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Heatmap: Cluster_238 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
Bra001466 (NANA)
 0.9 1.26 1.55 0.22 -1.22 -3.76 -0.81 0.9 -0.61 0.51 0.2 -0.3 0.32 -3.49 -4.26 -1.09 -0.82 0.85 -1.53 -1.25 -0.6 -0.78 0.09 -0.41 -0.29 0.39 0.2 -0.96 -2.22 1.04 0.63
0.36 0.4 0.36 0.0 0.08 0.24 0.19 0.75 -0.53 -0.15 -0.41 -0.21 0.19 -0.27 0.08 0.33 0.12 -0.11 -0.37 -0.04 -0.0 0.08 -0.18 -0.32 -0.19 -0.22 -0.33 -0.06 -0.18 -0.42 -0.06
Bra002099 (CPK16)
 0.75 1.07 1.23 1.2 -1.0 -0.35 -0.09 0.44 -0.42 -0.64 -0.29 -0.23 0.5 -1.07 -0.52 -0.08 -0.43 -0.12 -0.53 -0.82 -0.93 -0.35 -0.15 -0.41 -0.32 -0.06 -0.08 -0.91 -0.55 0.06 0.66
Bra002599 (BSK5)
 1.57 1.17 1.73 1.13 0.75 -1.11 -2.28 -1.53 -0.84 -0.75 -0.3 -1.03 0.32 -0.04 -0.07 -0.24 -0.47 -0.08 -0.83 -1.26 -0.71 -1.28 0.47 -0.42 -1.06 0.02 -0.84 -0.29 -0.69 0.28 -0.78
Bra003139 (RSZ32)
 0.27 0.25 0.32 0.35 0.31 0.4 0.07 -0.15 -0.47 -0.51 -0.47 -0.51 0.14 0.12 0.06 -0.04 -0.23 0.17 -0.17 -0.07 -0.17 -0.52 -0.04 0.11 0.21 -0.07 -0.03 0.07 0.09 -0.18 -0.02
Bra003561 (FTR)
 0.56 0.34 0.65 0.38 0.09 -0.23 -0.16 0.07 -0.21 -0.23 -0.25 -0.3 0.13 -0.28 0.43 0.04 -0.16 0.04 -0.41 -0.31 -0.41 -0.47 -0.05 -0.21 -0.19 -0.18 -0.09 0.05 0.01 0.05 0.37
0.46 1.14 1.12 0.96 -0.36 -1.23 0.31 0.45 -0.89 -0.46 -0.51 -0.61 0.29 -0.88 -1.66 -0.15 -0.58 -0.28 -1.43 -0.51 -0.43 -0.38 0.38 -0.3 0.15 -0.11 -0.19 0.16 -0.38 0.2 0.78
Bra005141 (CAC3)
 0.59 0.55 0.67 0.39 0.28 0.03 -0.29 0.04 -0.47 -0.13 -0.35 -0.25 0.22 -0.02 -0.07 0.04 0.02 -0.08 -0.38 -0.26 -0.23 -0.19 -0.11 -0.34 -0.23 0.09 -0.15 -0.16 -0.25 -0.07 0.21
1.2 0.87 1.49 0.72 -1.03 -3.06 -2.19 -0.54 -0.64 -0.93 -0.31 -0.18 0.91 -0.84 -1.99 -1.61 -1.47 1.02 -1.66 -0.94 -1.65 -1.62 -0.43 -0.61 -0.11 0.33 -0.14 0.8 0.54 1.26 0.11
Bra005542 (GSM3)
 0.74 0.93 0.92 0.77 0.05 -0.11 -0.08 0.31 -0.35 -0.18 -0.34 0.0 0.03 -0.27 -0.39 -0.47 -0.01 -0.46 -0.56 -0.23 -0.09 -0.22 -0.19 -0.58 -0.5 -0.27 -0.32 -0.1 -0.36 0.06 0.26
Bra007116 (PMR6)
 1.43 1.37 1.16 0.74 0.59 -0.89 -1.63 -2.08 -1.13 -0.12 -0.6 -1.09 0.61 -1.02 -1.24 0.05 -0.07 0.82 -1.2 -0.64 -0.79 -0.53 0.22 -0.92 -0.64 0.67 -0.61 -0.14 -0.9 0.06 0.13
1.3 1.12 0.91 0.83 -1.04 -1.3 0.15 0.7 -0.64 -0.04 -0.79 0.21 0.8 -1.76 -1.22 -0.8 -0.08 -0.34 -0.75 -0.12 -0.13 -0.24 -0.76 -0.47 -0.13 -0.09 -0.11 0.19 -0.05 -0.15 -0.79
0.32 0.4 0.35 -0.18 0.46 0.48 0.23 0.16 -0.38 -0.2 -0.18 -0.52 -0.06 -0.1 0.32 -0.09 -0.01 -0.18 -0.19 -0.04 -0.06 -0.03 -0.03 -0.09 0.0 -0.58 -0.19 -0.18 -0.09 -0.09 0.03
0.67 0.97 0.63 0.61 0.18 0.03 -0.05 0.01 -0.39 -0.1 -0.23 -0.11 0.17 -0.09 -0.16 -0.04 -0.15 -0.31 -0.29 -0.37 -0.07 -0.12 0.26 -0.38 -0.35 -0.28 -0.32 -0.46 -0.36 -0.34 -0.0
Bra010143 (UMAMIT20)
 1.25 1.37 0.72 0.69 0.5 0.7 -1.63 -1.98 -0.62 -0.59 -0.33 -1.56 -0.16 -0.23 -0.37 -0.23 -0.47 -0.73 0.26 -0.37 0.13 -0.08 0.16 -0.47 -0.19 0.06 -0.11 -0.75 -1.29 -0.06 0.45
Bra010892 (ATJ1)
 0.43 0.71 0.73 0.06 0.42 0.3 0.52 0.64 -0.58 -0.31 -0.17 -0.35 -0.51 -0.5 0.66 -0.06 0.13 -0.07 -0.84 -0.41 -0.16 -0.36 0.66 -0.58 -0.73 -0.89 -0.42 -0.8 -0.71 -0.15 0.49
Bra010933 (EX2)
 0.54 0.83 0.78 0.6 -0.29 -0.08 0.14 0.18 -0.74 -0.33 -0.4 -0.25 0.05 -0.7 -0.35 -0.15 0.12 -0.41 -0.32 -0.09 -0.1 -0.25 0.16 -0.18 0.03 -0.03 0.02 -0.43 -0.38 -0.06 0.45
Bra011266 (TRZ4)
 1.18 0.89 1.43 0.18 -0.11 0.71 1.16 0.86 -1.27 -0.52 -0.73 -1.05 0.09 -0.19 1.05 0.6 -0.02 -1.06 -1.0 -1.42 -1.04 -0.29 -1.91 -1.03 -1.65 -1.2 -2.49 -0.08 -0.6 -0.15 -0.18
Bra011778 (NAGS2)
 0.45 0.67 1.22 0.44 -0.52 -0.42 -0.17 0.03 -0.64 -0.18 -0.23 -0.24 -0.06 -0.7 -0.32 -0.16 -0.13 -0.24 -0.01 -0.08 -0.13 -0.22 0.26 -0.2 -0.01 -0.13 0.06 0.18 -0.12 -0.02 -0.03
Bra011819 (DHS1)
 0.98 1.46 1.12 0.8 -1.4 -1.98 0.17 1.0 -1.16 -0.22 -0.47 -0.05 0.15 -2.82 -2.2 -0.88 -0.36 0.15 -0.96 -0.82 -0.95 -0.96 0.31 -0.11 0.0 0.21 0.13 -0.3 -0.95 0.64 0.35
Bra014216 (RBP47A)
 0.94 1.45 1.35 0.9 0.16 -0.35 -0.06 0.3 -0.56 -0.52 -0.16 -0.4 0.39 0.16 0.04 -0.31 0.01 -0.62 -1.32 -0.41 -0.06 -0.32 -0.19 -0.8 -0.9 -0.78 -0.75 -0.89 -0.83 -0.82 0.19
0.47 0.94 0.97 0.28 0.07 -0.49 -0.17 0.02 -0.78 -0.33 -0.56 -0.18 0.09 -0.39 -0.61 -0.18 0.05 0.4 -0.57 -0.4 -0.41 -0.1 -0.21 -0.2 -0.15 -0.02 0.26 -0.28 -0.38 0.13 0.64
-0.04 0.12 0.33 0.07 0.36 0.25 0.07 0.41 -0.49 -0.29 -0.45 -0.2 0.36 -0.19 -0.04 0.21 0.31 0.1 -0.11 -0.03 -0.16 -0.17 0.04 -0.14 -0.18 -0.05 0.1 -0.3 -0.28 -0.29 0.11
Bra015820 (GASA1)
 1.73 1.73 1.36 1.13 -0.92 -1.06 -1.09 -0.01 -1.46 -0.81 -1.3 -1.13 0.15 0.18 -0.71 -0.96 0.04 1.02 -1.12 -0.94 -0.82 -0.73 -2.88 -0.68 -0.59 0.77 -0.32 -0.6 -0.69 -0.51 -0.26
0.89 0.84 0.68 0.46 -0.07 0.34 0.32 0.61 -0.34 -0.67 -0.48 -0.7 -0.43 -0.24 0.15 -0.33 0.14 -0.43 -0.44 0.19 -0.52 -0.4 0.18 -0.3 0.03 -0.56 -0.19 -0.49 -0.29 -0.64 0.35
Bra018147 (NOS1)
 0.27 0.52 0.39 0.29 0.09 0.27 -0.1 0.28 -0.94 -0.33 -0.37 -0.65 0.12 -0.18 -0.01 0.18 0.23 0.23 0.05 0.08 0.14 -0.06 -0.23 -0.19 -0.16 -0.27 -0.06 -0.4 -0.67 -0.29 0.56
Bra019560 (SWEET11)
 1.25 1.24 1.06 0.61 -0.19 0.61 -0.65 -0.58 -0.72 -0.57 -0.4 -0.72 -0.65 -1.1 -0.42 -0.11 0.0 -0.45 -0.5 -0.5 0.03 0.01 0.17 -0.41 -0.23 -0.28 -0.1 -0.5 -0.45 0.09 0.44
Bra019772 (MOS9)
 0.28 1.27 2.5 -0.14 -1.28 -1.42 1.31 1.27 -0.51 -0.63 0.9 0.77 0.48 -0.61 -0.59 0.56 -0.54 - -2.18 -0.55 0.08 -0.34 -2.98 -0.06 -2.91 - -0.97 -1.21 -1.89 - -2.79
Bra019934 (PP2A-2)
 0.62 0.91 0.85 0.91 0.16 -0.02 -0.23 0.09 -0.5 -0.33 -0.27 -0.12 0.04 -0.3 -0.04 -0.12 -0.36 -0.3 -0.63 -0.52 -0.31 -0.04 0.23 -0.51 -0.21 -0.23 -0.07 -0.48 -0.19 -0.05 0.11
0.68 0.88 1.02 0.93 0.22 0.05 0.1 0.4 -0.54 -0.24 -0.3 -0.3 -0.05 -0.15 -0.48 -0.36 -0.34 -0.45 -0.53 -0.26 -0.25 -0.57 -0.35 -0.6 -0.43 0.23 -0.47 -0.14 -0.18 -0.1 0.18
Bra020311 (SRR1)
 0.21 0.16 0.21 -0.11 0.12 0.06 0.05 0.67 -0.72 0.16 -0.44 -0.33 0.65 -0.24 -0.21 0.26 0.57 0.17 -0.43 0.08 -0.25 -0.28 -0.36 -0.37 -0.19 -0.3 -0.29 -0.13 -0.35 -0.01 0.41
Bra020533 (RH3)
 0.5 0.55 0.6 -0.04 0.32 0.43 0.23 0.32 -0.89 -0.69 -0.63 -1.05 0.17 0.2 0.15 0.06 -0.39 -0.04 -0.36 0.02 0.01 -0.53 0.25 -0.18 -0.09 -0.17 -0.04 -0.4 -0.38 -0.4 0.6
Bra020628 (WRKY48)
 1.05 1.74 1.55 1.4 -0.14 -1.17 -3.23 -3.29 -2.01 -0.2 -0.34 -0.32 0.19 -1.83 -2.86 0.25 -1.69 1.35 -1.15 -0.29 -0.97 -0.44 0.81 -4.15 -0.1 0.82 -1.05 -2.8 -0.61 -0.32 0.05
Bra021396 (CP12)
 0.8 0.96 1.31 1.03 0.28 -0.16 -0.4 0.21 -0.58 -0.52 -1.34 -0.66 0.27 -1.22 -1.13 -1.42 -0.14 -2.16 -0.92 -1.3 0.13 -2.44 -0.37 0.28 0.22 0.34 0.38 -0.04 -0.11 0.59 0.52
Bra022757 (MAB1)
 1.06 1.42 1.13 1.34 0.64 0.45 -0.13 0.15 -2.17 0.13 -0.11 -0.96 0.29 -0.51 -0.5 0.09 -0.21 -0.46 -0.26 -0.84 -0.83 0.02 -0.08 -0.59 -0.47 -0.57 -0.74 -0.98 -1.49 -0.79 -0.97
Bra023263 (PRS2)
 1.37 1.52 1.24 1.16 0.06 0.17 -0.58 -0.67 -1.13 -0.67 -0.5 -0.64 0.19 -0.59 -0.56 -0.22 -0.38 -0.33 -0.46 -0.62 -0.39 -0.88 0.44 -0.21 -0.3 0.21 -0.33 -0.23 -0.86 -0.78 -1.05
Bra024062 (ATS2)
 0.33 0.56 0.93 0.68 -0.04 -0.16 0.1 0.39 -0.43 -0.32 -0.36 -0.26 0.26 0.23 0.05 -0.25 0.01 -0.19 -0.64 -0.31 -0.2 -0.42 -0.06 -0.25 -0.22 -0.15 -0.21 -0.14 -0.4 -0.29 0.32
Bra024620 (SPDS1)
 0.23 0.26 0.16 0.08 -0.06 0.05 0.08 0.31 -0.44 -0.1 -0.26 -0.24 0.28 -0.14 0.07 0.21 0.19 -0.34 -0.23 -0.2 0.14 0.07 0.06 -0.05 0.04 -0.0 0.14 -0.1 -0.54 -0.14 0.01
Bra025370 (AAR3)
 0.37 0.81 0.85 0.4 0.35 0.28 -0.17 -0.17 -0.58 -0.4 -0.47 -0.28 -0.49 0.13 -0.1 -0.03 -0.25 -0.01 -0.21 -0.19 -0.26 -0.16 0.32 -0.16 -0.07 -0.02 -0.14 -0.27 -0.11 -0.15 -0.11
Bra026451 (MAB1)
 0.78 0.99 0.84 0.84 0.29 0.23 -0.14 0.2 -0.86 -0.09 -0.39 -0.32 0.25 -0.32 -0.22 -0.21 -0.34 0.17 -0.3 -0.44 -0.4 0.06 0.02 -0.62 -0.13 -0.48 -0.53 -0.16 -0.44 -0.14 -0.48
Bra027404 (RNC4)
 0.87 1.25 1.3 0.71 -0.06 -0.2 -0.4 -0.3 -0.92 -0.48 0.02 -0.18 0.13 -0.07 -0.11 0.1 0.34 -0.77 -0.8 -0.12 -0.33 -0.5 0.08 -0.47 -0.31 -0.43 -0.23 -0.37 -0.78 -0.38 -0.08
Bra027677 (TOPP3)
 0.73 0.91 0.84 0.47 0.45 0.27 -0.12 -0.22 -0.45 -0.06 -0.41 -0.08 -0.21 0.04 -0.2 -0.23 -0.2 -0.24 -0.21 -0.25 0.0 -0.06 0.26 -0.38 -0.27 -0.53 -0.41 -0.23 -0.35 -0.16 -0.39
Bra028789 (BTR1)
 0.67 0.98 0.77 0.67 -0.18 -0.55 0.11 0.47 -0.6 -0.45 -0.77 -0.23 0.54 -1.18 -0.85 -0.2 0.15 -0.36 -0.71 -0.48 -0.37 -0.55 -0.06 -0.15 0.08 0.17 0.14 -0.12 -0.31 0.17 0.37
Bra028970 (mTERF9)
 0.78 1.09 1.25 0.98 -0.74 -0.83 0.36 0.89 -0.96 -0.62 -0.76 -0.32 0.29 -1.36 -1.08 -0.15 0.01 -0.99 -1.3 -0.39 -0.31 -0.76 0.37 -0.81 -0.28 0.07 0.06 -0.46 -0.64 0.04 0.77
Bra029572 (AGD13)
 1.05 1.27 1.52 1.13 -0.49 -0.19 0.31 0.22 -0.62 -0.17 -0.72 -0.61 0.58 -1.77 -1.93 -0.55 -0.05 -1.5 -1.24 -0.12 -0.83 -0.23 0.6 -0.72 -0.93 -0.87 -0.68 -1.84 -0.59 0.34 0.87
Bra030472 (PolIA)
 0.72 0.89 0.75 0.67 -0.06 0.15 -0.09 0.41 -1.16 -0.42 -0.38 -0.49 0.17 -0.0 0.17 0.06 0.18 -0.3 -0.37 -0.24 -0.0 -0.28 0.09 -0.48 -0.43 -0.19 -0.21 -0.44 -0.67 -0.62 0.33
Bra032169 (CLF)
 0.6 0.66 0.6 0.23 0.03 -0.69 -0.0 0.4 -0.4 -0.13 -0.19 -0.17 0.38 -0.49 -0.78 -0.07 0.04 0.03 -0.59 -0.29 -0.52 -0.15 -0.44 -0.11 -0.07 0.06 0.06 0.16 -0.29 0.26 0.39
Bra032833 (MNS5)
 0.45 0.69 1.03 0.83 -0.14 -0.26 0.03 0.04 -0.64 -0.46 -0.44 -0.55 -0.17 -0.47 -0.4 -0.21 -0.14 -0.5 -0.7 -0.37 -0.64 -0.54 -0.07 0.1 0.21 0.59 0.28 0.1 0.0 -0.0 0.11
Bra033637 (ARC6)
 0.39 0.48 0.35 0.21 0.12 0.23 -0.3 -0.2 -0.41 -0.09 -0.19 -0.09 0.03 0.15 0.39 0.2 0.15 0.34 0.16 -0.05 -0.04 -0.1 -0.53 -0.38 -0.36 -0.4 -0.32 -0.2 -0.32 -0.3 0.23
Bra034244 (ERF1-3)
 0.23 0.58 0.53 0.33 -0.28 0.07 0.04 0.26 -0.43 -0.43 -0.27 -0.22 0.09 0.13 0.36 -0.11 -0.03 0.14 -0.28 -0.3 -0.22 -0.26 -0.26 -0.12 -0.06 -0.04 0.05 -0.2 -0.18 -0.05 0.2
0.33 0.2 0.37 -0.03 0.15 0.22 0.28 0.62 -0.49 -0.23 -0.2 -0.3 0.13 -0.09 0.05 0.01 0.18 -0.01 -0.38 -0.02 -0.13 -0.05 -0.23 -0.23 -0.21 -0.14 -0.1 -0.06 -0.18 -0.29 0.19
Bra035184 (OMA)
 0.52 0.79 1.18 0.39 -0.48 -0.56 -0.26 0.3 -0.3 -0.45 -0.22 -0.43 0.09 -0.36 -0.24 -0.07 -0.04 -0.2 -0.56 -0.28 -0.45 -0.18 0.48 -0.03 -0.12 -0.1 0.05 -0.2 -0.16 -0.2 0.21
0.76 1.32 1.65 1.31 -0.49 -0.36 -0.38 0.03 -2.38 -1.56 -1.3 -1.41 -0.39 -0.59 -0.21 -0.15 -0.73 -0.28 -2.2 -1.24 -1.3 -1.0 0.59 -0.11 0.3 0.7 0.2 -0.05 -0.8 -0.68 0.88
Bra037413 (UMAMIT31)
 1.29 1.01 0.76 0.76 0.65 0.32 -0.97 -1.63 -0.31 -0.22 -0.08 -0.51 -0.4 -0.67 -0.16 -0.01 -0.96 -0.16 -0.2 -0.46 -0.22 -0.08 -1.74 -0.21 0.0 -0.34 0.06 -0.51 -0.21 0.25 0.43
Bra037772 (GCH)
 0.94 0.99 1.19 0.91 -0.35 -0.7 0.26 0.32 -0.82 0.0 -0.07 -0.1 0.15 -1.59 -1.62 0.24 0.23 -0.77 -0.71 -0.02 -0.13 -0.04 0.21 -0.58 -0.35 -0.12 -0.2 -0.72 -0.61 -0.15 -0.14
Bra039230 (SCA3)
 0.83 1.06 0.7 0.54 1.06 -0.06 0.14 1.1 -0.82 -0.6 -0.53 -0.29 -0.36 -0.66 0.09 -0.4 0.01 -0.22 -0.93 -0.32 -0.53 -0.93 -0.12 -1.08 -1.26 -1.02 -0.6 -0.5 -1.1 0.13 1.11
0.33 0.38 1.25 0.63 0.14 -1.21 -0.14 0.81 0.24 0.05 -0.18 0.23 0.16 -0.93 -0.61 -0.75 -0.68 0.39 -0.13 -0.34 -1.14 -0.29 -1.27 -0.89 -0.49 0.01 0.35 -0.66 -0.33 0.84 0.11
1.28 0.71 0.58 1.08 -0.2 -1.33 -0.46 0.9 -0.87 -0.39 -0.28 0.44 -0.49 -0.88 -1.75 -1.85 -2.24 -0.95 -1.44 -1.07 -1.04 -0.9 -1.39 -0.16 -0.05 0.39 0.34 0.05 0.34 1.52 0.63
Bra039355 (DG238)
 0.29 0.52 0.54 -0.04 0.32 -0.05 0.27 0.69 -0.8 0.07 -0.74 -0.68 0.36 0.4 0.01 -0.18 0.32 0.13 -0.71 -0.39 0.13 -0.29 -0.36 -0.51 -0.42 -0.58 0.04 -0.29 -0.38 -0.46 0.74
1.3 0.87 0.76 1.08 -0.89 -1.4 -1.76 -0.26 -0.12 -0.77 -0.15 0.64 0.72 -0.93 -1.37 -1.8 -1.18 0.56 -0.92 -0.59 -1.59 -0.69 -0.66 -0.8 -0.37 0.52 -0.21 -0.39 -0.05 0.8 1.17

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.