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Heatmap: Cluster_241 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
-0.66 -0.53 -0.45 -0.15 -0.26 -0.3 0.04 0.56 -1.0 -0.08 -0.63 -0.63 0.79 -0.18 -0.28 0.26 0.23 0.74 -0.13 0.21 0.28 0.2 0.76 0.18 0.19 -0.4 0.1 -0.22 -0.34 -0.29 -0.03
Bra002101 (CGE1)
 0.05 0.26 0.09 0.39 -0.69 -0.69 0.37 0.78 -1.09 0.06 -0.28 0.1 0.97 -0.94 -1.01 0.08 0.46 -0.22 -0.85 -0.04 0.02 -0.22 0.44 -0.04 0.05 0.05 0.17 -0.43 -1.12 -0.46 0.67
0.29 0.24 -0.14 0.7 -0.23 -0.3 0.44 0.82 -1.25 0.19 -0.55 -0.21 0.94 -1.42 -0.76 0.29 0.41 -1.22 -1.08 -0.26 0.16 -0.46 0.6 -0.03 0.1 0.04 0.29 0.13 -1.01 -0.76 0.2
Bra003005 (mTERF8)
 -0.11 -0.34 -0.23 0.36 -0.08 0.09 0.8 0.76 -0.68 0.16 -0.25 -0.32 0.67 -0.64 -0.48 0.42 0.56 -0.18 -0.48 0.16 0.06 -0.05 0.11 -0.24 -0.15 -0.24 -0.22 -0.45 -0.45 -0.62 0.25
Bra003028 (ANU7)
 0.3 0.54 0.76 0.56 -0.64 -0.61 0.24 0.49 -0.47 0.04 -0.12 -0.11 0.4 -0.78 -0.71 0.06 0.3 -0.07 -0.33 -0.06 0.0 -0.16 -0.06 -0.2 -0.17 0.06 -0.04 -0.42 -0.57 -0.32 0.4
Bra003471 (VPS30)
 -0.87 -0.41 -0.09 0.24 -1.24 -1.08 0.57 0.93 -1.57 -0.47 -0.97 -0.83 0.89 -1.51 -1.63 0.03 0.47 1.36 0.34 0.04 -0.13 -0.37 0.04 0.07 0.29 0.27 0.47 -0.21 -0.72 -0.27 0.58
0.15 0.05 0.11 0.43 -1.14 -0.99 0.58 0.82 -0.84 -0.26 -0.63 -0.38 0.68 -1.27 -1.54 0.22 0.07 0.69 0.06 -0.1 -0.02 0.02 -0.17 0.15 0.25 0.58 0.23 -0.28 -0.51 -0.35 0.1
Bra003770 (MCU2)
 -0.03 -0.21 0.45 -0.12 -0.17 -0.4 0.42 1.01 -1.08 -0.25 -0.39 -0.62 0.95 -0.41 -0.51 0.37 0.26 -0.23 -0.38 0.22 -0.26 -0.14 0.23 -0.16 0.21 -0.26 0.03 -0.18 -0.35 -0.23 0.21
0.36 0.22 0.64 0.44 -0.52 -0.23 0.43 0.88 -0.54 -0.59 -0.9 -0.44 1.34 -2.03 -1.44 0.18 0.76 0.27 -0.7 -0.55 0.22 0.05 -0.01 -0.33 -0.29 -0.36 -0.18 -0.58 -1.32 -0.35 0.56
Bra006029 (PPa6)
 -0.36 -0.13 0.13 0.13 -0.69 -0.61 0.37 0.39 -0.89 -0.02 -0.02 -0.12 0.59 -0.8 -0.89 0.15 0.2 0.13 -0.34 0.1 0.23 -0.03 0.27 0.05 0.2 0.3 0.21 -0.04 -0.54 -0.05 0.5
Bra006297 (ENODL17)
 -0.23 0.14 0.15 0.84 -1.67 -1.23 0.57 1.22 -1.03 -0.45 -0.12 -0.24 1.81 -1.37 -1.4 0.63 0.58 0.59 -0.93 -0.01 0.12 -0.17 0.12 -1.03 -0.75 0.64 -0.72 -1.58 -1.35 -1.25 -0.34
Bra006352 (CAC1)
 -0.34 0.13 0.08 0.77 -1.25 -1.36 0.52 1.16 -1.2 -0.28 -0.53 -0.1 1.13 -1.56 -1.25 0.22 0.62 0.71 -0.49 -0.03 -0.08 -0.15 -0.42 0.09 0.04 0.13 0.18 -0.7 -1.57 -0.33 0.44
Bra006572 (CPN20)
 -1.02 -0.03 -0.37 0.05 -1.38 -0.77 0.4 0.56 -0.78 -0.1 -0.29 -0.11 1.43 -0.89 -0.58 0.52 0.36 0.36 -0.52 -0.02 0.09 -0.22 1.0 -0.23 -0.03 -0.18 -0.26 -0.38 -1.33 -0.66 0.87
-0.03 0.38 0.78 0.64 -2.05 -1.77 0.45 1.04 -1.41 0.13 -0.19 -0.01 0.89 -2.24 -1.76 0.38 0.7 0.36 -0.18 0.06 0.07 0.11 0.2 -0.52 -0.25 -0.11 -0.06 -1.2 -1.87 -0.32 0.54
Bra008562 (HDG10)
 -0.73 -0.42 0.24 0.04 -5.9 -5.96 0.53 1.19 -0.56 0.83 -0.41 -0.15 2.47 -3.27 -5.73 1.31 0.87 0.93 -2.64 0.06 -1.3 -0.59 -0.64 -2.39 -1.62 -1.62 -2.78 -4.39 -2.94 -0.93 1.64
Bra008747 (DEF2)
 -0.3 -0.19 -0.27 0.41 -0.34 -0.1 0.57 0.68 -0.48 0.1 0.06 0.08 0.64 -0.41 -0.48 0.3 0.48 -0.16 -0.26 0.1 0.2 0.18 0.43 -0.19 -0.16 -0.18 -0.22 -0.52 -0.73 -0.66 -0.12
Bra009334 (HEMC)
 -0.88 -0.03 0.4 0.55 -1.12 -1.58 0.44 0.67 -0.79 0.28 0.01 0.17 1.27 -1.85 -1.71 0.21 0.37 0.43 -0.93 -0.37 -0.03 -0.27 0.45 -0.09 -0.06 0.17 0.22 -0.44 -1.76 -0.18 0.73
Bra010009 (TATA)
 0.2 0.32 0.51 0.51 -0.32 -0.17 0.25 0.2 -0.32 -0.07 -0.03 -0.11 0.37 -0.6 -0.83 -0.1 0.12 -0.61 -0.35 0.07 0.21 0.22 -0.06 0.05 0.01 -0.06 0.04 -0.26 -0.44 -0.11 0.28
Bra010749 (HRS1)
 0.37 0.27 0.44 0.45 0.06 0.01 0.1 0.39 -0.46 -0.14 -0.21 -0.16 0.39 -0.3 -0.43 0.06 0.13 -0.55 -0.48 -0.25 0.06 -0.19 -0.13 -0.11 -0.0 -0.05 -0.04 0.05 -0.41 -0.07 0.36
Bra011546 (SSR16)
 -0.04 0.12 0.43 0.19 -0.16 -0.23 0.54 0.48 -1.21 -0.5 -0.69 -0.77 0.82 -1.01 -0.89 0.29 0.5 -0.29 -0.53 0.22 0.18 0.04 -0.11 0.31 0.41 0.1 0.57 -0.5 -0.92 -0.58 0.37
0.33 0.38 0.47 0.43 -0.17 -0.1 0.41 0.62 -0.72 -0.03 -0.32 -0.17 0.3 -0.38 -0.42 0.21 0.4 -0.34 -0.25 0.08 0.11 -0.0 -0.46 -0.29 -0.15 -0.11 -0.06 -0.2 -0.67 -0.41 0.21
0.15 0.31 0.48 0.39 -0.22 -0.23 0.03 0.34 -0.4 0.07 -0.19 0.12 0.53 -0.38 -0.37 0.13 0.13 -0.26 -0.4 -0.18 0.03 -0.12 -0.08 -0.11 -0.04 -0.0 0.03 -0.17 -0.41 -0.19 0.27
Bra014663 (PSRP5)
 0.1 0.24 0.64 0.62 -0.39 -0.49 0.65 1.01 -0.34 0.28 0.24 0.31 1.02 -0.8 -1.31 -0.09 0.3 -0.26 -0.84 0.23 0.28 0.24 -1.31 -0.36 -0.38 -0.31 -0.38 -0.66 -1.02 -0.79 -0.35
Bra015023 (DHAD)
 -0.23 0.11 0.18 0.34 -0.36 -0.62 0.29 0.65 -1.16 -0.0 -0.01 -0.02 0.89 -0.77 -0.78 0.29 0.32 0.29 -0.56 -0.37 0.04 -0.27 0.29 -0.13 0.09 0.13 0.11 -0.28 -0.96 -0.37 0.6
Bra016977 (GLY1)
 0.22 0.3 0.5 0.43 -0.21 -0.37 0.27 0.55 -0.83 -0.05 0.02 0.02 0.32 -0.79 -0.76 0.25 0.15 -0.82 -0.75 -0.09 0.0 -0.01 -0.12 0.04 0.08 -0.1 0.09 0.19 -0.41 -0.08 0.4
Bra017373 (ST)
 - -5.84 -3.57 - -5.22 -1.86 1.47 1.64 -1.14 -0.24 -0.78 -0.82 2.97 -2.69 -2.94 1.37 0.86 -1.8 -2.79 -2.3 0.43 -2.19 0.6 -1.61 -2.35 -2.86 -1.47 -5.99 -3.21 -1.12 2.14
Bra018087 (ATL48)
 -0.67 -0.29 -0.2 -0.15 -0.21 -0.69 0.32 0.28 -0.53 -0.57 -0.5 -0.2 0.75 0.15 -0.22 0.17 0.04 0.55 0.09 0.09 0.28 0.21 0.98 -0.05 0.12 -0.2 0.03 -0.26 -0.35 -0.64 -0.09
Bra019810 (GLE1)
 - - - - - - -0.57 1.23 -2.03 -1.11 -2.23 -3.23 2.63 0.37 -1.92 -0.05 0.6 - - -3.08 -0.61 -0.68 1.23 1.63 -0.54 -1.12 -1.1 0.82 0.83 -1.02 2.09
Bra023031 (SAMTL)
 0.15 0.53 0.76 0.88 -0.61 -0.06 0.61 0.53 -0.59 -0.35 -0.37 -0.34 0.09 -0.8 -0.53 0.39 0.52 -1.01 -0.32 0.12 0.09 0.1 -0.5 -0.08 -0.01 -0.16 0.06 -0.44 -0.4 -0.42 -0.17
Bra024183 (GrxC5)
 -0.34 0.28 -0.13 0.36 -0.37 -0.46 0.36 0.85 -1.04 0.08 -0.23 0.03 0.86 -0.37 -0.14 0.25 0.47 0.1 -0.28 0.31 0.15 0.35 0.25 -0.4 -0.32 -0.29 -0.2 -1.05 -1.52 -0.38 0.23
Bra024262 (ERS)
 -0.04 0.2 0.25 0.34 -0.34 -0.54 0.05 0.52 -0.79 -0.14 -0.41 -0.07 0.54 -0.75 -0.65 0.01 0.27 -0.16 -0.53 -0.22 -0.14 -0.31 0.59 -0.07 0.13 0.22 0.35 -0.14 -0.47 0.25 0.5
Bra025224 (CCB1)
 -0.53 -0.36 -0.32 0.3 -0.45 -0.24 0.67 1.25 -0.74 -0.19 -0.32 -0.17 0.89 -0.35 -0.83 0.08 0.4 -0.39 -0.15 0.3 0.16 -0.09 -0.05 -0.05 0.06 -0.02 -0.04 0.02 -0.61 -0.61 0.04
-1.82 -0.08 -0.18 0.26 -2.16 -2.06 0.51 1.24 -1.39 -0.17 -0.77 -0.68 1.88 -1.01 -1.32 0.44 0.39 1.14 -0.43 0.19 0.39 0.24 0.99 -0.29 -0.6 -0.02 -0.38 -1.41 -2.01 -1.06 -0.33
Bra030514 (LPA1)
 0.05 0.15 0.34 0.39 -0.33 -0.1 0.09 0.26 -0.35 -0.08 -0.14 -0.19 0.09 -0.43 -0.38 0.03 0.22 -0.48 -0.24 0.14 0.14 -0.02 -0.61 0.01 0.15 0.08 0.21 0.06 -0.13 -0.05 0.41
0.22 0.25 0.31 0.18 -0.05 0.11 0.54 0.69 -0.88 -0.05 -0.39 -0.33 0.63 -0.59 -0.69 0.06 0.29 -0.36 -0.47 -0.05 -0.02 0.03 0.11 -0.02 0.05 -0.08 -0.02 -0.08 -0.44 -0.36 0.03
Bra033596 (CFM4)
 0.28 0.39 0.34 0.45 -0.32 -0.42 0.32 0.37 -0.68 -0.16 -0.34 -0.28 0.58 -0.78 -0.71 -0.12 0.09 -0.41 -0.5 0.05 -0.06 -0.15 -0.12 0.21 0.25 0.17 0.25 -0.02 -0.4 -0.17 0.47
0.02 0.24 0.44 0.7 -0.52 -0.15 0.48 0.63 -0.93 -0.28 -0.27 -0.64 0.13 -0.87 -0.98 0.05 0.21 -0.72 -0.46 0.43 0.18 0.04 -0.92 0.03 0.22 0.45 0.2 0.1 -0.3 -0.14 0.35
Bra035865 (EMB2759)
 0.19 0.22 0.25 0.33 -0.54 -0.58 0.3 0.62 -0.44 -0.1 -0.22 -0.03 0.67 -0.54 -0.72 0.02 0.29 -0.17 -0.69 -0.1 -0.18 -0.13 0.15 0.03 0.17 0.15 0.23 -0.15 -0.47 -0.15 0.24
Bra038389 (CP33C)
 0.38 0.55 0.46 0.66 -0.74 -0.89 0.39 0.74 -1.39 -0.17 -0.38 -0.36 0.74 -1.6 -1.51 0.13 0.37 -0.37 -0.77 0.1 0.2 -0.01 0.08 -0.04 0.04 0.23 0.33 -0.23 -0.66 -0.32 0.31
Bra038628 (ADK1)
 -0.6 -0.03 0.28 -0.11 -0.57 -1.13 0.13 0.61 -0.83 -0.04 -0.27 -0.27 0.86 -0.21 -0.16 0.3 -0.01 0.93 -0.43 -0.31 -0.05 -0.09 1.05 -0.04 -0.16 -0.12 0.06 -0.43 -0.79 -0.38 0.17
Bra038646 (GSA1)
 -0.22 0.23 0.39 0.62 -0.82 -0.85 0.32 0.53 -1.24 0.16 -0.53 0.14 0.75 -1.3 -1.39 -0.1 0.14 -0.13 -0.75 -0.43 -0.01 -0.37 0.74 0.0 0.17 0.28 0.3 -0.36 -1.11 0.19 0.86
Bra039224 (STIC2)
 -0.2 0.05 0.29 0.55 -0.28 -0.37 0.59 0.66 -0.69 0.28 -0.14 -0.33 0.55 -0.44 -0.57 0.09 0.14 -0.16 -0.09 0.22 0.14 0.13 -0.03 -0.03 0.01 0.0 -0.01 -0.16 -0.94 -0.58 -0.13
Bra039542 (PPD1)
 0.41 0.32 0.56 0.8 -0.53 -0.64 0.34 0.56 -0.62 -0.27 -0.08 -0.56 0.45 -1.3 -1.08 0.08 0.25 -0.53 -0.98 0.01 -0.03 -0.2 -0.99 0.08 0.23 0.39 0.42 0.1 -0.42 -0.08 0.42
0.66 0.88 1.0 0.48 -1.15 -1.1 0.33 0.93 -1.29 -0.5 -0.51 -0.69 0.62 -1.08 -1.55 -0.15 0.14 -0.42 -1.36 -0.31 -0.2 -0.61 0.33 0.01 0.15 0.16 0.27 -0.29 -0.57 -0.34 0.91
-0.51 -0.15 0.09 -0.23 -0.5 -0.48 -0.05 0.43 -0.26 0.34 -0.29 -0.06 1.02 -0.27 -0.05 0.24 0.29 0.55 -0.56 -0.02 0.05 0.25 1.2 -0.26 -0.32 -0.28 -0.21 -0.89 -1.04 -0.49 -0.11

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.