Heatmap: Cluster_39 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_1_10281.1 (PKT3)	-	-	-	-	-	-	-	-0.09	0.02	2.66	1.19	0.01	2.08	1.38	-	1.33	0.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.77	-	0.24	0.1	-
Lsat_1_v5_gn_1_107660.1 (RAB1A)	-	-	-	-	0.56	0.0	-	-	-	-	0.89	-	-0.61	3.14	-0.76	-0.59	-1.01	-0.99	-0.09	-	-	0.77	1.93	1.66	-	-	1.91	-	-	-	0.65
Lsat_1_v5_gn_1_111881.1 (MOL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_113621.1 (MYB21)	-	-	0.77	-	-	-	-	0.36	-	-	-	-	0.79	1.79	-	0.09	-	2.39	-	-	-	-	2.94	-	2.29	-	1.98	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_13501.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.89	-	1.0	-	-	3.08	-	-	-	-	2.92	-	-	-	3.1	-	-	-	1.35
Lsat_1_v5_gn_1_46221.1 (HDH)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_51221.1 (HRD)	-	-	-	-	-	-	1.67	-	1.91	0.76	1.78	0.74	-	-	-	2.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.53	0.73	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_52160.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_60861.1 (TEB)	-	-	-	-	3.72	-	-	-	-	-	-	-	1.86	-	-	-	-	2.57	-	-	-	-	-	-	-	-	3.05	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_63320.1 (NRT2.3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.23	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.44	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_96040.1	-	-	-	-	3.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.67	-	-	-	3.36
Lsat_1_v5_gn_1_97181.1	-	-	-	0.74	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.81	-	0.75	-	-	1.55	-	-	2.91	-	-	-	-	3.28	-	0.8	-	1.14
Lsat_1_v5_gn_1_98500.1 (TRM21)	-	-	1.37	-	-0.0	-	-	2.14	-	-	-1.42	-	-	1.67	2.86	-	2.46	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.74	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_99340.1 (IM30)	-	1.75	-	1.68	-	-	1.52	1.28	-	-	-	-	-	1.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.34	-	-	3.23	-	-	-	1.88
Lsat_1_v5_gn_2_10280.1 (I-2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.55	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_109460.1 (emb1441)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_11301.1 (KOR)	-	-	-	-	-	0.89	-	-	0.36	1.94	-	0.86	0.94	0.58	-0.97	0.74	-0.14	-	-	-	-1.38	1.64	2.12	1.36	-	-0.14	1.39	-	-1.04	0.33	-
Lsat_1_v5_gn_2_18240.1 (MCTP5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_56501.1 (MEE36)	-0.89	-0.6	-1.37	-0.72	-1.7	-0.63	0.08	-0.61	0.23	-0.49	-	0.71	0.3	-0.53	-0.47	-2.62	1.13	1.71	-1.27	-1.07	0.81	0.6	-	0.22	1.18	0.45	0.12	0.31	0.39	-0.02	-0.39
Lsat_1_v5_gn_2_79881.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.19	2.51	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_9101.1 (DEG27)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_91241.1	-	-	-	-	-	-	0.78	-0.54	-	1.12	-	-	0.74	-0.06	-	0.01	-	-	0.67	-0.6	0.37	-	0.57	-	1.15	-0.42	2.53	-	1.53	-0.19	2.4
Lsat_1_v5_gn_3_113040.1 (CHR17)	0.1	-2.03	-1.02	-0.43	1.09	0.29	0.18	-0.21	1.46	-1.14	-	1.31	-0.11	0.87	0.58	-0.88	0.34	1.16	-2.41	-2.31	-1.03	-1.17	-1.1	-0.72	1.02	-2.22	1.17	-2.24	-	-1.96	0.82
Lsat_1_v5_gn_3_114181.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.49	-	-	-	-	2.13	-	-	-	-	4.39	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_116560.1 (NILR1)	2.21	-	-	-	0.72	2.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.24	-	-	-	-	1.14	2.09	0.27	-	-	0.16	2.53	0.28	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_119060.1 (PRP4KA)	0.74	-0.33	-	-	2.07	0.83	-	-	-0.9	-	0.94	-0.88	-0.71	-0.56	1.06	-	-	1.93	-	-	0.05	-	1.9	-	-0.78	-	2.08	0.03	0.28	-0.78	-
Lsat_1_v5_gn_3_13241.1	-1.51	-0.44	-	-2.58	-2.44	-0.36	-	-0.34	1.25	0.33	-	0.79	0.1	-	-0.12	0.7	1.25	1.18	0.22	0.21	-1.73	-1.27	-1.12	0.14	1.02	0.2	1.76	-1.04	0.02	-1.82	0.51
Lsat_1_v5_gn_3_14340.1 (MGL)	-	-	-	-	-	-	2.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.44	1.88	2.32	-	-	-	1.51	3.05	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_39341.1 (SCAMP3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.37	-	-	-	2.73	-	-	-	-	4.26	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_12100.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.14	-	-	-	-	-	-	-	-	3.62	-	-	3.3	-
Lsat_1_v5_gn_4_133640.1 (TMN1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.06	-	-	-	-	-	1.98	-	-	-	-	3.9	-	3.0	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_153261.1	-	-	-	-	-	1.47	-	-	-	1.57	-	-	-	2.56	2.56	-	2.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.43	1.72
Lsat_1_v5_gn_4_25701.1	-	-	-	-	-	-	0.25	-	0.08	-	-	0.1	2.05	-	-	-	-	-	-	1.09	-	-	2.91	-	3.2	1.28	-	1.17	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_36860.1 (PGP14)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.94	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_40041.1 (PUM4)	-	-	-	-	-	-	-	-	1.18	-	-	-	-0.19	-	-	-	2.73	2.12	-	-	-0.27	2.07	1.91	-	-	-	2.59	-	-	-	1.04
Lsat_1_v5_gn_4_70581.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.3	-	-	4.28	2.73	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_71020.1	-	-	-	-	0.88	-	2.01	1.06	-	-	-	-	-	-	-	1.11	2.42	1.78	-	-	-	-	-	-	-	0.57	3.41	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_78121.1 (QWRF7)	-	-	-	-	2.56	-	-	-	-	-	1.31	-	1.22	-	2.39	-	1.03	2.56	0.15	0.0	-	-	0.67	1.2	-	-	-	-	-	-	0.17
Lsat_1_v5_gn_5_111761.1 (emb1441)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	3.94	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_124860.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.16	-	-	-	-	-	-	-	-	4.47	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_128621.1 (CRR28)	-0.23	-	-	0.72	-0.57	1.36	-0.18	1.1	-	0.96	1.12	-	-	1.31	-	-0.44	-	-0.85	-	-	-	-	1.47	-	-0.57	-0.75	2.8	0.17	-	1.15	-
Lsat_1_v5_gn_5_130601.1 (bZIP19)	-	-	-	-	3.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_171780.1 (GLIP1)	-0.74	-0.04	0.05	-0.25	0.88	-1.13	-0.16	-0.54	-1.78	-0.64	0.52	0.73	-0.13	1.41	1.15	-0.59	1.01	0.2	0.1	-1.55	-2.49	-3.16	-2.43	-0.5	-0.31	0.93	-0.14	-1.45	-2.42	0.75	0.66
Lsat_1_v5_gn_5_180321.1	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_186321.1 (AUXILIN-LIKE4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_186840.1 (DNMT2)	-	-	-	-	-	1.68	1.01	1.11	2.66	-	-	-	-	-	-	-	-	0.81	-	-	-	-	-	1.99	-	-	2.93	-	-	0.95	1.03
Lsat_1_v5_gn_5_53160.1 (MYB3R-5)	-	-	-	-0.68	-	0.18	-	-	-	-	-0.37	-0.61	-	3.23	1.67	-0.44	-	-	-	-	-	0.45	0.48	-	-	-	2.2	-	1.95	-	1.72
Lsat_1_v5_gn_5_53240.1 (UBP7)	-1.33	-	1.52	1.26	-1.93	1.52	-	-0.58	-	-	-	1.12	-	0.72	-1.4	-	-0.42	-1.88	1.05	1.28	-	-	1.7	-	2.11	-0.35	-0.45	-1.64	-0.61	0.4	-1.16
Lsat_1_v5_gn_5_59960.1 (REV3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.49	-	4.31	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_60241.1 (SAUR14)	0.57	-	-	-0.6	-	-	1.49	-	1.17	-	-	-2.78	-	-	3.31	-	-2.12	-	-	-7.26	-	1.5	-	-3.75	1.33	-	2.8	-16.34	0.07	-	-4.8
Lsat_1_v5_gn_5_75101.1 (RPL14)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_8441.1 (ORC1B)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_90461.1	-	-1.47	-	-	-1.89	-	-	-	-	-	-	-2.1	-	-1.55	-	-	-	2.1	0.66	-1.11	0.19	-0.4	1.75	0.82	0.86	0.6	2.36	-0.56	2.22	0.34	0.42
Lsat_1_v5_gn_5_94821.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_48220.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_5740.1 (TPL)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_63160.1 (EDS5H)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_90540.1	-	-	-	-	1.14	-0.92	-0.89	-0.97	0.88	1.07	-	1.22	1.78	-	0.85	-	-	-	-	0.55	-	-	-	0.06	2.25	-	-	-	-	2.34	1.75
Lsat_1_v5_gn_6_93300.1 (FOP1)	-	-	-	-	-	-	1.01	-	-	-	-	-	1.94	-	-	-	0.82	1.85	-	-	1.76	-	1.98	0.78	-	-	3.13	0.98	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_18841.1 (RK3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.71	-	-	-	-	-	-	3.56	-	2.56	-	2.77	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_20101.1	-	-	-	-0.01	0.32	-0.34	0.42	-0.04	-1.03	-1.18	-	-1.04	0.9	-	0.01	-0.05	-0.72	-	-	-1.41	-	1.07	-	-	1.93	-1.21	2.32	1.34	1.43	-	1.52
Lsat_1_v5_gn_7_24620.1 (SR34b)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_106980.1	-	-	3.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.88	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.93	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_132721.1 (ESP4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.39	-	1.5	-	-	1.22	-	-	-	-	3.3	-	-	-	3.1	-	-	-	2.26
Lsat_1_v5_gn_8_139041.1	-	-	-	-	1.46	0.08	-0.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.63	-	0.48	0.37	0.87	-	-	3.13	-	1.98	-	1.49	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_157620.1 (NPY7)	-	-	2.64	-	0.79	0.83	-	0.72	-	-	-	-	2.67	3.16	-	1.37	-	-	-	0.76	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_33981.1 (OCP3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.35	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.38	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_46661.1 (RUS2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_46881.1	-	-	-	-	-	2.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.77	-	3.7	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_59760.1 (LecRK-I.11)	-	-	-	-	2.52	-	-	-	-	-	-	1.51	1.77	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.52	-	-	-	3.73	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_90900.1 (NLM5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.61	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.64	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_101820.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.68	-	4.62	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_110220.1 (SCPL27)	-	-	-	-	0.03	1.36	-1.93	-	-1.8	-	-0.33	-1.94	-	1.94	2.4	1.14	-1.11	-2.02	0.33	-1.04	-2.16	-0.99	-	-	-0.33	1.53	1.78	-	0.63	1.25	-1.96
Lsat_1_v5_gn_9_122340.1	-	-	1.43	1.84	-	1.07	-0.07	-	-	-	-	-	0.13	0.18	1.01	-	-	-	-	-0.27	-	1.48	-	-	2.57	-	2.26	1.62	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_15941.1 (CYCD3;3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_17701.1	-	-	-	-	-	1.08	0.32	-	0.42	2.29	-	-	-	0.6	1.46	-	-	-	-	-	-	2.09	2.34	1.14	-	1.22	-	-	-	1.71	-
Lsat_1_v5_gn_9_22941.1 (PKP1)	-	-	2.77	-	1.78	-	-	-	-	-	-	1.66	-	-	0.7	-	-	-	-	-	-	0.62	-	0.36	2.76	-	-	-	-	2.32	0.45
Lsat_1_v5_gn_9_45080.1 (FK)	-	-	-	-	-	1.37	-	-	-	-	-	-	-	-	1.69	-	-	-	-	-	-	-	3.19	-	-	1.58	3.71	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_46521.1 (NFD3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.42	3.37	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.31	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_50481.1	-	-	-	-	0.79	-	-	-	-	-	-	-	1.14	-	-	-	-	2.57	-	0.96	0.9	1.09	-	1.08	2.64	1.12	-	-	-	1.36	1.08
Lsat_1_v5_gn_9_64040.1 (ZFP10)	-	-	-	-	-0.45	0.74	-1.87	-3.23	-0.88	-0.13	-0.13	1.35	-2.18	1.73	2.2	-0.87	-0.33	1.51	0.62	0.09	0.3	-1.58	0.28	-1.45	-2.42	-1.14	0.72	-3.35	0.74	0.22	-
Lsat_1_v5_gn_9_81421.1 (GCT)	-	-	-	1.04	-	0.72	-	-	-	-	-	-	-	-	1.11	2.05	-	3.36	-	-	-	1.16	-	-	-	-	3.09	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_96741.1 (LPEAT1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.