13 0.16 - - - - 1.07 - - 0.33 - -
- - - - - - 2.91 - - 1.93 - - - - - 2.29 - - - 2.89 - - - - - - - - 1.88 1.88 -
- - 2.66 - - - - - - - - - 2.45 - 2.67 - - - - - - - 2.98 - - - - - - 2.32 -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - 0.97 - - - - - - - - 2.13 - - - 3.45 - 3.17 - - 2.25 - - - - - - - -
- - 4.26 - - - - - - - - - - - 3.57 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.45 0.52 0.55 -0.54 2.52 1.19 2.35 -0.59 - - 2.12 -0.57 - - -0.52 - -0.52 - 1.2 - - - - 0.76 - - - -0.76 0.26 -0.5 -
- - 3.55 - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - - - 2.76 - - - - - - - 2.71
- - - 0.9 0.9 - 1.98 -0.23 - -0.48 0.59 0.98 - 1.77 - 1.3 -0.61 -0.69 - 1.78 - - - -0.51 - -0.42 - - 0.57 1.58 0.81
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.5 - - - 1.76 - 3.58 2.38 - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.26 1.19 -0.14 - - 1.55 - - 1.51 1.7 - - - 1.63 2.5 - - -0.11 1.11 0.74 -0.22 - - - - - 1.01
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.49 - - 1.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.11 2.92 1.97
-0.68 0.68 -0.99 -1.96 -1.15 - 1.8 -0.13 -0.36 -2.01 -0.84 0.21 -0.41 -2.15 -0.96 0.92 1.27 0.68 -0.23 0.27 -0.12 -0.52 -2.46 -0.31 1.08 -0.22 0.4 0.36 0.32 -0.39 -0.35
- - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.21 - - -0.75 0.85 - -0.87 0.39 - - 0.83 0.85 -0.38 - 1.44 - -0.85 1.51 -0.93 - -0.81 1.5 0.75 1.15 - - - 0.35 - 2.28
- - - - - 0.98 3.87 1.24 - - - - 2.16 - - - - 0.97 - - - - - 1.93 - - - 0.81 - - -
- - - - - - 4.0 - - - - - - - - - 3.9 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.12 - - - - - - 1.13 - - 0.74 - 2.63 2.64 - - - - - - - - - 2.59 2.12
- - 3.26 0.43 -0.19 - 0.06 1.54 - - - - - - - 1.23 1.86 2.59 - - - - - - - - - - 0.09 - 1.12
- - - - - - - - 1.79 - - - 2.59 - 2.17 - - 2.31 - 2.88 - - - - - - - - - - 2.23
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.95 - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.85 - - 1.15 1.57 - - 0.41 - - 0.57 - - - - - 1.54 2.99 - - - - - - - 0.37 2.23 - 2.13
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.29 -0.01 -1.18 0.26 -0.12 0.54 0.52 -0.29 0.84 -0.55 -0.49 -1.16 -0.3 0.72 0.32 -0.0 0.68 -0.95 -0.48 0.11 1.08 -0.13 -2.45 -0.58 -1.47 -0.98 -0.02 -0.51 -0.15 -0.55 1.17
- - 1.98 - 2.62 - 1.59 - 2.47 - - - - - - - - - - 2.54 - - - 1.5 - - - - - 1.88 -
- - - - - -0.76 - -24.84 -21.64 - - - - 0.88 -23.76 - -1.64 - - 3.24 - - 1.89 2.47 - - 0.64 - 1.53 0.87 1.71
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.27 - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - 2.4 - - - - - - 2.79
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.87 - - -0.51 -1.24 0.13 -1.06 -0.33 - -1.1 -1.38 1.43 -1.0 -0.84 -0.88 -1.18 0.01 -0.79 1.92 0.97 0.87 0.07 - -0.93 - -0.35 -1.1 -0.97 1.99 0.84
- - -0.06 - -0.56 - -0.64 - - 2.23 - 1.26 - 0.12 - 0.08 -0.11 1.86 - 2.44 - - - 1.8 - - - - 2.29 0.17 -
- - - - - -1.04 - -0.81 0.82 - 0.17 0.63 0.07 - - 0.92 1.09 - -0.14 2.2 -1.23 - - 1.44 -0.99 1.98 1.12 -1.24 0.01 0.23 1.36
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - -
- - - - - -0.38 0.95 - - 1.58 - - 3.18 - - - - -0.43 - 2.85 1.07 - - 1.59 - - - -0.24 - - 1.22
- 0.08 - - - - 2.28 - -0.62 - 2.29 - 1.4 - - - -0.7 - - 1.67 - 1.1 - 1.32 0.83 -0.33 - 1.73 - 1.37 -
- - - 0.75 - - - - - 0.46 - - 3.19 - - 0.99 - - - 2.01 - - 2.04 - - - - 1.5 - 0.77 2.06
-0.1 - 2.38 0.72 -0.75 1.33 -0.39 1.45 - - -0.35 -0.58 - -0.22 - - - - -0.41 - - 1.04 - 0.6 -0.31 - 0.75 -0.31 2.35 -0.35 -0.34
- - 4.15 - 3.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.77 - - - - - - - - - - - - 1.84 1.91 4.34 - - - - - - - - - - -
- - 3.66 - 1.7 1.78 - - - - - - - - 2.85 - - - - - - - 2.16 - - - - - - - -
- - 4.44 - - - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.67 - - - - - - - - - - - - - - - 4.19 - - - - - - - - - - -
- - - 2.02 -1.96 - 0.05 -1.34 0.44 - - 2.37 - - - 1.59 - - - 2.38 - - -0.46 2.25 - 1.26 0.09 0.45 -2.26 - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.93 -0.63 -1.38 -2.44 0.35 0.71 0.56 -0.66 0.03 0.15 -0.13 0.43 -0.97 -0.88 0.01 0.86 0.45 0.75 -0.14 0.03 0.24 0.46 -0.29 -0.05 -0.76 0.35 -0.44 -0.78 -0.02 0.64 -0.11
- - 3.03 - - - 0.46 0.91 - - - - - - - 2.03 - - - - - - - - - 2.24 1.19 - 1.04 - 2.68
- - - - -0.29 0.64 0.68 0.88 - 1.49 - -0.32 1.31 1.64 - -0.11 - - 1.62 2.15 - - - - 0.62 1.28 -0.17 - 0.79 -0.08 -
- - - - - - 4.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.84 - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.94 2.15 3.77 - - - - 2.38 - - - - - 1.95 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.78
- - - - 1.13 - - - 1.63 - - - - - 3.54 - - - - 1.72 2.75 - - - - - 2.02 - - - -
- - - - - - 2.56 - - 2.54 - - 2.89 2.79 - - - - - - - - - - - 2.31 - - - - -
- - 4.31 - - - - - - 3.08 - - - - - - - - - 1.42 - - - - - - - - - - -
- 2.8 - - - - 2.5 - - - - - - - - - - - - 3.65 - - - - - - 2.53 - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.17 2.45 0.05 - -0.2 - - 0.55 - - - 0.76 0.92 - - 0.93 2.81 0.1 - - - 2.47 -0.33 - - - - - - -
- - - - - - 3.56 - - - - - - 3.23 - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 -
-2.5 -0.44 0.17 -2.57 0.95 -1.42 0.85 -0.45 0.81 0.12 -1.3 -3.04 -0.34 -0.34 - - 1.18 -2.95 0.99 1.73 0.36 -0.84 - - -2.37 0.1 -0.81 0.7 - 2.33 -0.01
- - 2.7 - 3.78 - - - - - - - - 1.51 - - 1.17 - 1.68 - - - - - - - - - - - 1.29
- - - - - - 1.55 1.47 1.4 - - 1.75 0.67 - - 2.94 1.61 - - 2.03 0.36 - - - - - - - 0.69 - -
- - - - - - 1.11 - 1.52 2.04 1.15 1.12 0.79 0.69 - - - -0.55 - 2.02 -0.64 - 0.65 2.06 - - - -0.7 - - 1.28
- - 4.14 - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.5 - 2.52 - - - - - - 2.16 - - - - 2.4 - - - - - 3.38 - - - - - - 1.19 - -23.78 -
1.29 - - - 0.95 0.88 1.92 1.14 1.18 - - - - - - 2.33 - - - 0.88 0.74 - 1.04 0.94 - - 1.11 - - 0.9 -
- - 0.66 - - 0.22 - - - - - - 0.56 2.12 2.5 - - 1.8 1.67 1.16 2.44 - - - - - - 0.31 - - 0.26
- - - - - - - - - - - - - - 1.46 - - - - 3.16 - - - 2.73 - 1.98 2.67 - - - 1.25
- - - 0.59 1.35 -0.17 1.54 -0.31 -0.99 0.82 2.56 - - - - - -0.38 - 0.81 - -1.85 -1.85 0.21 - - -1.96 -0.06 - 0.95 2.07 1.39
- - - - - 0.37 2.45 1.78 - -0.06 - - 2.2 1.03 - 0.22 - - - 1.36 - - - - 2.12 - 0.05 - - 1.69 -0.24
- - - - - - 1.36 0.12 -0.02 - - - 0.09 - - - 0.33 1.41 - - - - - 2.58 - - - -0.25 1.74 2.08 2.8
-1.35 0.08 -1.52 0.07 1.04 0.47 1.74 - -0.47 0.06 1.21 -0.44 -0.69 - -0.7 - 0.11 -0.41 - 1.29 - -1.58 -0.39 0.39 - -1.16 -0.34 1.74 -0.74 1.25 0.11
-1.77 -1.85 -0.95 -1.21 -0.29 -1.24 -0.23 0.26 -0.07 0.5 -0.59 0.17 -0.0 -0.04 -0.55 -0.48 -0.22 0.04 -0.07 1.19 -0.5 -0.2 0.47 -0.61 0.72 -0.33 0.33 0.1 0.79 0.71 0.83
- - - - -0.63 - -1.11 -1.32 1.39 -0.58 0.19 -0.51 1.73 1.35 - - 0.46 0.23 -0.15 1.84 - -1.37 -1.4 1.02 0.4 - -1.29 -0.16 1.51 -1.27 1.47
- 0.66 3.23 2.19 2.64 - - - - - - - 0.49 - 2.6 0.85 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.96 3.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.59 - - - - - - - 4.64 - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.98 - - - - - - - 0.08 - 2.52 - 0.16 0.41 - - - 2.2 - 1.51 1.57 -0.15 - -0.32 - 1.43 1.58 - -
0.16 - 3.49 - - - - -0.03 - - - - 2.11 - 0.94 - 2.16 - - - - - - - - - - -0.22 -0.32 1.58 1.23
- - 2.83 0.12 -1.23 1.04 -1.11 -1.04 - - -0.19 1.6 -1.0 - 1.19 1.22 -0.1 0.14 - - - 0.78 2.04 - - -1.55 - -0.23 0.38 - -
- -0.36 0.18 -2.45 0.36 0.7 - - -0.81 0.63 - -0.24 -0.65 0.76 -0.22 -0.78 0.04 1.16 1.28 0.29 -2.79 0.82 0.15 -2.74 -1.76 -0.45 1.35 -0.57 -0.43 0.86 1.25
- 2.37 - - 0.13 - - 0.59 - 0.38 - - - 1.56 1.6 0.55 - 2.14 - 2.3 - - 0.41 - - - - - - 0.3 1.37
- - - - - -0.38 - 0.04 - - - - - 1.19 - - - 1.59 1.53 2.35 -0.09 2.26 - - - - 1.51 2.12 -0.0 1.0 -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.