Heatmap: Cluster_55 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_15001.1 (DDB2)	-1.81	-1.15	-2.16	-0.83	1.39	2.59	-1.63	-2.02	-0.16	-1.16	-1.76	-0.08	-0.58	0.93	1.01	-0.36	-1.28	1.28	-3.12	-0.56	-1.78	-0.35	1.12	-0.61	-1.69	-1.06	-0.36	-1.11	-0.6	-0.25	0.3
Lsat_1_v5_gn_0_18361.1 (MYB70)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_32400.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_124700.1	-	-	-	-	-	3.89	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.02	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_19921.1	0.27	-0.9	0.1	0.09	1.86	1.79	-1.11	-1.12	-0.51	-0.46	-0.44	-0.91	-1.85	0.75	0.71	-0.67	-1.55	1.15	-0.41	-1.09	-0.66	-0.9	1.21	-0.85	-0.96	-0.59	-1.09	-0.87	0.02	-0.56	-1.1
Lsat_1_v5_gn_1_26400.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_61601.1 (TFL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_105561.1 (TAF12)	-	-	-	-	-	4.15	-	-	-	-	-	-	2.77	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.68	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_10701.1 (ERF1-1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_23540.1 (IFL)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_39840.1 (IPT2)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_48281.1 (DOF4.3)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_49700.1 (NTMC2T6.1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.47	3.15	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_65221.1 (RRT1)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_68540.1 (AGD2)	-0.47	0.86	-0.22	-1.52	0.73	2.71	-0.7	-1.97	-0.71	-0.73	-0.6	-1.23	-0.14	0.19	0.39	-0.41	-0.65	1.09	-1.36	-0.49	-1.3	-1.38	0.01	-0.71	-0.78	0.24	-1.11	-1.46	0.1	-0.4	0.11
Lsat_1_v5_gn_3_115000.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_130540.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_43301.1 (SMP1)	-	-	1.19	-	-	2.4	-	-	-	-	-	-	1.87	1.03	1.97	-	-	0.77	-	-	-	-	-	-	2.45	-	1.66	-	-	-	1.82
Lsat_1_v5_gn_3_73520.1 (CPB)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_99361.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_175641.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_63641.1 (FANCM)	-1.1	0.53	-	-	-	3.77	-	-	-	0.95	1.49	-	0.28	-	-	0.5	-	-	-	-	-	-0.83	-	-	-0.38	0.57	-0.74	1.26	-	0.23	0.09
Lsat_1_v5_gn_4_87120.1 (P5CS1)	-	-	-	-	-	4.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.71	-	-	-	-	-	2.7	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_93941.1 (SAT32)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_109221.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_111041.1 (SUS4)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_147040.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_176181.1 (ADT4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_25420.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_34340.1 (IFL)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_118160.1 (SBA1)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_39960.1 (MON1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.1	-	-	-	-	-	-	4.37	-	-	-	2.58	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_51820.1	-	-	-	-	-	4.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.68
Lsat_1_v5_gn_6_85200.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_107260.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_20760.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_37821.1 (NDL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.26	-	-	-	-	3.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_64781.1 (SMU2)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_108220.1	-	-	-	-	-	4.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.06	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_115740.1 (MASP1)	2.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.47	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_71460.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_78041.1 (WOX1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_90461.1 (LRR1)	-	-	-	-	-	4.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.73	-	-	-	-	-	-	-	2.57	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_103160.1	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_113440.1 (TIC236)	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_50520.1 (IDN1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.