1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_233 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
0.93 0.69 0.78 0.48 3.05 2.6 0.41 0.21 0.88 0.7 0.9 0.48 0.96 1.29 1.53 0.62 0.51 1.72 1.17 0.63 0.46 0.46 1.06 0.89 1.17 0.63 0.92 0.84 1.67 1.4 1.64
2.47 2.01 1.86 1.19 3.17 3.13 1.08 1.35 2.21 1.46 1.45 1.81 1.53 2.9 3.39 1.86 1.25 2.18 1.77 1.51 1.36 1.57 3.18 2.03 1.88 1.58 1.89 2.81 2.82 2.52 2.81
Bra000592 (CARD1)
 23.79 25.68 18.78 12.45 67.64 31.93 16.31 20.68 31.24 25.86 24.55 24.53 8.73 22.96 25.69 22.55 16.67 17.39 25.08 19.45 16.53 18.26 11.82 19.4 18.62 16.03 19.98 27.41 32.41 43.18 26.16
4.69 2.72 1.9 0.92 13.54 9.66 2.32 2.55 8.01 5.74 5.24 6.73 2.76 5.13 10.73 4.58 3.44 2.96 6.88 4.61 4.77 6.22 3.45 7.39 6.38 3.37 7.05 7.15 8.85 15.66 9.69
Bra002338 (JAZ12)
 49.4 29.99 46.29 30.6 119.37 90.3 21.52 13.62 39.19 26.07 33.61 30.05 23.62 59.11 81.61 35.11 26.05 132.9 38.31 18.89 21.44 22.8 103.23 56.88 50.39 39.71 52.04 64.52 87.64 89.63 100.37
4.22 3.43 5.27 3.99 10.88 5.77 3.85 4.39 4.8 5.88 4.86 4.31 3.52 6.06 4.73 4.5 4.24 4.04 4.17 4.9 3.91 4.56 3.15 3.52 4.17 3.26 3.89 6.45 6.0 5.39 4.92
Bra003543 (BTZ1)
 6.43 7.11 7.75 4.01 9.68 5.58 2.49 3.49 4.01 3.71 3.73 4.08 2.57 5.54 6.61 3.37 3.63 4.92 4.19 3.48 2.47 3.32 6.84 4.16 4.42 4.74 4.55 5.66 5.96 6.62 6.62
Bra003611 (WDY)
 8.57 6.11 5.32 6.28 8.69 9.44 4.53 4.76 6.38 4.51 6.38 7.69 3.9 10.51 7.6 7.76 6.25 8.93 8.84 6.0 5.8 4.28 5.24 10.31 10.4 7.13 8.78 9.61 11.1 9.74 7.76
Bra003698 (PRAF1)
 1.11 1.49 1.45 1.18 2.62 2.58 0.99 0.87 2.13 1.88 1.52 1.68 1.78 2.76 2.9 1.84 1.72 4.82 1.86 1.41 1.16 1.46 3.68 1.88 1.71 1.87 1.95 2.07 2.25 2.59 3.31
Bra004166 (CAM4)
 32.91 31.54 29.37 24.04 67.25 44.46 9.94 13.56 24.85 16.59 19.45 22.74 12.98 28.83 42.34 17.3 16.78 43.33 24.29 14.46 15.52 17.35 64.54 25.93 25.03 18.56 23.78 48.64 36.01 47.62 33.07
Bra005516 (AtFDB16)
 6.48 5.32 6.03 4.85 10.45 11.53 6.05 5.03 8.06 6.6 6.81 6.29 3.28 8.82 13.04 7.4 6.87 7.19 5.82 7.28 6.35 6.7 5.64 8.19 8.07 6.64 8.75 7.88 9.91 9.61 11.61
Bra006440 (APRL7)
 4.14 4.76 5.16 2.37 8.01 4.75 1.06 1.37 2.89 2.23 2.19 3.16 0.77 3.66 4.37 1.48 1.5 2.15 2.89 1.17 0.97 1.9 4.29 2.79 2.77 1.15 2.37 5.87 4.64 7.0 3.71
Bra008337 (PRE2)
 5.56 4.79 4.35 3.96 7.4 6.49 3.16 3.59 4.49 3.4 3.85 3.94 2.57 4.79 6.09 3.59 3.29 5.47 4.27 4.01 3.27 3.62 3.53 3.77 3.8 3.32 3.62 5.21 5.41 5.23 4.7
Bra008838 (SFC)
 3.49 3.71 3.76 2.25 6.88 4.23 1.26 1.7 2.56 2.33 1.57 2.31 2.64 3.12 5.02 2.23 1.94 3.38 1.86 1.88 1.3 2.13 4.86 2.06 2.11 1.93 2.09 3.47 3.44 3.28 3.17
0.54 0.76 0.9 0.55 2.83 1.76 0.35 0.48 0.92 0.61 0.75 0.82 0.76 1.19 1.02 0.66 0.54 1.59 1.25 0.7 0.63 0.66 2.22 1.28 1.11 0.97 1.14 1.53 1.78 1.42 1.38
Bra010028 (PNG1)
 12.19 11.75 11.4 7.37 14.51 11.81 4.43 5.41 11.66 8.2 8.57 8.43 6.55 12.66 14.23 6.88 6.7 8.19 9.46 5.8 8.11 6.31 14.27 7.63 7.4 8.07 8.37 11.24 11.65 10.65 8.83
Bra010458 (SLK3)
 9.02 8.17 8.67 7.42 11.52 10.86 5.18 5.56 8.88 7.36 8.26 8.82 5.17 10.41 12.53 7.42 5.55 9.14 6.04 6.09 6.66 7.61 10.47 7.21 8.06 6.8 7.88 10.12 10.35 10.43 9.5
Bra010565 (VPS39)
 1.57 0.76 1.05 0.58 2.1 2.0 0.93 0.64 1.35 1.27 1.45 0.91 0.86 1.54 2.95 0.95 0.93 1.25 0.87 1.25 0.79 1.29 1.16 2.16 2.05 1.32 2.0 1.75 2.2 2.09 2.41
Bra010927 (CYCT1;3)
 6.56 6.96 5.94 3.07 9.59 6.14 0.64 1.88 5.31 2.93 2.67 3.87 1.37 3.57 5.85 1.92 1.97 4.09 3.82 2.34 2.09 2.7 7.79 2.85 1.96 1.59 3.45 6.15 4.78 7.95 5.85
Bra010937 (APT1)
 14.56 19.26 22.37 13.46 45.7 25.32 11.34 17.14 25.36 20.59 22.06 20.48 12.75 28.31 29.61 21.33 17.44 21.76 24.79 20.2 15.4 15.74 26.59 26.05 24.5 19.77 24.6 36.89 30.75 42.38 33.8
Bra012238 (SEN2)
 734.22 623.03 638.44 344.89 1208.48 771.51 197.98 179.02 648.28 474.84 562.53 463.68 236.93 376.05 721.23 314.94 372.84 804.98 938.9 367.32 348.89 414.58 347.26 581.06 595.73 476.29 639.59 806.45 818.58 1151.13 736.73
Bra014504 (BPC6)
 20.58 17.82 19.32 18.99 24.72 19.55 11.38 10.15 12.99 13.33 13.24 16.47 11.24 24.67 20.43 12.89 15.31 16.77 11.35 13.65 11.08 14.73 10.93 17.9 15.81 16.48 16.05 19.93 20.99 16.26 17.78
Bra014818 (SRS6)
 6.69 2.94 3.01 1.28 20.11 4.99 1.08 1.38 5.05 3.74 4.0 4.2 1.96 2.92 3.77 2.35 1.71 3.26 4.21 3.0 2.11 3.11 3.27 1.79 2.25 1.62 2.51 7.73 4.08 6.58 4.22
44.25 57.72 48.06 35.63 93.4 73.89 34.15 42.91 49.42 37.54 45.38 34.39 47.1 62.34 66.75 44.19 40.51 52.41 54.39 49.14 46.79 47.09 42.1 51.08 46.8 35.99 43.08 50.47 56.54 48.56 50.37
7.92 6.1 7.13 4.08 16.67 8.01 4.18 5.14 7.73 6.5 5.22 6.64 2.64 6.3 8.01 5.16 3.87 5.9 6.43 5.91 3.37 4.33 9.07 6.99 6.1 4.03 6.33 10.77 9.43 9.45 8.03
Bra018090 (ALDH2)
 114.52 121.78 126.95 75.36 133.36 92.82 51.14 57.42 64.43 58.87 52.38 54.06 45.72 118.82 120.68 53.65 54.67 72.0 64.96 53.53 51.02 58.75 90.57 60.58 63.53 74.27 73.84 76.12 117.82 105.62 117.37
4.32 4.67 3.8 3.34 5.15 4.32 2.7 2.96 3.57 3.39 3.47 3.24 2.93 4.14 4.69 3.33 2.98 3.11 3.26 3.41 3.02 3.48 4.21 3.05 3.6 3.39 3.19 3.93 3.68 3.48 4.05
2.69 3.5 2.44 1.22 4.52 3.12 0.83 1.04 2.02 1.3 1.78 1.53 0.78 3.04 3.5 1.2 1.12 2.14 1.73 1.36 1.28 1.65 3.65 1.54 1.45 0.98 1.45 2.88 2.94 3.98 2.33
2.37 2.36 1.87 1.09 3.27 1.83 0.58 0.97 1.46 1.36 1.27 1.64 1.31 2.82 2.6 1.16 0.94 1.67 1.41 0.98 0.85 1.12 3.67 1.51 1.11 0.89 1.01 1.71 1.88 2.66 2.78
48.6 39.69 27.99 23.85 60.59 40.99 14.38 17.21 39.27 22.38 22.08 26.27 10.35 34.78 39.72 11.05 9.77 11.3 19.56 15.15 13.66 18.4 59.53 20.51 17.4 14.13 17.4 32.73 50.03 45.46 36.68
0.76 0.86 1.2 0.05 2.98 2.45 0.64 0.93 0.59 0.6 0.82 0.56 0.41 1.32 2.4 0.69 0.3 0.84 0.59 0.46 0.41 0.9 0.99 1.0 1.52 0.89 0.81 1.23 1.69 1.49 1.24
Bra019776 (UER1)
 0.75 1.1 0.88 0.36 2.08 2.09 0.45 0.26 1.24 0.94 0.66 0.66 0.54 1.47 2.87 0.82 0.65 4.05 0.67 0.5 0.69 0.79 4.16 1.6 1.44 1.04 1.22 1.33 3.14 2.05 2.26
13.31 13.43 14.25 11.08 21.2 18.49 7.99 3.95 15.83 13.23 13.63 16.28 6.99 17.53 24.42 11.37 9.37 11.25 14.84 9.58 9.03 13.68 16.2 15.71 14.63 10.02 12.79 17.47 20.07 14.77 12.85
8.57 9.03 10.37 5.14 9.14 6.8 3.61 2.7 5.33 5.19 3.66 6.16 2.92 5.71 6.16 4.26 4.53 6.85 6.02 4.78 3.98 5.28 6.15 5.62 5.46 4.27 5.09 8.11 7.52 11.02 9.94
Bra024157 (TZF3)
 9.54 9.94 7.0 5.46 8.07 8.2 5.61 3.28 13.31 4.76 8.5 5.98 3.05 21.05 9.73 5.25 7.64 4.91 17.92 8.85 9.49 10.15 1.92 17.24 15.19 9.33 16.04 13.15 19.3 17.67 17.07
4.65 4.85 5.82 2.9 6.21 5.96 2.93 2.06 4.02 3.1 3.25 3.7 2.19 5.05 5.61 3.41 3.04 4.26 3.53 3.31 3.0 3.52 5.17 4.16 3.96 3.01 3.71 4.79 4.51 6.02 6.14
Bra025208 (NPY7)
 0.96 1.54 1.1 0.55 2.4 2.16 1.09 1.05 1.3 1.03 0.98 1.35 0.4 1.17 1.52 1.17 0.87 0.55 1.22 1.49 1.18 1.13 0.73 0.97 0.96 0.32 1.05 1.0 1.23 1.99 1.55
Bra025248 (NRP2)
 39.66 47.89 49.36 26.1 49.96 33.68 17.2 19.6 25.6 21.82 20.13 23.56 17.44 29.05 39.53 31.91 18.8 38.04 29.47 19.72 19.16 19.12 54.21 27.08 25.49 16.23 26.23 37.12 37.33 42.4 32.63
Bra025973 (TRFL3)
 0.83 0.37 0.84 0.31 1.36 0.87 0.35 0.7 0.53 0.63 0.57 0.66 0.79 1.29 1.72 0.49 0.53 2.86 1.21 0.37 0.55 0.69 1.9 0.69 0.68 0.5 0.72 1.12 1.27 1.39 1.89
Bra026991 (B-1)
 4.88 1.24 1.23 0.83 26.45 12.22 1.81 0.96 6.32 6.67 3.55 3.65 1.09 2.83 5.02 3.43 3.53 2.46 5.64 4.61 5.7 4.3 17.5 5.12 3.6 2.28 2.55 17.66 9.11 5.91 1.49
Bra027046 (CDS1)
 17.36 15.6 14.75 12.17 25.72 18.33 7.74 10.62 14.16 12.28 11.85 15.96 10.29 16.41 16.1 10.37 10.31 17.79 12.02 9.94 11.69 11.32 12.92 9.5 9.55 9.32 9.68 16.65 14.9 17.92 15.35
16.97 20.64 22.36 8.96 35.98 25.43 3.75 3.14 9.66 7.51 8.91 8.04 5.08 21.85 31.56 8.69 5.38 19.22 14.36 7.86 8.12 6.86 11.46 11.82 11.74 8.67 12.0 18.12 19.37 27.03 24.75
Bra027121 (PIP5K8)
 6.23 7.39 6.1 3.83 9.08 7.46 3.89 3.26 4.81 4.79 4.48 3.91 3.94 6.94 7.98 4.59 4.26 4.61 3.89 4.08 3.8 4.34 5.54 4.29 4.31 3.67 4.27 5.13 6.23 5.66 6.28
1.73 1.9 2.7 1.74 2.88 2.96 1.96 1.64 2.75 2.22 2.73 2.36 2.05 3.7 3.58 2.62 2.21 1.47 2.75 2.81 2.05 2.36 2.89 3.88 3.56 2.52 3.7 2.76 3.72 3.0 2.8
2.13 1.72 1.98 1.04 3.41 3.07 0.83 0.15 1.33 0.5 1.16 0.82 0.4 3.23 2.74 0.99 1.14 1.68 0.82 0.73 1.44 1.13 0.94 1.92 1.7 1.88 1.69 1.41 2.43 1.81 2.68
Bra029645 (ECA4)
 3.06 3.01 3.42 2.87 4.63 3.0 1.6 2.12 2.37 2.64 2.57 2.4 2.52 3.89 3.58 2.65 2.44 3.97 2.89 1.95 2.21 2.58 3.87 2.55 2.74 3.18 2.52 3.21 3.22 3.5 3.84
Bra030286 (ACS)
 25.71 29.03 28.61 24.42 33.09 26.39 16.2 18.49 23.16 24.36 21.9 25.9 23.43 28.9 31.36 23.95 20.61 37.51 27.38 18.54 18.14 22.4 31.03 24.45 24.54 23.35 23.84 22.26 26.54 31.36 28.62
16.63 11.23 15.61 12.67 19.0 16.93 9.65 8.09 11.43 8.56 12.87 9.84 5.82 15.14 15.77 7.11 9.34 11.98 12.28 8.86 10.21 8.65 8.38 13.05 12.36 9.57 10.28 13.76 17.03 13.06 13.29
Bra030568 (FHA)
 31.28 29.12 26.71 18.76 34.16 25.37 8.79 12.19 20.83 17.18 18.51 18.79 10.25 18.28 21.76 13.15 13.34 17.13 19.56 13.04 13.02 17.82 22.68 19.6 19.52 18.44 21.77 28.2 30.83 37.11 32.57
Bra031704 (NFXL1)
 1.0 0.79 0.93 0.74 1.17 1.1 0.42 0.45 0.81 0.57 0.55 0.51 0.32 0.86 1.48 0.59 0.47 0.77 0.53 0.43 0.4 0.65 1.27 0.64 0.69 0.41 0.55 0.83 0.97 0.89 0.81
Bra031749 (GWD)
 10.57 7.67 6.81 2.81 62.74 11.56 0.6 2.16 3.74 3.54 2.08 5.91 0.83 5.82 8.71 1.99 1.26 0.93 1.32 3.82 1.07 1.36 2.72 5.67 5.52 6.18 6.64 26.3 18.82 37.64 13.83
Bra032628 (ORM1)
 28.79 31.11 31.09 18.49 35.04 23.19 9.78 11.28 17.62 13.36 17.61 19.72 9.54 21.23 23.96 14.19 11.31 16.49 11.76 11.72 14.05 14.71 23.85 15.09 16.59 17.27 18.15 16.76 18.17 21.72 20.1
Bra033379 (DAAR2)
 16.37 20.45 15.73 11.27 27.99 25.73 7.18 5.85 12.73 13.45 13.01 11.81 8.03 23.01 31.06 11.88 13.57 19.84 19.6 11.06 9.89 12.46 16.77 15.06 14.46 11.49 15.12 18.72 20.38 20.73 19.85
Bra034882 (NYC1)
 50.49 32.22 31.84 26.28 65.58 44.74 22.94 34.72 33.41 23.39 22.8 25.79 16.86 32.3 37.33 21.17 19.57 23.01 28.4 23.53 19.26 19.71 50.59 23.28 20.26 19.12 20.16 40.8 37.73 46.18 29.6
25.85 24.09 24.28 21.22 30.71 27.58 15.94 18.07 20.69 19.45 19.99 18.74 20.27 26.09 29.68 21.67 18.34 22.02 19.38 17.86 18.72 19.25 25.01 19.56 21.24 19.35 19.64 21.56 23.31 21.35 26.08
3.22 3.29 3.15 2.23 4.43 3.18 1.66 1.92 1.79 1.76 2.23 1.65 1.4 2.91 3.61 1.36 1.99 2.88 1.92 1.68 1.36 1.91 2.77 1.83 1.82 1.65 1.92 2.86 3.19 2.76 2.46
Bra035982 (ARP9)
 6.02 4.96 5.58 2.78 7.45 5.37 2.55 3.64 4.08 3.92 3.5 4.1 3.78 4.5 5.01 3.21 2.87 5.08 3.89 3.22 3.05 3.35 8.74 3.59 3.19 3.36 3.64 5.29 5.01 6.23 5.43
Bra037224 (ZHD6)
 3.13 1.75 2.38 0.31 5.73 3.12 0.81 1.1 7.32 1.47 3.21 1.93 1.8 4.89 5.47 2.95 1.28 2.98 4.9 2.19 2.32 2.93 3.32 5.4 5.13 1.88 4.37 5.71 7.81 6.81 5.23
1.9 1.66 1.79 0.55 13.18 6.16 4.58 1.69 3.94 3.63 5.36 3.65 2.79 6.69 8.76 4.94 3.45 3.65 5.66 3.17 2.1 3.98 4.1 8.02 7.34 3.06 10.71 4.23 6.77 7.22 9.03
8.17 6.69 7.33 5.45 7.17 5.69 2.47 3.55 5.24 4.34 3.45 4.53 2.19 5.79 6.42 2.06 2.29 5.16 4.13 2.7 2.51 2.99 8.78 3.43 3.92 2.53 4.29 5.93 6.36 7.93 6.23
Bra038217 (PUT5)
 4.38 5.03 4.74 1.95 6.66 4.92 1.82 1.82 4.2 3.37 3.41 3.73 1.77 4.49 4.94 2.06 1.68 4.48 2.81 2.41 2.28 2.52 5.43 2.12 3.12 1.94 3.33 5.74 5.36 5.59 4.11
Bra039288 (LEA27)
 76.83 72.66 65.9 59.47 115.94 112.46 50.16 47.01 63.51 82.97 76.58 73.55 74.72 109.51 118.5 65.53 65.03 128.06 92.28 63.89 74.42 71.71 134.92 99.44 94.64 84.2 99.21 105.94 88.95 106.35 127.91
2.99 4.18 4.38 3.31 4.39 3.18 1.92 1.74 2.56 2.24 2.03 2.08 1.94 2.75 3.35 2.22 1.77 2.06 2.24 1.49 1.69 1.8 2.54 2.88 2.47 1.67 2.74 3.45 3.07 3.79 2.93
Bra039629 (MPK7)
 4.93 3.05 5.16 2.1 12.48 4.76 0.67 0.61 2.34 4.41 3.11 1.53 3.31 3.43 7.98 2.31 4.16 5.57 2.86 5.52 1.6 1.91 8.12 6.67 6.6 4.78 7.31 6.03 6.93 8.32 8.86
Bra039842 (MBR1)
 7.54 5.69 7.48 5.74 8.47 7.28 3.97 4.19 6.98 5.25 5.79 5.95 5.31 7.03 9.42 6.2 5.31 6.93 5.21 5.56 4.96 4.69 9.46 5.55 6.01 5.45 5.63 7.2 8.14 7.91 8.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)