1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_53 (Brassica rapa (Bra) Coexpression Clusters (HCCA Algorithm))

View as: (view zlog-transformed or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Showing raw values)

 Transpose table  Download table
Gene
Light: 268 uE m-2 s-1
Light: 202.5 uE m-2 s-1 (Control)
Light: 135 uE m-2 s-1
Light: 67.5 uE m-2 s-1
Photoperiod: L24
Photoperiod: L20D4 (Control)
Photoperiod: L12D12
Photoperiod: L8D16
RBW: 4:1:1 (Control)
RBW: 4:1:0
RBW: 3:1:1
RBW: 3:1:0
Nitrogen: 0%
Nitrogen: 25%
Nitrogen: 50%
Nitrogen: 100% (Control)
Nitrogen: 150%
Phosphorous: 0%
Phosphorous: 25%
Phosphorous: 50%
Phosphorous: 100% (Control)
Phosphorous: 150%
Potassium: 0%
Potassium: 25%
Potassium: 50%
Potassium: 100% (Control)
Potassium: 150%
Temperature: 20°C
Temperature: 25°C (Control)
Temperature: 30°C
Temperature: 35°C
5.5 5.77 8.31 4.58 5.11 4.33 1.45 2.2 3.95 3.85 2.02 4.56 4.04 3.66 5.42 2.94 2.51 4.89 4.17 3.3 3.68 4.58 10.97 4.58 5.36 5.02 4.5 3.54 5.14 5.41 4.34
Bra001560 (CYP72A9)
 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
3.31 3.85 2.89 2.31 2.47 3.12 1.86 0.76 2.49 2.2 2.17 2.26 1.49 3.24 4.47 1.74 1.74 3.15 2.41 1.15 2.34 2.13 5.18 3.05 1.95 2.16 1.65 2.62 2.19 1.99 3.2
0.0 0.0 8.88 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.09 0.0 0.0 0.18 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.18 0.04 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra006705 (PUM19)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra008222 (GASA1)
 0.0 0.0 0.29 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.21 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.06 0.06 0.0 0.0 0.0
0.15 0.47 0.48 0.21 0.04 0.12 0.14 0.09 0.12 0.07 0.12 0.08 0.1 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.05 0.09 0.1 0.1 0.74 0.04 0.02 0.1 0.22 0.0 0.0 0.09 0.1
Bra010029 (BLOS2)
 2.18 4.07 6.22 2.05 3.26 2.95 1.05 1.15 1.18 1.77 2.81 2.53 2.79 2.79 4.71 2.78 1.42 1.93 3.29 0.85 2.52 2.37 7.49 3.54 1.57 2.5 1.82 2.21 2.75 2.66 1.56
0.75 2.06 2.51 0.74 0.39 0.61 0.08 0.01 0.38 0.45 0.53 0.32 0.56 0.15 0.12 0.39 0.48 1.79 1.35 0.53 0.24 0.26 3.57 0.56 0.48 0.63 0.42 0.83 0.58 0.69 1.37
Bra012302 (DD46)
 0.0 0.0 0.03 0.0 0.01 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra012399 (NUDT10)
 1.0 0.49 2.98 0.0 0.0 0.31 0.0 0.35 0.98 0.29 0.28 0.0 0.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.06 0.0 0.0 2.4 0.0 0.0 0.34 0.64 0.0 0.82 1.2 1.28
Bra012686 (MVP17)
 0.0 0.0 2.36 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.69 0.0 0.0 0.0
0.16 0.14 0.65 0.28 0.15 0.52 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.05 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.09
Bra014781 (SANT4)
 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.47 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra018038 (THFS)
 0.0 0.0 0.16 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 1.59 1.02 0.06 0.16 0.29 0.12 0.14 0.08 0.08 0.14 0.05 0.19 0.14 0.29 0.35 0.08 0.0 0.32 0.32 0.0 0.38 1.6 0.0 0.15 0.29 0.49 0.15 0.07 0.0 0.14
Bra018308 (LecRK-IX.1)
 0.0 0.0 0.08 0.06 0.01 0.05 0.0 0.03 0.01 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.05 0.02
Bra020409 (MyoB12)
 0.0 0.04 0.04 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.0 0.0
Bra020552 (AGL36)
 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0
Bra021507 (TMN7)
 0.0 0.0 0.55 0.0 0.0 0.06 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra022825 (CLE6)
 0.49 0.25 3.22 0.38 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.23 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra023701 (IPT5)
 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra023853 (NPY7)
 0.0 0.0 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra024944 (FL6)
 0.8 0.0 0.97 0.47 0.39 0.04 0.04 0.03 0.0 0.09 0.01 0.06 0.06 0.25 0.13 0.0 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 1.71 0.52 0.57 0.51 0.36 0.43 0.59 0.78 0.78
0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra026943 (FRL1)
 0.83 0.5 7.1 1.99 0.18 0.05 0.58 0.0 0.05 0.05 0.0 1.17 0.0 0.0 0.51 0.19 0.12 0.0 0.0 0.39 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.06 0.0 0.0 0.0
0.06 0.06 0.84 0.47 0.0 0.0 0.09 0.09 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.0 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.36 0.0 0.0 0.89 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra028022 (NRT2.4)
 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 0.13 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra029156 (RPL4)
 0.0 0.0 0.27 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.11 0.0 0.0 0.0 0.08 0.08
Bra029877 (PP1R3)
 0.0 0.0 6.37 1.55 2.03 4.19 0.23 0.0 0.0 0.26 0.24 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.0 1.13 0.0 0.0 0.44 0.19 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra036505 (MTP5)
 0.01 0.0 0.04 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0
Bra037392 (PYL7)
 4.65 3.48 5.01 2.06 0.31 0.85 0.19 0.21 0.0 0.0 0.0 0.0 0.37 0.0 0.42 0.58 0.0 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 3.75 1.14 1.37 1.4 2.45 0.94 1.31 1.24 2.05
Bra037886 (GNT2)
 0.0 0.14 0.53 0.0 0.0 0.08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.12 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.0 0.0 0.07 0.08 0.0 0.0 0.0
Bra038376 (SINE2)
 0.0 0.01 0.04 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra038414 (SDT)
 0.0 0.0 0.07 0.0 0.01 0.0 0.01 0.05 0.03 0.02 0.0 0.01 0.01 0.0 0.02 0.01 0.0 0.05 0.02 0.02 0.0 0.01 0.1 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.02 0.01
Bra038820 (PP1R3)
 0.0 0.0 0.26 0.02 0.09 0.06 0.04 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 0.02 0.02 0.0
Bra038902 (TMT3)
 0.01 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 0.02 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01
Bra039568 (FOL2)
 0.0 0.0 0.08 0.01 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
0.0 0.75 4.18 1.28 0.07 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
Bra040622 (RIK)
 0.11 0.26 0.46 0.13 0.03 0.11 0.07 0.14 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.1 0.1 0.32 0.02 0.0 0.03 0.01 0.08 0.0 0.4 0.18 0.09 0.23 0.24 0.3 0.22 0.13 0.28
Bra040912 (COST4)
 0.0 0.0 0.17 0.06 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.0 0.0 0.05 0.0 0.03 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

Details

Raw expression values (TPM normalized), Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)