Heatmap: Cluster_89 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_26720.1 (TSN1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_36040.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_39721.1 (HVA22A)	-	-	-	-	-	-	1.54	-	-	-	-	3.9	-	-	-	-	-	2.58	-	-	-	-	1.63	-	-	-	-	1.06	-	-	1.01
Lsat_1_v5_gn_0_42121.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_100500.1 (IRX5)	-	-	-	-	-	-	2.56	-	-	-	-	4.65	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_103541.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_123721.1 (CYP71B23)	-	-	-	-	-	-0.19	-	-	-0.36	-	0.39	2.94	-0.73	1.21	-1.62	-0.52	0.75	2.53	0.2	0.72	-	-0.22	-	-0.23	0.2	0.54	-	-	-	-0.8	0.31
Lsat_1_v5_gn_1_14580.1 (IRX6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_19061.1 (ACA8)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_20721.1 (PLP2)	-	-	-	-	2.69	2.65	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.58	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.67	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_41021.1 (HRA1)	-	-	-	-	3.98	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_42580.1	-2.23	-	-0.21	1.06	-0.47	1.08	0.06	-1.41	-0.73	0.21	1.75	1.76	0.08	-0.81	-1.44	-0.45	0.39	-0.38	-	-2.79	-1.84	-0.08	-0.68	-1.17	0.67	0.48	0.13	0.55	0.2	-0.44	-1.37
Lsat_1_v5_gn_1_65000.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_65901.1	-	-	-	1.3	0.5	-	-	-	0.88	-	2.39	1.93	1.78	-	-	1.08	-	-	-	-	-	1.15	0.86	-	-	-	-	2.26	0.9	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_70041.1 (HUP54)	-	-	-	-	3.0	0.96	-	-	-	-	-	2.9	-	-	1.29	-	1.41	2.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.08
Lsat_1_v5_gn_1_86041.1 (AHL3)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_86261.1	-	-	-	-	3.51	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.66	2.7	-	-	-	-	-	-	-	-	2.77	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_90880.1 (WNK10)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_961.1 (TN3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_120861.1	0.35	-1.16	-	-0.37	2.62	0.87	0.03	-1.26	-1.5	-1.17	0.25	-0.61	-3.1	0.56	0.35	-0.89	-2.81	0.01	0.03	-1.59	1.41	-1.88	-3.11	-1.08	-1.43	0.14	-0.25	0.65	0.89	-0.74	-0.55
Lsat_1_v5_gn_2_128121.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_128261.1 (RH37)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.26	-	-	-	-	2.87	3.01	-	-	-	-	-	-	2.0	2.1	-	-	-	1.34	-
Lsat_1_v5_gn_2_128640.1 (TIP5;1)	-	-	-	-	-	-	2.06	-	-	-	-	2.85	3.31	-	-	-	-	-	-	-	2.5	-	-	-	1.11	-	0.9	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_129601.1 (VGDH1)	-	-	-	-	3.15	-	-	-	2.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.24	-	2.17	-	-	0.94	-	-	2.17
Lsat_1_v5_gn_2_16880.1 (PUT5)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_33400.1 (ATL33)	-	-	-	-	2.96	0.33	1.34	-	-	-	-	-	-	-	2.85	-	0.22	-	-	-	1.78	-	1.96	-	1.31	-	-	-	-	-	0.34
Lsat_1_v5_gn_2_41860.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.37	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_4881.1	-	-	-	0.97	-	-	-	-	1.22	-	-	1.16	2.01	1.44	-	-	1.09	-	-	-	-	2.17	-	-	0.98	-	-	2.31	-	-	2.05
Lsat_1_v5_gn_2_70021.1 (ERF34)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_110280.1	0.96	0.89	0.61	-	-2.5	1.17	-	-	-0.41	0.84	0.16	1.42	0.93	1.76	0.49	-1.04	-1.16	0.56	-	-1.5	-0.86	-2.14	0.23	0.2	0.04	-2.44	-0.18	-1.3	-	0.54	-1.34
Lsat_1_v5_gn_3_116061.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.11	1.19	-	-	-	-	3.45	-	-	-	0.89	-	-	2.44	-	-	-	-	-	0.91
Lsat_1_v5_gn_3_128140.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_130460.1 (DEI1)	-	-	-	-	3.7	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.64	-
Lsat_1_v5_gn_3_27201.1	-0.33	0.81	0.28	-0.61	-0.66	-3.47	0.31	0.5	1.36	0.8	1.02	1.47	0.28	-0.2	0.78	0.47	0.72	-5.61	-1.53	0.06	-0.57	-0.38	-	0.12	-0.78	-1.7	-1.86	-1.84	-	-1.11	0.51
Lsat_1_v5_gn_3_39841.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_57281.1 (IEF)	2.34	2.26	-	-	-	1.98	-	-	-	-	-	-	-	3.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.93
Lsat_1_v5_gn_3_76801.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_821.1	-0.56	1.17	-	-0.08	-0.31	-0.88	-0.73	-0.07	-0.17	-2.45	-	-	-2.1	1.93	-0.24	-0.82	0.95	-2.41	0.09	-2.3	0.06	0.14	0.34	-0.15	0.43	-2.19	0.14	-0.7	0.86	1.43	1.13
Lsat_1_v5_gn_4_117901.1 (ATMAK3)	-	2.78	-	-	0.82	2.2	0.04	-	-	-	-	-	1.73	-	-	-	-	-	-	-0.19	1.8	-	-	1.49	0.93	1.76	-	-	-	-	-0.04
Lsat_1_v5_gn_4_132041.1	-19.81	0.38	1.87	0.22	-	-	-	1.26	-	-	-	2.66	2.81	0.4	-	-	2.39	-	-	-13.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.38
Lsat_1_v5_gn_4_171580.1 (UGT74B1)	-	-	-	-	3.82	1.65	-	-	-	-	-	-	-0.07	-0.14	-	-	-	-	1.94	1.09	-	-	-0.21	-	-0.38	-	-	1.45	0.64	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_25260.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_28141.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_36561.1 (SDR1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.25	2.75	-	-	-	-	2.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_61161.1 (APA1)	0.37	0.04	-1.42	0.81	-0.69	-0.22	-0.27	-0.13	1.03	0.52	0.52	1.79	-0.51	-0.54	-0.56	-0.32	0.22	-	0.3	0.58	-0.77	-0.81	-	-0.31	-1.18	-0.2	0.02	0.32	-0.85	0.89	-1.9
Lsat_1_v5_gn_4_68980.1 (BADH)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_76901.1 (CSU4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.39	3.6	-	-	-	-	-	-	-	-	3.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_83001.1	-	2.18	-	-	0.05	-	-	1.87	-	1.41	-	2.94	-	-	-	-	-	-	-	0.25	-	-	2.94	0.35	-	-	-	-	-	0.34	-
Lsat_1_v5_gn_4_95961.1 (MCM5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_110980.1	-	-	-	-	-	1.39	-	-	2.86	0.25	-	3.04	0.35	-	-	-	1.53	-	-	-	-	-	-	0.25	-	-	-	-	1.34	1.94	-
Lsat_1_v5_gn_5_188440.1 (GLDP2)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_42121.1 (TPL)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_43160.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_43220.1 (HBT)	-	-	-	-	0.9	1.86	-	1.15	-	-	-	3.14	2.08	2.16	-	-	1.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.92
Lsat_1_v5_gn_5_80860.1 (LAS1)	-	-	1.5	-0.06	2.39	1.11	-	-	-0.58	-	-	-	-	-	1.69	-	-0.64	-	0.48	-	-0.64	-0.52	0.99	-	-	-0.62	1.57	0.45	2.05	-	0.51
Lsat_1_v5_gn_5_81281.1 (HBP5)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_93961.1 (CHR4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.42	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.26
Lsat_1_v5_gn_6_18441.1 (LSF1)	1.46	1.34	-2.93	1.35	-0.66	1.98	-2.05	-	-8.31	-0.43	-	2.14	-1.77	-	-16.54	-1.14	-0.36	1.14	-1.86	-17.5	0.22	-	-1.29	1.01	-0.42	1.09	-0.83	0.37	-0.39	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_22140.1 (AMT2)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_32081.1	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_34441.1	-	-	-	-	3.64	-	-	-	-	-	1.75	-	-	-	-	-	-	2.62	-	-	1.52	-	-	-	2.63	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_4601.1 (ABCI4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.03	3.88	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_59760.1 (DUF177B)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.09
Lsat_1_v5_gn_6_7041.1 (XAL1)	-	-	-	-	1.1	-	-	-	1.39	-	-	4.36	-	-	-	-	-	-	-	1.34	-	-	-	-	-	-	1.65	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_78980.1 (EXP7)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_90200.1 (AEP2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-	-	-	-	2.91	-	3.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_37441.1 (RER1)	-	-	-	-	1.49	-	-	-	-	-	-	4.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_48920.1 (CNX6)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_56320.1 (PICALM2a)	-	-	-	-	-	-	-	-	0.54	0.87	-0.75	1.85	-0.83	-	0.33	-	1.59	2.56	0.1	-	-	-0.57	-	0.11	1.43	1.43	0.34	-	-	-0.6	1.4
Lsat_1_v5_gn_7_67781.1 (CCB203)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.84	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_841.1 (SVL4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.98	3.06	2.14	-	-	-	2.07	-	-	1.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.78	-
Lsat_1_v5_gn_7_90360.1 (AtSEC23G)	-	-	-	0.93	2.6	1.54	-	0.65	-	-	-	-	-	-	-	-	1.91	-	-	-	-	2.23	-	-	1.82	-	-	0.57	2.35	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_94541.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_94840.1	-	-	-	-	1.77	0.16	1.35	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.43	1.57	-	1.5	2.34	0.63	-	1.52	0.58	-	0.58	1.55	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_103100.1 (PGDH3)	-	-	-	-	-	2.6	-	-	-	-	-	-	-	3.71	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.87	-	-	2.18	-	-	-	1.89
Lsat_1_v5_gn_8_1800.1 (RPOB)	-	2.31	-	-	-	-	-	-10.54	-	-	-	4.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.23	-23.15	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_44640.1 (RBCL)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_65800.1 (PAB2)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_6601.1 (PGF7)	-	-	-	-	4.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.31	-
Lsat_1_v5_gn_8_86500.1 (MUR3)	-	-	-	1.87	3.98	1.78	-	1.93	-	-	-	-	-	-	-	-	2.13	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_110060.1 (TRA1b)	-	-	-	-	4.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.35	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_114041.1 (WRKY16)	-	-	-	2.68	-	-	-	-	-	-	-	4.13	-	-	-	2.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_61920.1 (CLE22)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_73040.1 (COX6B)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_84020.1 (RECQSIM)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.58	-	-	-	-	-	2.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_87680.1 (AR2)	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.