Heatmap: Cluster_62 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_13460.1 (PEX6)	0.91	-0.02	0.54	1.15	1.2	0.73	-1.76	-1.08	1.32	0.8	0.15	-1.39	0.03	0.2	0.34	-2.75	1.16	-3.07	-2.63	-0.57	-0.36	-2.01	-0.13	-0.76	-2.07	-1.16	-0.45	-1.37	0.15	0.52	-1.43
Lsat_1_v5_gn_0_26840.1	-	-	-	-	2.7	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.66	2.86	-
Lsat_1_v5_gn_0_4360.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_8000.1	1.27	-	0.63	1.65	1.61	-0.73	1.03	-	0.85	1.36	-	-	-	-	-	-	-	-0.65	-	-	-0.8	-0.3	1.73	-	-	0.68	1.21	-0.52	1.3	0.5	-
Lsat_1_v5_gn_1_119700.1 (ESP)	-0.88	-0.95	0.58	-0.67	-0.04	0.22	0.28	-1.8	0.36	0.9	-0.46	0.19	-0.3	0.73	0.26	0.43	0.09	-1.67	-0.48	-0.59	0.41	-1.86	-	0.79	0.68	0.27	-1.06	0.02	0.23	0.62	0.06
Lsat_1_v5_gn_1_1600.1 (TTM2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.82
Lsat_1_v5_gn_1_25300.1 (PUP1)	-	-	-	-	2.45	0.91	-	-	-	2.38	-	-	2.09	-	-	-	2.02	-	-	-	-	-	1.95	-	-	-	2.65	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_37340.1 (ARA2)	-0.06	-	0.89	2.21	-	-	-	0.77	0.78	-0.23	1.8	-0.19	-	-0.02	-	-	2.06	-	1.18	-	1.63	-	-	-	-	-0.22	-	1.82	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_67081.1 (MAGL4)	-	2.54	-	-	-	-	-	-	2.49	3.21	-	-	1.5	-	-	1.88	-	-	1.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_72500.1 (CRR28)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_73721.1 (MSD1)	-0.34	0.73	1.03	-	-12.09	-	-0.87	1.38	1.97	3.11	-0.3	0.31	-	-	-	-1.44	-	0.12	-1.69	-0.81	-	-	-0.49	-23.42	0.28	0.84	-	0.01	-0.43	-	-0.02
Lsat_1_v5_gn_1_88841.1 (PUB12)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_123920.1	-	-	2.4	-	3.31	-	-	-	-	2.03	-	-	1.09	2.84	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.31	-
Lsat_1_v5_gn_2_129340.1 (FRS12)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_12981.1	-	-	-	-	-	2.6	-	-	-	4.18	-	-	-	-	-	-	2.77	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_26580.1 (UNE11)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_33241.1 (XPO4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_37881.1 (PEX6)	-	-	2.02	2.01	-	-	-	-	1.52	2.58	-	-	1.96	-	-	-	2.73	-	-	-	-	-	1.82	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_42260.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_4741.1 (RDK1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.85	-	-	-	-	-	-	4.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_5301.1	-	-	-	2.5	-	-	-	-	-	3.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.87	-	-	-	1.39	-	1.28	-	1.13
Lsat_1_v5_gn_2_70481.1 (ERF15)	-	-	-	-	-	1.15	-	-	-	2.04	-	-	-	1.45	-	0.38	0.92	2.73	0.59	-	0.64	-	-	-	-0.84	1.06	-0.64	-	-	2.01	0.77
Lsat_1_v5_gn_2_93901.1	-1.12	-0.61	-1.22	-0.07	-0.21	0.57	-0.33	0.19	0.28	0.34	-0.53	-0.31	0.59	0.13	0.62	-0.18	-1.13	1.13	-0.39	-0.2	0.12	0.08	-1.01	0.13	-0.42	-0.02	-0.96	-0.2	0.38	0.36	0.6
Lsat_1_v5_gn_2_95941.1 (FAR4)	-	-	-	-	-	-	-	1.57	-	3.31	-	-	-	-	-	2.59	-	-	-	-	-	2.3	-	-	-	2.19	-	1.39	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_62341.1	-	0.26	2.16	1.15	2.61	-	-	1.13	-	-	-	-	-	2.31	-	1.88	-	1.89	-	-	-	-	0.25	-	-	-	0.36	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_73860.1 (TCP4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_81660.1 (BCHC2)	-	-	-	-	-1.55	0.71	1.06	0.02	0.94	2.1	-0.39	-0.48	0.12	0.61	0.2	1.19	0.03	-	-0.21	-	-0.63	-	-	-0.64	-0.04	0.65	-0.35	-1.8	1.26	0.05	0.99
Lsat_1_v5_gn_3_89720.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_9221.1	-	-	-	-	-	1.07	-	0.96	-0.09	-	-	2.21	1.36	-	-	-	2.61	1.01	-	-0.12	-	-	-	1.57	-	0.77	-	-	-0.01	0.02	1.63
Lsat_1_v5_gn_4_100800.1 (CRK25)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.46	-	-	-	3.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_101181.1 (RTP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.52	-	-	3.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.04	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_118240.1 (AK-HSDH)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_122301.1 (ATG6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_122321.1 (ATG6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_167081.1 (MDS1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_17520.1 (RER3)	-	1.62	-	1.52	0.95	-	-	-	-	-	-	-	1.35	-	-	-	3.46	-	-	-	-	-	-	-	-	3.26	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_46541.1 (ATCS)	-	-	-	-	2.92	-	-	-	-	2.84	2.98	-	-	-	-	-	3.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_71121.1 (SK12)	-	-	-	-	-	-0.48	-	-	0.68	2.17	0.07	1.24	-0.28	-	-	1.7	1.77	-	-	2.25	0.72	0.73	-	-0.62	-0.05	-0.84	-	-	0.12	0.7	-1.57
Lsat_1_v5_gn_4_91020.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_93461.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_112440.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.27	-	-	-	3.68	-	-	-	-	3.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_115340.1 (SPS1F)	-	-	-	-	3.19	-	-	-	-	-	-	-	2.13	-	-	-	3.75	-	-	-	-	-	2.02	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_122661.1 (HSP22)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.05	-
Lsat_1_v5_gn_5_152701.1	-	-	-	-	2.36	-	-	-	-	1.92	-	-	-	2.73	-	-	3.29	2.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_174520.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_24201.1 (CR88)	-	-	-	0.38	-0.1	1.06	0.85	1.97	-	-0.56	-	0.21	-0.54	1.28	-	-	2.72	-	0.23	-0.8	-	-	-	-0.7	-	-	-0.41	-	0.39	-0.68	2.12
Lsat_1_v5_gn_5_26280.1	-	-	-	-	0.74	-	-	-	-	2.75	-	-	1.9	-	1.88	-	-	-	-	-	-	-	1.25	1.67	-	-	-	0.5	-	0.7	2.72
Lsat_1_v5_gn_5_41481.1 (CYP705A28)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_4320.1 (ALAAT2)	0.05	-	-	-	-	0.22	-	0.44	0.72	2.61	-	-	2.48	1.81	0.71	-	-	-0.32	1.21	-	-	-	-0.23	-	1.27	-	-	-	1.38	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_81480.1 (LAC4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.08	-	-	2.97	3.01	-	-	-	-	-	-	2.73	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_93780.1	-	2.4	0.29	-	-	-	-	-	-	1.48	-	-	-	1.71	-	-	2.45	1.45	0.31	-0.22	-0.27	-	1.77	-	0.97	-	-	-0.02	-	-	-0.08
Lsat_1_v5_gn_6_25681.1	-	-	-	-	-	2.97	-	2.22	-	3.54	-	-	-	-	-	-	-	-	2.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_30501.1 (PIP2F)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.24	-	-	-	-	4.43	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_37980.1	-	2.15	3.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.92	-	2.62
Lsat_1_v5_gn_6_71600.1 (c-NAD-MDH3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.9	-	-	-	-	4.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_720.1	-	2.6	2.49	-	-	-	-	-	-	-	2.25	-	-	-	-	-	3.34	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.13
Lsat_1_v5_gn_6_80761.1	-	-	-	3.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.35	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_82141.1 (SVB5)	-	-	-	-	-	-	1.26	0.34	-	-	-	2.32	2.93	-	-	-	2.37	1.05	-	-	-0.07	-	-	-	-	-	-	0.22	-	-	2.43
Lsat_1_v5_gn_7_14061.1	-	-	-	-	1.77	-	-	-	-	-	-	3.18	-	-	-	-	3.85	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.03	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_2420.1 (EXO84B)	-	-	-	-	0.81	-	-	1.24	-	3.76	-	-	-	-	-	-	-	1.73	-	0.96	-	-	-	-	2.55	-	-	-	-	-	1.14
Lsat_1_v5_gn_7_25740.1 (LFG4)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.44	-	-	-	-	-	-	-	3.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_30260.1 (PNET3)	0.61	-2.06	0.8	0.95	-	0.66	0.43	-	-0.29	0.45	0.27	0.67	1.48	-	-2.25	0.89	1.5	-	-2.43	-2.58	0.0	-0.17	-	0.71	-	-1.04	-0.83	-0.37	0.57	-0.21	0.95
Lsat_1_v5_gn_7_43500.1 (PLAI)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.05	-	-	-	1.84	-	-	1.51	1.2	-	-	-	-	3.5	-	-	-	-	-	-	-	1.42
Lsat_1_v5_gn_7_46500.1 (MBD8)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_62660.1 (PUX5)	-	-	-	-	2.39	-	-	-	-	4.05	-	-	-	3.21	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_110661.1	-	-	-	-	-	3.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_127680.1 (SAUR14)	-	-0.9	0.1	-	-	-1.31	-	-	0.18	-	0.62	2.17	0.15	-	-	1.81	2.95	-	-1.0	-1.07	-0.99	-0.86	-	0.93	-0.03	-	-1.17	0.04	1.01	0.12	-
Lsat_1_v5_gn_8_133401.1 (ClpT1)	-	-	-	-	-	-	0.73	-	-	3.59	-	2.9	-	-	-	0.85	-	-	-	0.77	-	-	2.16	-	0.84	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_134701.1 (TOPII)	-	-	-2.49	-1.96	0.15	0.78	-1.88	-0.49	0.97	1.52	-2.56	0.77	-0.13	0.81	1.49	1.16	0.26	0.48	0.59	-2.76	-	-0.77	-0.2	-	-0.61	0.26	-1.78	0.4	-0.57	-0.33	0.74
Lsat_1_v5_gn_8_141060.1 (TIC236)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_149780.1 (FL3-5A3)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_158100.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.37	-	-	-	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_29880.1 (XYLT)	-	-	-	-	-	-	3.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.51	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_68541.1 (OVA6)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.84
Lsat_1_v5_gn_8_78360.1 (HXA2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_87461.1 (NFD3)	-	-	-	-	3.3	-	-	-	-	-	-	-	3.31	-	-	-	3.49	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_89840.1 (BIG)	-3.26	-2.32	-0.23	-1.84	-3.78	-0.73	-1.14	-0.64	1.13	1.05	-0.11	0.55	-	-2.23	-0.88	0.71	0.22	-3.47	0.98	1.29	-0.24	1.05	-0.96	-0.53	1.49	-0.06	0.27	0.69	0.24	-0.81	-0.69
Lsat_1_v5_gn_9_100920.1 (PUT5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_10681.1 (RIC7)	-	-1.56	-	-1.68	-3.25	-0.7	-2.01	-1.21	0.19	1.28	-0.57	0.42	1.49	1.09	0.95	0.3	-	1.56	1.1	-0.86	0.02	0.5	-1.42	-0.45	0.09	-2.99	-2.86	-1.98	0.39	-0.28	1.26
Lsat_1_v5_gn_9_13861.1	-	-	-	-	0.67	1.45	-	-	0.58	2.36	-	-	-	-	0.8	1.99	1.07	-	-	1.68	-	-	-	-	2.12	-	-	-	-	-	2.23
Lsat_1_v5_gn_9_38241.1 (GLDP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_64380.1	-	-	-	-	-	1.9	1.29	0.8	-	3.7	-	-	-	-	1.13	-	1.13	-	-	-	-	-	-	-	-	1.93	-	-	0.93	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_71281.1	-	-	-	-	2.85	-	-	-	-	-	2.92	-	-	-	-	-	4.02	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_72040.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.89	-	4.01	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_80960.1 (CSLD4)	0.67	-	-	0.67	-	0.39	-	1.53	0.16	-	-	0.34	-	-	-	3.0	3.07	-	-	-	1.86	-	-	-	-	-	-	-	-	0.28	-
Lsat_1_v5_gn_9_96101.1	-	-	-	2.18	0.71	-	-0.57	-	0.93	1.86	1.95	-0.86	-	0.46	-0.51	-0.45	0.49	-	0.66	-	-	1.5	-0.22	-	-	0.06	-0.48	-	1.28	-0.81	-
Lsat_1_v5_gn_9_98021.1 (UNE5)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.