Heatmap: Cluster_90 (Lactuca sativa (Lsa) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
3.27 - - 3.14 2.58 - - - - - - - - - - - - 0.75 - - 1.23 -0.21 - - - - - - 0.74 - -
- - - - - 3.22 3.57 - - - - - - - - 3.3 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.69 3.59 - - - - - - 1.97 - 1.94 - - - - - - - - - - - - - 1.72 2.24
Lsat_1_v5_gn_0_40381.1 (AUXILIN-LIKE4)
3.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.2 - - - - - - - -
- - - - 3.6 1.37 -0.54 - 1.71 - - - 1.14 1.41 - - - -0.77 - - -1.69 - -2.03 - -2.5 - - 2.61 - - -
- - - - 4.25 - - - - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.22 0.21 - - - - 2.28 0.64 -0.68 0.3 -1.06 -0.55 0.76 - - -0.99 1.06 -1.4 - 1.13 1.05 -0.43 - 1.11 -2.2 0.72 -0.92 0.24 1.01 0.47 -1.18
- - - - - - 2.09 - - - - - - - - - 2.68 0.63 2.1 0.52 - - - - - 0.41 1.94 - - 2.25 1.68
1.9 0.52 - 1.11 1.94 1.28 - -0.86 0.27 - 2.49 -0.89 -0.64 - 1.05 - - -0.81 -0.8 -0.94 - 0.54 - - - - -0.59 - 0.91 -0.84 -0.78
-3.26 -0.25 -0.99 -0.99 -2.01 -1.33 1.12 -0.24 0.56 0.1 0.66 0.27 0.43 -1.0 -0.29 0.34 0.64 -0.42 -0.67 1.08 0.25 -0.95 -2.13 0.91 0.22 -2.84 0.22 -0.04 0.47 0.12 0.43
- - - 1.62 2.99 - - - - - - - - - - - - 3.37 - - - - 3.27 - - - - - - - -
- - - - 1.38 0.8 2.51 - - - -0.13 -0.38 - - 0.98 0.23 - -0.29 -0.43 1.62 - 0.74 2.5 - - - 0.59 - 0.9 -0.32 -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.42 0.63 3.0 2.23 - - - - - 1.98 - 2.66 - 0.7 - - - - 1.81 - - - - - - - -
- - - - - - 4.54 - - - - - - - - - - - - - 2.94 - - - - - - - - - -
-2.91 -2.96 -1.94 0.08 0.33 -0.12 0.69 0.59 -0.31 1.24 1.19 -0.98 -0.38 0.86 0.35 -0.08 -1.44 0.97 -0.41 -0.28 -0.9 -1.19 -0.28 -0.0 -1.37 -0.61 0.48 -0.64 0.79 -0.38 0.09
4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.15 1.23 - - 3.06 1.36 - - - - - - - - - 1.59 - - - - 1.71 - 1.35 - -
4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.96 2.52 0.77 - - - 1.05 - 1.15 - - 1.88 0.93 - 0.9 - - - - 0.98 - 1.05 - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.85 - - - - - - - - - - - 2.59 - - - - - - 2.3 - - - 2.49 - - - - - - -
- - - - - - 4.04 - - - - - - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.0 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.82 - - - - -
- - - - 4.24 - - - - - - 3.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.47 1.58 0.64 -2.09 2.87 -0.03 -3.02 -1.55 0.16 -0.33 0.05 0.22 -0.2 -0.08 -3.65 -1.11 -1.54 -0.64 -1.11 -2.6 -0.85 -2.32 1.33 -1.41 -1.22 -1.67 -1.52 0.0 -1.97 -2.57 -1.22
1.43 -1.02 - - 0.73 0.93 -1.69 -0.59 -1.19 -3.14 -0.5 -1.41 1.2 1.74 -0.02 -0.45 -1.4 0.91 -0.75 -1.5 -1.21 -0.51 1.23 -1.81 -0.24 -1.28 -1.08 -1.45 0.37 0.78 1.12
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - -
- - - - - - 3.3 - - - - - - 2.39 2.25 - - - - - - - - - - - - - - 3.48 -
3.68 - - - 0.49 - - 2.04 - - - - 0.94 1.3 - 1.31 - - - - 0.71 1.0 - - - - 1.13 - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.88 - - - - - - - 4.02 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.27 3.25 3.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.96 - - - - - 2.74 - - - - - - - - 3.68 - - - - - - - 1.88 -
- 1.42 - - 3.35 - 2.01 - 0.84 - - 0.86 1.05 - - - - - - - - 1.17 2.62 - - - - - - - -
- - - - - - 3.63 - - - - - - 3.3 - - - - - - - - - - - - - 3.13 - - -
4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.76 - - - - - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.5 1.49 2.45 1.05 - - - 0.99 - - - - - 0.97 - 2.01 - - 2.28 - - - - - - - 1.09
2.4 0.8 1.04 0.19 -2.0 -1.09 1.01 1.95 -2.57 0.35 -0.95 -2.89 1.82 - -2.6 -2.47 - -1.82 -1.05 -0.88 -1.9 -1.77 -0.44 -1.2 - 0.49 0.04 1.11 -1.2 -2.83 -
- - 1.62 - - 1.41 2.51 - - - - - - - 1.59 2.66 1.39 1.39 - 2.33 - - - - - - - - - - -
3.74 - - -1.75 -2.73 -0.99 1.71 0.32 -1.17 -1.58 -2.99 -1.16 - 0.06 -1.85 -2.75 -1.5 -1.39 0.09 0.98 - -1.26 - 1.39 -2.1 -1.24 -0.51 -1.77 -2.02 -1.58 -1.87
1.41 - - -1.31 2.01 1.0 1.77 -1.33 -0.39 - -1.25 0.64 -1.27 -0.07 - - 0.67 - - -1.66 -0.04 0.4 - 1.58 0.5 -0.09 -0.33 -0.4 - -0.52 1.13
2.43 0.92 - - - 2.04 1.89 0.34 0.31 - 2.09 - 0.69 - - - 0.25 1.78 - - - - - - - - 0.64 0.44 - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.39 - - - - - - - - - - - - 4.36 - - - - - - - - - - - - -
2.49 - - - - - 2.26 1.32 1.26 2.02 - - 2.17 - - - - - - 0.91 - - - - - 2.4 - - - - -
- - - - - - 3.29 - - - - - 2.97 - - - - 1.21 - - - - 2.77 - - - 2.1 - - - -
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.64 - - - - - - 3.39 - - - - - - 3.01 - - - - - - - - - -
- - - - 3.14 - 3.49 - 0.42 - - 0.52 - - - - 0.35 0.44 - - 2.47 - - - - - - - - - -
- - 1.59 - 2.55 - - 0.67 0.18 - - - 2.22 - - - - 1.34 - - - 0.64 2.72 0.27 - - - - - - 1.53
- - - - 4.27 - - - - - - - 2.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.91
3.03 - - 2.36 - - - 1.32 - - - - - - - - - - - 1.98 1.02 - - - - - 2.31 - - 2.1 -
4.16 - 3.36 - - - - - - - - - 1.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.93 - - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.47 - - - 2.6 - - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - - -
2.84 1.87 - - - 0.53 - - - - - -0.59 - - 1.35 - 2.42 - - - 0.33 - - - - - - 0.42 - -0.55 2.78
- - - - 0.38 0.34 2.78 0.6 - - 0.52 - - 0.85 0.61 - - 1.31 - 0.32 0.25 - 1.54 - - - 0.6 - 2.02 - 0.92
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.23 -1.21 -0.18 1.27 0.77 1.7 - 1.23 1.37 -0.41 -0.27 -1.15 1.07 0.31 1.11 - 0.29 - 0.03 -0.56 -1.33 - - -1.44 - - 0.08 0.63 -0.52 1.29
- - - - - - 3.7 - - - - - - - - - 3.1 - - - - - - - - - - - - - 3.24
Lsat_1_v5_gn_7_86481.1 (PDH-E1 ALPHA)
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.11 -1.19 -1.11 -1.13 2.27 1.92 0.07 0.37 -1.39 - - - 0.6 -1.39 -1.41 1.39 0.01 2.85 0.58 - - -0.58 - - -0.56 -0.2 -0.49 - - -1.58 -
- - - - 2.06 0.75 2.51 - -0.29 -0.2 - - - 0.04 - - - - - - - 1.42 3.17 - - - 0.65 - - - 1.81
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.02
- - - - - 0.2 3.22 - 0.41 - 2.03 1.25 0.35 - 0.45 - - - - 0.09 - - 2.32 - - 1.53 - - - - 0.22
- - - - 3.04 - - - - - - - 3.31 - - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.84 - - - - - - - - - - - - 4.06 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 3.46 - - - - - - - - 3.19 - - - - - 3.44 - - - - - - - - -
3.93 - - - - - 3.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.55 - - - - - - - - - - 2.15 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 - -
- - - - 3.77 - -0.21 - - - - 0.63 - - - - - 3.32 - - - - - - - - - 0.67 - - 1.76
- - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - - - -
- - - - 3.68 - - - - - - - - - - - - 3.36 - - - - 2.99 - - - - - - - -
3.68 - - - - - 2.15 1.96 - - - - - - - - - 3.3 - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.49 - - - - - - - - - - - - 3.09 - - - - - - - - - - - - -
2.03 - - - - - 3.53 - - - - - 2.75 - 1.69 - - - - 1.4 - - - - - - - - - 1.46 -
- - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.14 - - - - - - - 2.27 -0.27 -0.24 - - 2.48 - - - - 2.59 - - 0.6 -0.61 - - - 2.67
- - - - 4.25 - - - - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.25 - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - - - - -
0.19 -1.45 0.15 - 0.48 -0.73 0.2 - 0.95 - -0.5 - 1.85 -1.3 -1.21 -1.15 -0.44 -0.5 -1.04 0.44 - 0.23 2.39 0.44 -1.56 -0.47 -1.34 0.45 -1.45 -1.58 1.64
3.16 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.74 - - - - 2.9 - - - - - 0.74 1.08 3.19
3.4 3.35 - - - - - - - - - - 3.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.