Heatmap: Cluster_70 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Light: 268 uE m-2 s-1	Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)	Light: 135 uE m-2 s-1	Light: 67.5 uE m-2 s-1	Photoperiod: L24	Photoperiod: L20D4 (Control)	Photoperiod: L12D12	Photoperiod: L8D16	RBW: 4:1:1 (Control)	RBW: 4:1:0	RBW: 3:1:1	RBW: 3:1:0	Nitrogen: 0%	Nitrogen: 25%	Nitrogen: 50%	Nitrogen: 100% (Control)	Nitrogen: 150%	Phosphorous: 0%	Phosphorous: 25%	Phosphorous: 50%	Phosphorous: 100% (Control)	Phosphorous: 150%	Potassium: 0%	Potassium: 25%	Potassium: 50%	Potassium: 100% (Control)	Potassium: 150%	Temperature: 20°C	Temperature: 25°C (Control)	Temperature: 30°C	Temperature: 35°C
Lsat_1_v5_gn_0_11400.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_27701.1 (NdhM)	-	-	-	-	-	0.84	-	0.09	-	-	-	-	-	-	1.78	1.19	-	0.94	-0.13	-	-0.07	2.4	2.06	-	-	-	-	-	1.06	1.13	2.3
Lsat_1_v5_gn_0_32480.1 (LUP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.48	-	-	-	-	-	3.52	-	-	-	-	-	3.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_0_33040.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_110681.1 (PSAA)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_16680.1 (NSUN5)	-	-	-	-	-	-	-	1.5	-	-4.03	-	-	-	-	4.12	-	1.17	-	-	-	-	1.57	2.47	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_43400.1 (GST10)	-	-	-	-	3.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.19	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_46680.1 (NSUN5)	-	-	-	-	-	-	-	1.5	-	-4.03	-	-	-	-	4.12	-	1.17	-	-	-	-	1.57	2.47	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_58221.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_1_82120.1	0.09	-	-	0.68	3.05	1.09	-	-1.05	0.74	-1.28	-0.2	-	-	-	1.75	-0.05	-0.06	1.41	-	-	-	-0.3	-	-	-	-1.24	-1.45	-0.36	0.34	1.31	-1.29
Lsat_1_v5_gn_1_82180.1 (RHS16)	-	-1.9	-	-	0.58	-	-1.18	-	-0.44	-1.11	-1.15	0.25	1.42	-0.59	1.31	-	1.12	2.19	-0.97	-1.43	0.42	1.37	1.67	-	-1.3	0.66	-1.52	0.09	-1.36	-2.44	0.53
Lsat_1_v5_gn_1_84740.1	-	-	-	-	-	-	-	-	1.84	-	-	-	-	1.88	3.45	-	-	-	-	-	-	-	3.29	1.62	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_103921.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.59	-	3.34	1.71	-	1.49	-	-	-	-	1.57	-	-	-	-	-	-	-	2.54
Lsat_1_v5_gn_2_108800.1 (HSC70-7)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_128781.1 (PME17)	-	2.36	-	-	-	1.37	-	-	-	-	-	-	-	2.9	3.71	-	-	-	-	-	-	-	1.47	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_21720.1 (NSUN5)	-	-	-	-	-	-	-	1.5	-	-4.03	-	-	-	-	4.12	-	1.17	-	-	-	-	1.57	2.47	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_48180.1	2.73	-	-	-	-	3.34	-	-	-	-	-	-	-	-	3.83	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_2_58821.1 (EULS3)	-	-	-	-0.07	0.38	-0.43	-0.56	-1.76	0.55	-2.0	-	-	-0.82	0.21	2.3	-	1.12	-0.64	0.7	-	-	0.87	-	-	-0.02	-0.04	-	-	-0.33	0.11	3.1
Lsat_1_v5_gn_3_125401.1 (MET2)	-	-	-	-	-	-	2.44	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.24	2.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.86
Lsat_1_v5_gn_3_40920.1 (NPY8)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_3_62221.1 (At12Cys-1)	-	-	-	-	2.84	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.47	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_131200.1 (AGL90)	-	2.34	-	3.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.7	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_141340.1 (BPC5)	-	-	-	-	-	-	0.39	0.47	-	2.16	-	2.08	-	-	3.0	-	-	1.84	-	-	1.32	-	-	-	2.06	-	-	-	-	-	0.44
Lsat_1_v5_gn_4_167821.1	-	-	-	-	-	-	-	-	1.5	2.95	1.42	-	-	-	2.54	1.49	-	-	1.13	-	-	-	-	-	-	1.03	-	-	-	1.28	1.3
Lsat_1_v5_gn_4_172961.1 (PAT1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_65781.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_72220.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_4_86280.1 (AGO6)	-	-	-	0.88	-	-	-	-	-	0.58	-	-	1.75	-	2.84	-	0.87	2.15	-	-	-	-	-	-	-	-	0.79	-	-	-	3.19
Lsat_1_v5_gn_5_114481.1 (GlcAT14A)	-	-	-	-	-	-	-	-	2.19	-	-	-	2.12	-	3.81	2.18	-	-	-	1.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_173820.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.03	-	-	3.3	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.26
Lsat_1_v5_gn_5_178821.1 (ATATH8)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_183381.1 (ATPT2)	-	-	0.98	-	-	-	-	-	-	1.32	-	0.81	2.24	-	1.81	1.2	1.19	2.54	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.79	-	-1.02	-1.0	2.19
Lsat_1_v5_gn_5_190260.1 (SUS3)	-	-	-	-	1.22	1.15	-	-	1.31	2.07	-	-	-	-	2.94	-	-	2.56	-	-	-	-	-	-	-	2.01	-	-	-	1.12	-
Lsat_1_v5_gn_5_25601.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.57	1.92	2.74	-	1.74	3.05	-	-	-	-	1.56	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_5_43780.1 (ASG3)	-	0.68	0.65	-	1.97	0.21	-	-	0.2	-	-	-	3.07	-	-	-	-	2.54	-	0.09	-	-	-	-	-	-	-	0.38	-	0.54	1.84
Lsat_1_v5_gn_5_85840.1	-	-	-	1.21	-	-	-	-	-	-	-	-	2.55	-	3.88	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.02
Lsat_1_v5_gn_6_104920.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.44	-	-	3.45	3.19	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_111101.1	-	-	-	3.08	2.79	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_17200.1	-	-	-	-	-	-	0.36	-	-	-	-	-	-	0.71	1.59	0.72	-	2.5	-	-	-	1.93	2.36	-	-	0.16	-	-	0.18	-	2.71
Lsat_1_v5_gn_6_27021.1 (MORF1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.94	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.97
Lsat_1_v5_gn_6_32841.1 (BAR1)	-	-	-	-	3.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_36380.1 (NSUN5)	-	-	-	-	-	-	-	1.5	-	-4.03	-	-	-	-	4.12	-	1.17	-	-	-	-	1.57	2.47	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_36680.1 (NADK1)	-	-	-	-	-	-	-	-	3.49	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	3.24	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_73721.1 (CRK34)	-	1.75	-	0.09	-0.5	-	-	-	-	1.45	-	-	-	1.67	3.62	0.13	0.05	-0.24	-	-	-	-	1.78	-	-	-	-	-	-	-	0.29
Lsat_1_v5_gn_6_73900.1 (NAP9)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.42	-	-	3.27	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_76321.1 (GLDP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_6_95940.1 (MOL1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_2780.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.84
Lsat_1_v5_gn_7_3381.1 (FRD1)	-	-	-	-	-0.39	-0.08	-	-	-	-	-	-	-	2.67	2.03	-	-0.33	2.35	-	-	-	-	2.62	-	-	-	-	-	-0.22	2.07	0.82
Lsat_1_v5_gn_7_44401.1 (GLDP2)	-	-	-	-	-	-	1.54	-	-	-	1.48	-	1.49	1.55	3.59	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.41	1.2	-	-	1.34	-
Lsat_1_v5_gn_7_60580.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_83601.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.81	-	-	-	3.76	-	-	3.38	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_7_84040.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.79
Lsat_1_v5_gn_8_103801.1 (ERD2)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_105980.1 (WRKY58)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.55	0.61	1.75	-	-	0.78	-	-	3.06	-	-	0.53	-	-	-	-	-	-	-	1.51	-	3.14
Lsat_1_v5_gn_8_120600.1	-	-	-	-	2.77	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34	-	-	-	-	1.96	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34
Lsat_1_v5_gn_8_144620.1	-1.34	-	0.07	-	0.45	-0.75	-0.88	-1.49	-0.45	-0.24	-0.38	0.41	-0.51	0.95	0.73	-0.72	0.05	1.5	0.23	-0.12	-1.61	-0.03	0.34	-1.9	-0.01	0.18	-0.1	-1.02	1.12	-0.81	1.59
Lsat_1_v5_gn_8_35580.1 (CAL)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.52	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.29
Lsat_1_v5_gn_8_40481.1 (JAG)	-	-	-	-	-	-1.77	-1.47	0.13	-0.48	-	-0.25	-1.22	2.25	1.51	1.88	0.37	0.81	2.01	-0.07	-0.96	-1.39	-0.36	-1.75	-2.83	0.37	-1.38	-	-0.71	-2.64	-1.27	1.57
Lsat_1_v5_gn_8_41320.1	1.24	-	-0.97	-1.98	0.24	0.95	-	-	-	-	-1.06	-0.53	1.28	0.53	1.64	-	-	0.87	-	0.97	-0.58	-0.01	2.07	-1.18	-	-0.08	-1.86	-1.09	-0.07	1.32	0.45
Lsat_1_v5_gn_8_45460.1 (uL18-L7)	-	-	-	-	1.03	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.8	-	-	-	-	-	-	-	3.91	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_52600.1 (RNS1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.34	-	-	-	-	2.52	2.31	-	-	-	-	-	-	3.35
Lsat_1_v5_gn_8_69700.1 (PBL8)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_8_71520.1 (HKT1)	-	-	-	-	-0.35	-0.34	-1.81	-	-	-	1.92	-0.38	-	0.32	3.57	-0.13	-0.55	-	1.43	-	-	-1.82	-0.38	-	-	-2.12	-0.57	-0.35	-	0.25	1.72
Lsat_1_v5_gn_9_100821.1 (GLP9)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_106481.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_26460.1 (DSK2a)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.04	-	-	3.86	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Lsat_1_v5_gn_9_7741.1	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.16	0.43	2.26	-	-	-	1.0	-	0.89	-	3.07	1.56	-0.0	0.75	-	-0.2	-	1.58	1.02
Lsat_1_v5_gn_9_82681.1 (ASP1)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.95	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.