Heatmap: Cluster_49 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_47520.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_11280.1 (SDA1)	-	0.99	-	-	1.24	-0.72	-	-	-	-	-1.65	-	-1.19	1.0	-	-	-	3.57	-	-	2.64	-	-	-	-	1.01	1.68	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_114821.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_27300.1 (ATU2AF65A)	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_49740.1	-0.09	-	-0.17	-0.78	-0.48	0.58	-2.09	-	-0.57	-0.27	0.55	-0.14	-0.29	0.11	0.69	-0.12	0.06	-1.15	-	-1.25	-1.28	-	1.97	0.8	-0.54	1.41	-0.08	0.46	-1.01	1.78	-2.1
Lsat_1_v5_gn_1_940.1	-	-0.27	-	-	-0.65	0.28	-0.73	-0.36	-	-1.88	-1.41	-0.42	2.63	1.58	-0.76	-	-0.91	0.77	0.71	0.36	-0.59	-	1.03	0.19	-	-1.81	-	-0.03	-0.4	-1.15	2.11
Lsat_1_v5_gn_2_131541.1 (PK1)	-	-	-	-	2.28	1.52	-	-	-	-	-	-	-	-	2.75	-	-	2.48	-	-	2.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.52
Lsat_1_v5_gn_2_28341.1 (MCM9)	-0.63	-	-0.69	-0.74	-0.09	1.03	2.46	-0.71	-	0.92	1.22	-	-0.78	0.38	-	-0.3	-0.68	-	-	-	1.64	0.21	-0.69	1.43	-	0.99	-0.68	-1.12	-0.94	-	0.41
Lsat_1_v5_gn_2_55240.1 (MRP5)	-	-	-	-	-0.77	0.74	-0.54	-	0.45	-	-	1.2	-	0.71	-0.26	-	-	2.16	-	-	0.26	-	-0.5	0.94	-	2.59	1.84	1.06	-0.69	-	0.39
Lsat_1_v5_gn_2_61280.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_61441.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_7461.1 (ProRS-Cyt)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_9720.1 (ILA)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.51	-	-	-	-	-	-	-	4.29	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_102840.1 (STT3A)	-1.15	0.32	-	-	-2.9	-2.7	0.39	-	2.2	-0.35	0.83	-1.61	1.3	0.43	0.84	-2.44	-1.15	0.28	-	0.51	2.09	-	-	1.5	-1.7	0.34	-0.71	-0.89	-	0.12	-1.13
Lsat_1_v5_gn_3_120140.1 (RLP14)	1.39	0.43	0.43	1.17	-	0.9	-0.28	0.95	-0.74	-	-	0.0	-	0.15	-	-1.44	0.43	-0.84	0.95	-0.73	1.41	-	1.2	-1.59	0.45	-0.88	0.08	-0.54	0.09	-0.63	-0.61
Lsat_1_v5_gn_3_13460.1 (MCTP5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_52400.1 (MyoB13)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_59780.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.28	-	-	-	-	3.53
Lsat_1_v5_gn_3_85201.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.19	-	-	-	-	4.07	-	-	-	-	2.34
Lsat_1_v5_gn_4_10301.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_133441.1 (OSM1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_16780.1	-0.15	0.83	0.31	-2.52	-1.81	0.98	0.15	1.08	0.26	0.36	-0.07	-1.79	1.53	-1.62	-0.63	0.72	0.0	-	0.01	0.55	0.62	-2.52	-	-	-0.87	-0.99	0.77	-1.26	1.1	0.22	-0.89
Lsat_1_v5_gn_4_170360.1 (LBD23)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_22460.1 (DAU1)	-	0.37	-	-	-1.51	-	-1.33	-1.57	2.5	1.16	0.65	-	2.29	1.28	-1.18	-0.94	-1.18	-1.49	-	0.75	-	-	-0.3	-1.55	-0.43	1.41	-	-	-	1.27	0.54
Lsat_1_v5_gn_4_24140.1	-	-	-	2.17	-	-	-	-	-	-	-	-	2.95	-	3.05	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.83
Lsat_1_v5_gn_4_27681.1 (BLH1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-	-	-	-	3.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_40680.1	-	-	-	-	1.31	-	0.88	-	-17.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.59	2.49	-	-	-	3.4	-	-	2.17	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_54621.1 (ACAT2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_68061.1	-	-	-	-	2.22	-	-	-	1.35	-	-	1.19	-	-	-	-	-	-	-	-	2.6	-	-	1.12	-	-	-	2.73	-	1.09	2.16
Lsat_1_v5_gn_4_73000.1 (PXC1)	-	-	-	2.68	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.12	1.14	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	3.31
Lsat_1_v5_gn_4_75300.1 (BCA3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.78	2.81	-	3.28	-	2.46	-	0.77	1.88	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_90500.1 (SCD1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.12	-	1.52	-	1.56	-	1.45	-	1.22	1.27	-	-	-	-	-	2.14	-	2.21	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_94601.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.46	-	-	3.18	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_118480.1 (CIB3)	0.86	-	1.09	-	0.23	-0.22	1.33	0.05	-	0.59	-0.04	-	-	0.13	0.16	-	-0.84	-	-1.27	-	0.35	-1.09	-	1.45	0.84	0.34	-	-1.02	1.43	1.54	1.14
Lsat_1_v5_gn_5_119601.1 (SEC14)	-	1.83	0.64	0.93	-0.47	-0.9	-	-0.48	-0.91	-0.84	-1.87	-1.1	-1.85	1.1	-0.78	1.34	-0.38	0.53	1.0	-0.12	1.07	-	-	0.72	0.99	-1.11	-2.14	-1.94	0.82	-0.85	-0.99
Lsat_1_v5_gn_5_122081.1 (FtsHi3)	0.56	-0.82	-2.3	-1.88	-	-3.14	1.72	0.94	0.4	-0.23	1.03	-0.44	-0.42	-1.68	-1.45	-0.09	0.48	-1.11	-0.78	1.01	-0.26	-0.46	-0.37	-1.08	0.6	1.53	0.26	0.02	-1.58	0.15	-1.0
Lsat_1_v5_gn_5_136780.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_139841.1 (DRO2)	-	-	-	-	0.69	-	0.81	-	-0.19	-	-	2.39	-	-	-	-0.1	1.27	-0.42	-	0.53	2.3	-	1.43	-	-	-0.49	1.8	-	-	2.06	-
Lsat_1_v5_gn_5_14920.1 (MYB98)	0.79	1.72	-	-	1.03	-	1.36	-	-	-	-	-	-	-	-	2.02	-	2.03	0.07	-	1.69	-	0.4	-	-	-	1.51	-	-	-	2.25
Lsat_1_v5_gn_5_150841.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_168481.1 (JAL34)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.39	-	-	-	-	-	-	-	1.4	-	3.19	-	-	-	-	-	-	-	3.13
Lsat_1_v5_gn_5_184060.1 (CWLP)	-	-	2.1	1.73	-0.65	0.9	0.7	-	0.73	-0.16	-	-	0.48	-0.26	-	-0.31	1.07	-	-	-	2.38	-	-	-	-	2.47	-	-	-0.23	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_27521.1	-	-	-	-	-	-	2.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.28	-	-	-	-	-	-	-	3.61	-	-	1.93	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_57541.1 (PFT1)	-	-	-	-	-	-	3.12	-	3.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.82	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_58361.1 (ABC1K11)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.44	-	3.53	-	-	3.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_70501.1 (SWEETIE)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.89	-	-	4.01	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_72060.1	-	-	-	-	-	3.51	-	-	-	-	-	-	-	1.6	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.23	-	-	2.31	1.16	-
Lsat_1_v5_gn_5_89321.1 (MGT1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_96001.1 (GUX3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.85	-	-	3.03	-	2.55	-	-	-	-	-	1.27	-	-	-	-	-	-	1.34	-	1.24	1.3
Lsat_1_v5_gn_6_102141.1 (NRPA1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.2	-	-	-	-	-	-	-	3.66
Lsat_1_v5_gn_6_28981.1 (RDR2)	-	-	-	2.1	-	-	-	-	-	-	-	-	1.2	1.44	-	-	-	2.01	-	-	-	-	1.68	-	-	3.33	-	-	-	2.16	-
Lsat_1_v5_gn_6_32301.1 (ADH)	-	-	-	-	-	-	-1.02	-0.08	0.87	0.6	-0.85	1.22	0.03	-	2.27	0.28	-0.87	-0.34	-	-	2.13	-	-	1.17	-	-	-	-0.42	1.65	-	2.15
Lsat_1_v5_gn_6_4220.1 (DDB1B)	-	-	0.7	-	-	-	-	-	0.72	-	-	-	-	0.74	-	0.69	-	0.41	-	-	2.68	0.79	1.07	-	2.4	1.18	0.3	-	2.05	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_7341.1 (IQD24)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_74781.1 (GLR2.5)	-1.97	1.21	0.0	-1.04	-2.79	-0.99	-1.39	-	2.42	0.12	0.63	-2.18	2.5	-	-2.11	-2.04	-0.03	0.88	-	1.16	-0.18	-	-	1.33	-	0.63	-	-2.38	-1.99	0.18	-
Lsat_1_v5_gn_6_77581.1 (HSFC1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_116281.1 (PIP5K1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.97	-	-	-	-	-	-	-	4.53	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_23101.1 (RPL14)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34
Lsat_1_v5_gn_7_25181.1 (PKS18)	-0.9	-1.09	-0.0	-1.03	1.07	1.38	-	-1.51	-0.27	-1.47	0.95	0.63	1.48	-	-	-	-	-	-1.06	-	2.23	0.8	1.29	-	-0.51	-1.58	-0.26	1.82	-	-	0.33
Lsat_1_v5_gn_7_25200.1 (DOGL4)	-	2.35	2.35	1.35	-	-	-	-	-	-	-	-	1.32	-	-	2.21	-	-	-	0.95	3.2	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_31860.1 (PI)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.33	-	-	4.39	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_44760.1 (FER)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_62860.1 (MDS1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_96680.1	-	-	-	-	-	-	2.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.7	3.42	-	-	-	-	-	-	-	3.31	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_97701.1 (AIM1)	-	0.67	0.64	0.61	1.2	0.36	-	-	-	-	-	-	1.49	-	-	-	-	2.19	1.81	-	3.11	-	-	-	0.29	-	-	-	-	1.01	-
Lsat_1_v5_gn_8_111440.1 (CHX25)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.42	-	3.51	-	-	-	-	-	3.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_129781.1	-	-	-	1.13	-	-	-	-	-	-	-	0.32	1.3	1.93	-	-	-	0.12	-	-	-	-	2.35	-	-	1.84	-	-	0.23	1.27	2.99
Lsat_1_v5_gn_8_132861.1 (RPL16)	-	-	0.01	0.36	-	1.58	-	0.4	1.75	-0.3	-	-	-1.09	-	-	1.79	-	-	1.53	-	-	-	-0.43	-	-	2.85	-	-	1.51	-	1.39
Lsat_1_v5_gn_8_138920.1	-	-	-	-	0.63	0.58	-	0.83	-	-	-	-	0.8	-	2.89	-	-	2.82	-	1.69	-	-	-	-	-	2.37	-	-	-	-	0.64
Lsat_1_v5_gn_8_142240.1 (DWA3)	-2.27	-0.76	-0.76	-1.32	1.1	0.88	-2.66	-0.94	-0.76	-0.1	-1.51	-0.74	-1.36	0.45	0.69	1.24	0.55	-1.24	0.74	0.55	-0.4	0.91	-1.14	-1.76	-1.66	1.25	-0.84	-0.34	-0.08	1.09	-0.22
Lsat_1_v5_gn_8_143600.1 (FIP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.79	2.69	-	3.92	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_144680.1	-	-	-	-	-	2.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.59	-	-	-	-	2.2	-	-	3.37	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_147360.1 (AGO4)	-	-	-	-	-	-	1.71	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.86	-	-	3.29	-	-	-	-	-	-	1.77
Lsat_1_v5_gn_8_21660.1	-	-	-	-	-	-	2.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.7	3.42	-	-	-	-	-	-	-	3.31	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_46741.1 (DLO2)	0.67	1.03	1.06	1.37	-0.05	-2.23	-1.3	-2.09	0.18	0.81	0.16	1.0	1.48	-	-0.57	-0.51	0.33	-	-	-2.5	0.35	-1.15	-	0.79	-1.35	-2.28	-0.02	0.94	-2.29	0.22	-0.05
Lsat_1_v5_gn_8_53580.1 (ZIP10)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_60340.1 (ATP3)	-	1.33	-	-	-0.01	0.94	1.67	-	-	-	0.05	-	-	-	-	-	-	-	1.56	0.83	1.44	-	1.56	1.5	-	2.11	-	-0.23	0.98	-0.02	-
Lsat_1_v5_gn_8_75860.1 (PUB49)	-	-	-	-	1.66	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.53	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_86880.1 (RING1B)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_105781.1 (MAP70-3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.86	-	-	-	4.57	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_107900.1 (ACA11)	-	-	-	-	1.97	2.06	-	1.19	1.23	-	-	-	1.34	-	-	-	-	-	-	-	3.47	-	1.57	-	-	-	-	0.76	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_118100.1 (HRQ1)	-	-	-	-0.18	2.22	0.98	-	-	0.19	-	0.32	-0.5	-	-0.07	-	1.12	0.32	-	1.12	-1.36	1.25	0.71	-	-	1.76	1.14	0.42	-	-1.19	-1.35	0.75
Lsat_1_v5_gn_9_12500.1 (NDB3)	-	1.91	1.83	-	-	-	-0.65	-	2.6	-	-	-	1.63	0.4	-	-	-0.59	-	-	-0.95	0.04	-	-0.67	0.2	-	2.8	-	-	-0.87	0.16	-
Lsat_1_v5_gn_9_12860.1 (RAV1)	-	2.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.33	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.73	-	2.98	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_14421.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.23	2.01	-	-	-	1.31	-	-	2.21	1.93	-	-	1.32	2.12	2.77
Lsat_1_v5_gn_9_19781.1	-	-	-	-	-	-	-	1.91	-	-	3.39	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.04	-	-	3.25	-	1.65	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_39161.1 (LP2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-	-	-	-	-	-	2.69
Lsat_1_v5_gn_9_8461.1 (EMB36)	-	-	-	-	3.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.07	-	-	-	-	-	4.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.